| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3832491 = | 307 (0.850) | 13 (0.040) | 5/96 | NT | 6.4% | coding (884/924 nt) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
| ? | CP009273 | 3832524 = | 119 (0.390) | coding (917/924 nt) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter | |||||
TTAACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3832563‑3832491‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcgcggcATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT > CP009273/3832524‑3832589 TTAACGGTGGCGCTGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTCTGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGC < 1:28897985/68‑1TTAACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGC < 1:21156821/68‑1TTAACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGC < 1:29311806/68‑1TTAACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGC < 1:7475614/68‑1 TAACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGC > 1:26200788/1‑67 TAACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTCTTCTGGC > 1:11852840/1‑67 AACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGC > 1:15350664/1‑68 AACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGC > 1:14415589/1‑68 AACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGC > 1:27579702/1‑68 AACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGC > 1:9016875/1‑68 AACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGC > 1:2399737/1‑68 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:25729880/1‑68 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG < 1:18792332/68‑1 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG < 1:2709899/68‑1 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:1915693/1‑68 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG < 1:23355750/68‑1 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG < 1:10113319/68‑1 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG < 1:3811651/68‑1 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG < 1:11329301/68‑1 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG < 1:9209800/68‑1 ACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:8255762/1‑68 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGGGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:20665565/1‑67 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGG < 1:22192853/68‑1 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGG < 1:2330917/68‑1 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:4016891/1‑67 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:21529635/1‑67 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:9938008/1‑67 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:23564063/1‑67 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:14742960/1‑67 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:407029/1‑67 CGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCG > 1:29672857/1‑67 tGTGGCGCGGTGCCTTGCTGGTTATTCTCACTTATGCCGCGCCGGTGTATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:15852873/67‑1 gggGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:19481319/65‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGGTGGGTATTGTCACTTATGCCGCTCCGGACGATTTATTTTTCTGGGGCGGC < 1:6927609/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:7947202/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:8658133/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:27150125/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:27470204/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:5859036/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:23331547/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:10285029/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:12459008/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC > 1:20877820/1‑68 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:17983348/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:13085046/68‑1 GGTGGCGCGGTGCCTGGCGGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC < 1:5742783/68‑1 GCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAG < 1:15331515/67‑1 GCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAG < 1:23664982/67‑1 GCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAG < 1:27035170/67‑1 GCGGTGCCTGGCGGGGAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAG < 1:22470108/67‑1 TGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAG < 1:21028236/67‑1 TGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAG < 1:12705458/67‑1 CTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATT < 1:2725544/68‑1 CTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAAT < 1:10379253/67‑1 CTGGCTGGCAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAAT < 1:15056100/67‑1 TGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCA < 1:25971088/67‑1 TGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCA < 1:17886556/67‑1 TGGAAATTCCCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCA < 1:16276542/67‑1 GGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGC < 1:26068057/68‑1 GGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGC < 1:14969090/68‑1 GGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGC < 1:20472955/68‑1 GGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGC < 1:29476166/68‑1 GGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGC < 1:28525864/68‑1 GGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTA < 1:13031948/68‑1 GGCGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTA < 1:20400670/68‑1 CGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGC > 1:28954938/1‑68 CGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAG < 1:918548/67‑1 CGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAG < 1:12899811/67‑1 CGCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCGTTAGC > 1:28992842/1‑68 gccGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTCCCGCTTTAGC > 1:21514167/4‑67 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCG > 1:13566179/1‑68 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCG < 1:22373137/68‑1 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCG > 1:25371589/1‑68 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCG > 1:13243300/1‑68 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCG > 1:6163296/1‑68 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCG > 1:29567393/1‑68 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCG > 1:21723242/1‑68 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGC > 1:5018356/1‑67 GCGGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTGTAGCG > 1:24674/1‑68 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGAC < 1:9421095/68‑1 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGAC < 1:28709220/68‑1 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGA < 1:4756279/67‑1 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGA < 1:1865758/67‑1 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGA < 1:27263727/67‑1 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGA < 1:1545802/67‑1 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGA < 1:7244141/67‑1 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGA < 1:1247275/67‑1 GGCATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCG > 1:18255977/1‑66 CATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATTGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT > 1:9148124/1‑67 CATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT > 1:23392991/1‑67 CATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT < 1:15515211/67‑1 CATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT < 1:17734908/67‑1 CATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT < 1:27060091/67‑1 CATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT < 1:9755962/67‑1 CATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT < 1:16083800/67‑1 TTAACGGTGGCGCGGTGCCTGGCTGGTAATTCTCACTTATGCCGCGCCGGACGATTTATTTTTCTGGCGCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3832563‑3832491‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcgcggcATAAGTGAGAATTACCAGCCAGGCACCGCGCCACCGTTAAAAATGGTTTCTGCCGCTTTAGCGACT > CP009273/3832524‑3832589 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |