New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3652912 = | 561 (1.190) | 23 (0.060) | 8/98 | NT | 5.2% | coding (321/1158 nt) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
? | CP009273 | 3652940 = | 351 (0.850) | coding (349/1158 nt) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
Only 100 of 702 total aligned reads displayed.
GCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGATT > CP009273/3652874‑3653006 | aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:38918203/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:10831425/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:38419928/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:30257761/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt > 1:5119245/1‑67 (MQ=255) aCCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAt < 1:13542436/67‑1 (MQ=255) ccTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAACGCGCTCTCTACCGCCAGCAATg > 1:26474786/1‑67 (MQ=255) ccTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATg > 1:19327019/1‑67 (MQ=255) tttACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGccc < 1:35952166/68‑1 (MQ=255) gatgcctggcggttaaaggtgatgcgggcattGCTGGCGAAAGCGCTCGCGACCGCCAGCAATGccc < 1:37083559‑M1/35‑1 (MQ=255) gatgcctggcggataacggtgaggcgggcattgcgggcggaagagcgcgctttcgccagcAATGCCCg < 1:5494871‑M2/8‑1 (MQ=255) tACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGc > 1:16217464/1‑68 (MQ=255) tACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGc > 1:4299386/1‑68 (MQ=255) aCAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCa < 1:9156322/68‑1 (MQ=255) aCAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCa > 1:33136170/1‑68 (MQ=255) aGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATc > 1:25366144/1‑68 (MQ=255) aGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATc > 1:20751225/1‑68 (MQ=255) aGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATc > 1:32184975/1‑68 (MQ=255) aGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATc > 1:9575932/1‑68 (MQ=255) ggCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCATCAATGCCCGCATc > 1:27915627/1‑67 (MQ=255) tggcggttaaaggtgatgcgggcattgctggcggtagagagcgctttcgccagcAATGCCCGCATCAc < 1:17268142‑M2/14‑1 (MQ=255) tggcgggtaaaggggaagcgggcattgctggcgggagagcccgctttcgccagcAATGCCCGCATCAc < 1:22525420‑M2/14‑1 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCCTCa > 1:21798606/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:3463093/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:119144/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:14907904/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:6315691/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:20976427/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:3907789/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:35077499/1‑67 (MQ=255) gCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:490439/1‑67 (MQ=255) ggcggttaacggtgatgcgggcattgctggcggtagagagcgctttcgccagcAATGCCCGCATCAcc < 1:34775539‑M2/15‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCa > 1:34186676/1‑66 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:24659618/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:2823951/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:26106004/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:11511564/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:12847118/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:19051239/67‑1 (MQ=255) ccGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc < 1:1664756/67‑1 (MQ=255) gcggttaaaggtgatgcgggcattGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCCCCt < 1:17050014‑M1/44‑1 (MQ=255) gAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCtt < 1:13242854/68‑1 (MQ=255) gAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCtt < 1:24828567/68‑1 (MQ=255) cTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTa > 1:17990358/1‑67 (MQ=255) aCTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCg > 1:15512629/1‑67 (MQ=255) aCTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCAGCCCCTTTAACCg > 1:36929035/1‑67 (MQ=255) cTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGcc < 1:21412058/68‑1 (MQ=255) gtgatgcgggcattGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa < 1:23013648‑M1/54‑1 (MQ=255) gtgatgcgggcattGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa < 1:14085381‑M1/54‑1 (MQ=255) ccGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAg < 1:33411682/68‑1 (MQ=255) tgcgggcattGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCCCCTTTAACCGCCCGGCa < 1:17727319‑M1/58‑1 (MQ=255) cAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCa > 1:34304353/1‑67 (MQ=255) aaGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCg < 1:32937350/68‑1 (MQ=255) gCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGtt > 1:5935976/1‑67 (MQ=255) gCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGtt > 1:30910863/1‑67 (MQ=255) tCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGc < 1:8602909/67‑1 (MQ=255) GCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGa < 1:29438546‑M1/68‑1 (MQ=255) CTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGaa < 1:7858675‑M1/68‑1 (MQ=255) CTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCAAGCAATGCACGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGaa < 1:23698451‑M1/68‑1 (MQ=255) GGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGa > 1:14550574‑M1/1‑68 (MQ=255) CGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGAcc < 1:30652447‑M1/68‑1 (MQ=255) ggtacagcgcgctttcgccagcAAGGCCCGCAACACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCa < 1:6874098‑M2/46‑1 (MQ=255) GAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGAcc > 1:22756168‑M1/1‑67 (MQ=255) GAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCa > 1:29062116‑M1/1‑68 (MQ=255) GAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCa > 1:32451965‑M1/1‑68 (MQ=255) aaGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCaa < 1:36345423/67‑1 (MQ=255) aGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACt < 1:20430809/68‑1 (MQ=255) gcgcTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACt > 1:37149633/1‑67 (MQ=255) gcTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTa < 1:29608742/66‑1 (MQ=255) gcTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTAc < 1:29998307/67‑1 (MQ=255) aCCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCg < 1:13863898/68‑1 (MQ=255) ccGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCg > 1:22087571/1‑67 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTCGCCGTCa > 1:8208011‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:10146008‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:12442117‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:11051746‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa < 1:24156225‑M2/62‑1 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:22368003‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:25800113‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:26590883‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:31667938‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCa > 1:2862392‑M2/7‑68 (MQ=255) gccagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACAAAATACGTTAGCCGTCa > 1:12234078‑M2/7‑68 (MQ=255) cagcAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAgg > 1:16463062‑M2/5‑68 (MQ=255) caccAAGGCCCGCCACCCCTTAAACCGCCTGGCAGCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAgg < 1:10453508/65‑1 (MQ=255) cAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt > 1:23253098‑M2/2‑68 (MQ=255) aaTGCCCGCATCTCCTTTAACCGCCAGGCATCGTTCCTGAAGACCAACTAAGTTAGCCGTCAGGa < 1:2440014/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGACGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:36606674/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGGCCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:8923037/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:35485543/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:33799134/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:27514446/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:27115347/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:19612372/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:37621711/67‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:35347783/67‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:18632263/67‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:17505916/67‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCTTAAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGa < 1:31365187/65‑1 (MQ=255) aaTGCCCGCATCACCATTAACCGCCACGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGAtt < 1:6181945/67‑1 (MQ=255) | GCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGAAGACCAACTACGTTAGCCGTCAGGATT > CP009273/3652874‑3653006 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |