| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3652912 = | 561 (1.190) | 23 (0.060) | 8/98 | NT | 5.2% | coding (321/1158 nt) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| ? | CP009273 | 3652940 = | 351 (0.850) | coding (349/1158 nt) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3652985‑3652912‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGATT > CP009273/3652940‑3653006 TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:29905810/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:29100252/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:27212302/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:27134807/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:32451965/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:9005479/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:24801868/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:38078481/1‑68TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:13791897/1‑68 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCG < 1:30652447/68‑1 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:29472477/1‑67 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:22756168/1‑67 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:23683174/1‑67 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:36812226/1‑67 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:6182650/1‑67 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:9049409/1‑67 GGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTC > 1:6600464/1‑67 TCTTCAGCAACGATGCGTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:27733164/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:31668527/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:26202085/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:25218476/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:24557325/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:15477423/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:24539671/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:36793966/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:14550574/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:37148196/1‑68 TCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC > 1:38993100/1‑68 CTTCAGCCACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCC < 1:6113030/67‑1 CTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCA > 1:26588770/1‑68 CTTCAGCAACGATGCCGGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCA < 1:15501987/68‑1 TTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAG < 1:7858675/68‑1 TTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCA > 1:24155359/1‑67 TTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGACATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAG < 1:30531833/68‑1 CGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGAGGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCC < 1:34299538/68‑1 TGCCGGGCGGTTAAAGGGGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCA < 1:17727319/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTCGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:2121265/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:30912734/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:38995077/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:4832667/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:17268142/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:14085381/68‑1 TGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:10891292/68‑1 TGGCGGTTAAAGGGGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:10968992/68‑1 TGGCGGGTAAAGGGGAAGCGGGCATTGCTGGCGGGAGAGCCCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCAC < 1:22525420/68‑1 AGGTGATCCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTGCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGC < 1:35422494/68‑1 AGGGGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGC < 1:17050014/68‑1 GGTACAGCGCGCTTTCGCCAGCAAGGCCCGCAACACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCA < 1:6874098/68‑1 CGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTC < 1:18931157/68‑1 CGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTC < 1:29395693/68‑1 GCCAGCAATGCCCGCCTCCCCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:22898366/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCCCCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGCCCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:519665/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGCCCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:34952728/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTCGCCGTCA > 1:8208011/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:9163255/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:31667938/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:7506475/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:10146008/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:9051202/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:33266220/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:6419902/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:5049963/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:8126803/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:2862392/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:1653938/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:14844624/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:1926032/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:19389864/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:19445929/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:20535921/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:14406501/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:20586003/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:21343689/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:22368003/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:12442117/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:24080098/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA < 1:24156225/68‑1 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:25800113/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:26425867/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:26545916/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:2688756/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCA > 1:27554913/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACAAAATACGTTAGCCGTCA > 1:12234078/1‑68 GCCAGCAATGCCCGCATCACCTATAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCACCTACGTTAGCCGTCA > 1:18091988/1‑68 CAGCAATGCCCGCATCCCCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG > 1:3955944/1‑68 CAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG > 1:12332398/1‑68 CAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG < 1:34765168/68‑1 CAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG > 1:4890375/1‑68 CAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG > 1:33569663/1‑68 CAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG > 1:16463062/1‑68 CAGCAATGCCCGCATCACCTTAAACCGCCAGGCAACGTTGCTCAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGG > 1:33569678/1‑68 AGCAATGCCCGAATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGATGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGA < 1:39083349/68‑1 GCAATGCCCGCATCCCCTTTAACCGCCAGGCATGGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAT > 1:18948229/1‑68 GCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTCGCCGTAAGGAT > 1:11645980/1‑68 GCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAT > 1:28992574/1‑68 GCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAT > 1:12665947/1‑68 GCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAT > 1:36612870/1‑68 GCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAT > 1:24795192/1‑68 CAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGATT > 1:13068939/1‑68 CAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGATT > 1:23253098/1‑68 TGGTCTTCAGCAACGATGCCTGGCGGTTAAAGGTGATGCGGGCATTGCTGGCGGTAGAGAGCGCTTTCGCCAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3652985‑3652912‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGATT > CP009273/3652940‑3653006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |