| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 691855 = | 323 (0.900) | 46 (0.140) +TAATG |
3/102 | NT | 12.5% | intergenic (+123/+31) | ubiF/glnX | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase/tRNA‑Gln |
| ? | CP009273 | 691998 = | 382 (1.060) | noncoding (75/75 nt) | glnV | tRNA‑Gln | |||||
Only 100 of 576 total aligned reads displayed.
TCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCG > CP009273/691931‑692064 | cgaggttcgaatcctcgtaccccagccacattaaaaaagctcgcttcggcgagcttttttaatgTGGc < 1:5269855‑M2/4‑1 (MQ=255) gCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGTTGCACGTTGAAGGTAAGCGGGTTGAATATAGTGGCT‑gg > 1:24891680/1‑68 (MQ=18) ccTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAGGGTGCAGTTAAAAGGTAAGAGGCTTGAATATATAGGCT‑ggg > 1:25057019/1‑68 (MQ=21) ttcgaatcctcgtaccccagccacattaaaaaagctcgcttcggcgagcttttttaatgTGGCT‑ggg < 1:20759016‑M2/8‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGTGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑ggg < 1:10591552/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑ggg < 1:9809411/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑ggg < 1:23090277/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑ggg < 1:6394362/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑ggg < 1:18734619/67‑1 (MQ=255) cGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAATTTAAGCGAATTTAATAAATATTCT‑GGGGTACGa > 1:25762266/1‑68 (MQ=25) cGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGa > 1:17824789/1‑68 (MQ=255) cGCTTGGCGATACCCCAACAGGGTGCAGTTTCAAGGTAAGCGTATTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGa > 1:8537990/1‑68 (MQ=38) gCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGTTAAGCGTATAGAAGAAATTGTCT‑GGGGTTCGAg > 1:15385971/1‑68 (MQ=255) ttGGCGATACCCCAACTTGGTTCACTTACAAGGTACGCTGCTTTATTAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGa < 1:4339649/68‑1 (MQ=25) ttGCCGATACCCCAACTGGGTTCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGa < 1:20689774/68‑1 (MQ=255) gATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGa > 1:14003177/1‑68 (MQ=255) aTACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGa > 1:26648198/1‑67 (MQ=255) aTACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGa > 1:12423364/1‑67 (MQ=255) aCCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGaa > 1:13728131/1‑66 (MQ=255) cccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGTATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTc < 1:21846227/68‑1 (MQ=255) cccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTc > 1:26348505/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:27475433/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:5915677/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:18023394/1‑68 (MQ=255) cTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:24616894/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:37405/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:13308823/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:4496807/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:21489381/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:7794704/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:8142320/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:1698439/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:24805295/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:1126758/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTGGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAGCCTCGGAAt > 1:717308/1‑67 (MQ=37) tGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCgg > 1:12063620/1‑68 (MQ=255) tcACTCACCAGGTAAGGGGCTTTAATAATTTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCgg < 1:3924683/66‑1 (MQ=14) cTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATc > 1:1711349/1‑68 (MQ=255) tACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCa > 1:7458079/1‑68 (MQ=255) tACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAg > 1:10077552/1‑68 (MQ=255) aCAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGa < 1:15731856/68‑1 (MQ=255) aaGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:25881079/1‑67 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGGATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:20327249/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GTGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaaac > 1:28395364/1‑65 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:2416114/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:15992629/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:16186337/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:16463535/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:14578057/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:24340353/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:13395078/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:5683888/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:14340248/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:18420664/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:5468901/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:4945322/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:21218584/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATc > 1:2233542/1‑67 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATc > 1:19917740/1‑67 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:2914095/1‑68 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:28975552/1‑68 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAAACCgg > 1:227319/1‑68 (MQ=255) gtgcttttttaatgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:6557668‑M2/54‑1 (MQ=255) gcgcttttttaatgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:10239554‑M2/54‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:9672009‑M2/54‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:17254280‑M2/54‑1 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:19401759/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:10907370/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:22099761/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAAAAACCGGTg > 1:9429091/1‑66 (MQ=255) gTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCt > 1:29847686/1‑68 (MQ=255) gTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCt > 1:19259376/1‑68 (MQ=255) gTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCt > 1:2099645/1‑68 (MQ=255) tCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCtt > 1:11688418/1‑68 (MQ=255) tCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCtt > 1:4770778/1‑68 (MQ=255) gcttttttaatgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCt < 1:7937042‑M2/55‑1 (MQ=255) tttaatgTGGCT‑GGGGTACTATGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGc < 1:8783537‑M2/61‑1 (MQ=255) ttaatgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTCCCGCt > 1:8985672‑M2/7‑68 (MQ=255) ttaatgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt > 1:5037906‑M2/7‑68 (MQ=255) aTAATTTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTGGGAATGCCGGTATCATAAACCGGTGCCTTACCGCt < 1:6295183/68‑1 (MQ=11) aTAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGc > 1:233922/1‑67 (MQ=40) aTAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt > 1:3295677/1‑68 (MQ=40) aTAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt > 1:14887577/1‑68 (MQ=40) aatgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTg < 1:15539551‑M2/64‑1 (MQ=255) tttGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCATAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:27687580/67‑1 (MQ=11) tgTGGGT‑TGGGTACGAGGTTTGGATCCTCGGAATTCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTtgga < 1:28275185‑M2/66‑2 (MQ=255) tgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:25464564‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:26092254‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:12936837‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:15113694‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:27936353‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:27169077‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:19988864‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:22531070‑M2/3‑68 (MQ=255) aTTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:13572115/1‑68 (MQ=33) aTTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCACGGAATGCCGGAATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:16765104/68‑1 (MQ=11) ttGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCg > 1:26496752/1‑68 (MQ=31) ttGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCg > 1:23903001/1‑68 (MQ=31) ttGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCg > 1:17563219/1‑68 (MQ=14) gTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCg < 1:29349735‑M2/67‑1 (MQ=255) | TCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCT‑GGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCG > CP009273/691931‑692064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |