| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3618995 | NA (NA) | 4 (0.010) | 4/92 | NT | NA | noncoding (47/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | = 3619028 | NA (NA) | noncoding (80/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCAccgatgcgta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3618931‑3618995‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAGGC < CP009273/3619028‑3618954 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:28735452/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:7099858/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:7089589/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:6969468/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:1530670/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:29772084/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:16415447/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:2920241/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:16672251/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:4565998/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:26926307/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:26354198/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:18759790/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:24861035/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:1974446/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:20469593/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:21279592/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:13840937/1‑68 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TTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATG < 1:1038580/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:12552601/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:21029532/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:12901089/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:17019883/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:25891250/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:5695740/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:26555952/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:11291062/68‑1 TGGGGGGCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:23105290/68‑1 GGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCG < 1:11844569/68‑1 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GGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTA > 1:20123990/1‑68 GGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT < 1:15732159/67‑1 GGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT < 1:25761235/67‑1 GGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTA < 1:29097052/67‑1 TTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:11602604/55‑1 CCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGG > 1:15620518/1‑68 AACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTAAGCGTATAGGGACTACGGATCGGTGCAATTTAT > 1:33471/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTATGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:23467193/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:3117311/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:17346799/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:16573388/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:16403692/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:29852253/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:11534424/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:20549718/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:16218707/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:14010677/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:9221196/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:18189500/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:22273828/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:26307765/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:19193388/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |