| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 727866 | 0 (0.000) | 9 (0.020) | 4/96 | NT | 100% | coding (2828/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | = 729698 | NA (NA) | pseudogene (110/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein | |||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCAC > CP009273/727799‑727933 | cTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG < 1:37888250‑M1/68‑1 (MQ=255)cTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG < 1:37556440‑M1/68‑1 (MQ=255)cTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG > 1:7474547‑M1/1‑68 (MQ=255)cTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG < 1:22920232‑M1/68‑1 (MQ=255) cAGCATGTGGCGGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCAATATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgc < 1:35875483‑M1/68‑3 (MQ=255) cAGCATGTGGCCGGATAACCGTAGCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCCCGGgc < 1:10152552‑M1/68‑3 (MQ=255) aTGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcg < 1:26107068‑M1/65‑4 (MQ=255) aTGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcg < 1:5076386‑M1/65‑4 (MQ=255) aTGTGGCCGGATAACCGTAGCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcg < 1:27211769‑M1/65‑4 (MQ=255) gtgGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGAgcgatacg < 1:35434329‑M1/68‑9 (MQ=255) ctgccgtgACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacggttatccggccacatgc < 1:19451153‑M1/64‑26 (MQ=255) gtcacgcGCACTATCTTTCCCGGTAGGACCGCCACGGgctatacggttatccggccacatgctgaggg < 1:15027767‑M1/65‑32 (MQ=255) ccGTCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcggg < 1:21483328‑M1/68‑60 (MQ=255) gTCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggca > 1:34236953‑M1/1‑7 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttattcggccacatgctgagggtgctgtacgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:16649144‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:24631377‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:31886915‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:19982984‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:28581036‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:14409846‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:1306972‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:15614731‑M1/1‑6 (MQ=255) ctcGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGATGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGca < 1:12610811/65‑1 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:6889635‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:2284169‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:21619962‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:2157391‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:4046998‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:8437613‑M1/1‑5 (MQ=255) cACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGca < 1:25567030/67‑1 (MQ=33) cACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGca < 1:17932835/67‑1 (MQ=33) aCGGgcgatacggttctccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:4832635‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:33143283‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:3129695‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc > 1:7410220‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:7253060‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc > 1:35509473‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:16035485‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:35747671‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:14006218‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:2068552‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:14684991‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:1482894‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:19208770‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:6419577‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:23613688‑M1/67‑64 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:11805886‑M1/67‑64 (MQ=255) aCGGgcgatacggatatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:24427016‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcacc < 1:22575443/68‑1 (MQ=35) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcacc < 1:14267865/68‑1 (MQ=35) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcacc < 1:38327272/68‑1 (MQ=35) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcacc < 1:30327324/68‑1 (MQ=35) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcac > 1:10169805/1‑67 (MQ=35) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcac > 1:28142123/1‑67 (MQ=35) cGGgcgatacggtactccggccacatgctgagggtgctgtcagggtgcagctccgggtcgggcaggcg < 1:18269061‑M1/68‑66 (MQ=255) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCTCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:6800039/68‑1 (MQ=25) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:37375092/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:13358079/68‑1 (MQ=35) 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gCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca > 1:33059052/1‑67 (MQ=35) gCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca > 1:32613768/1‑67 (MQ=35) | CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCAC > CP009273/727799‑727933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |