| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 727866 | 0 (0.000) | 9 (0.020) | 4/96 | NT | 100% | coding (2828/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | = 729698 | NA (NA) | pseudogene (110/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein | |||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/727793‑727866‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgtcacggGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT < CP009273/729698‑729632 cGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:33308449/67‑1AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGCCGCGCACTATCGTTACCGGTATGACCG > 1:15565848/1‑68AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG > 1:14816082/1‑68AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG > 1:7348084/1‑68AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG > 1:34185400/1‑68AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG > 1:19416589/1‑68 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTC > 1:23950522/1‑67 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGT < 1:36460726/66‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:24220322/65‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:35441713/65‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:18428969/65‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:12105849/65‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:23492521/65‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC < 1:13886/64‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGGATGACCG < 1:3985626/65‑1 GCCCTAAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGCCCGTC > 1:7927318/1‑67 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGCCGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:10764617/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAg > 1:9218793/1‑67 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:5913689/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:26040174/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:27333871/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC < 1:30516446/68‑1 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:13277861/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:38388962/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:14276925/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:35967037/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCA > 1:31345340/1‑67 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGACCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:5712215/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGACCGTGACGCGCACTATATTTAACTGTATGACCGTCAC > 1:34527458/1‑68 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:33408534/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:11515882/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:29767947/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG > 1:33959530/1‑68 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:19817164/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:13637223/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC < 1:33577700/67‑1 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG < 1:30976903/68‑1 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG < 1:37888250/68‑1 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG > 1:7474547/1‑68 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG > 1:12346328/1‑67 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG > 1:13927249/1‑67 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG > 1:34618661/1‑67 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG > 1:6598972/1‑67 CAGCATGTGGCCGGATAACCGTAGCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCCCGGGC < 1:10152552/68‑1 ATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCG < 1:5076386/65‑1 ATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCG < 1:3585538/65‑1 GTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACG < 1:24943064/68‑1 GTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACG < 1:16729185/68‑1 GCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC > 1:10144700/1‑50 GCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTG > 1:15352107/1‑68 gtcACGCGCACTATCTTTCCCGGTAGGACCGCCACGGGCTATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGG < 1:15027767/65‑1 GCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTC < 1:6337728/68‑1 CCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGG < 1:21483328/68‑1 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:24631377/1‑68 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:10709877/1‑68 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:12896091/1‑68 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:37108028/1‑68 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:35908958/1‑68 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:19982984/1‑68 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:20757802/1‑68 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:31886915/1‑68 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGGTGAGGGTGCTGTCCGGGGGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:26171139/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:893501/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:2157391/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:2284169/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:26665364/68‑1 ACGGGCGATACGGTTCTCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:4832635/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGTTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:1740418/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:28674206/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:16035485/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC > 1:22321568/1‑68 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:14684991/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:14006218/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:7063651/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC > 1:7410220/1‑68 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:19208770/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:8143606/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:33143283/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:4094050/67‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGGCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:32970274/67‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGGGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:35244985/68‑1 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCtg > 1:2790599/1‑65 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:35415053/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:2702480/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:21284706/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:8450725/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:19463847/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:1182884/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:18130505/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:2826305/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:37448231/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:6142408/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:35678261/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:25726634/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:36015489/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:37130657/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:30026504/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:1578062/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTACGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:17599537/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGACACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:23111314/1‑68 AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/727793‑727866‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgtcacggGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT < CP009273/729698‑729632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |