| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2148074 = | 419 (0.890) | 18 (0.040) | 13/96 | NT | 5.5% | coding (578/1248 nt) | mdtA | multidrug efflux system, subunit A |
| ? | CP009273 | 2148105 = | 260 (0.640) | coding (609/1248 nt) | mdtA | multidrug efflux system, subunit A | |||||
GATTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2148147‑2148074‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATC > CP009273/2148105‑2148171 GATTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCC > 1:31666387/1‑68 ATTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCA > 1:25269637/1‑68 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCTACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCC < 1:13735020/66‑1 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAG > 1:10758044/1‑68 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAG > 1:12159611/1‑68 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAG > 1:27946168/1‑68 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCA < 1:7922087/67‑1 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCA < 1:3016927/67‑1 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCA < 1:12330840/67‑1 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCA < 1:32455584/67‑1 TTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCC < 1:549815/66‑1 TTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGT < 1:20337789/68‑1 TTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGT < 1:21237581/68‑1 TTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGT < 1:34679052/68‑1 TTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGT < 1:11344406/68‑1 TGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTC > 1:18594059/1‑68 TGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTC > 1:22242925/1‑68 TGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTC > 1:7968078/1‑68 TGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTC > 1:23335471/1‑68 TGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTC > 1:10528554/1‑68 TGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACAAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTC > 1:9437900/1‑68 GGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCG > 1:4084238/1‑68 GTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGA > 1:2125908/1‑68 TTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGA < 1:5408059/67‑1 ACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGATGGTCGC < 1:30116527/68‑1 CATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCG < 1:35941436/68‑1 CATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGGGCGGAAATCCGGCTCCAGACGATGGTCGCG < 1:8563216/68‑1 TCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACGGGTGCGGTAATCCGGCGCCAGTCGATGGTGGCGTT > 1:1414984/1‑68 AACCTGCGTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCGCCAGTCGATGGTCGCGTTGG < 1:299948/68‑1 TGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCGTTGGGCTCAAGC > 1:23179309/1‑68 GACCCACGCGACCATCGACGGGTGCGGTCAGCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGG < 1:12789707/68‑1 GACCAACGCGCCCACCGCCTGGGGCGGTAATCCGGCGCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGG < 1:37190505/68‑1 AACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGA < 1:37618098/68‑1 ACGCGACCATCGACTGGGGCGGTAATCCGCCGCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGAT < 1:39059032/68‑1 ACGCCACCACCGACTGGTGCGGTAATCCGGCCCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGAT < 1:14531958/68‑1 ccACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACC < 1:10660187/66‑1 CGACTGGCGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACC < 1:23032090/68‑1 CGACCGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGGCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACC < 1:16392602/68‑1 TGCGGTAATCCGGCCCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCT < 1:27867238/67‑1 AATCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGG > 1:34466126/1‑68 AATCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGG < 1:480431/68‑1 TCCGGCTCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTG > 1:21715655/1‑68 TCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACC > 1:20404749/1‑67 CCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCAC < 1:27727869/68‑1 CCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCA > 1:31796644/1‑67 CAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACC > 1:2752468/1‑68 CAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACC < 1:28573915/68‑1 AGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCG > 1:18463624/1‑68 AGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCG > 1:17770243/1‑68 TCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG > 1:38792830/1‑68 TCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG > 1:2637609/1‑68 TCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCAC < 1:3873900/64‑1 TCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACAACCGGG > 1:7710568/1‑68 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATCCCACCGGGA > 1:11652715/1‑68 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGA < 1:29170346/68‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGA > 1:30138078/1‑68 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGA > 1:23257621/1‑68 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGA > 1:31930999/1‑68 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:33654087/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:32507477/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:9523794/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:31721970/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:31268350/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:28389675/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:13089078/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:27964847/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:15592485/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:1635502/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:25701288/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:16913760/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:32439782/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:1974678/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:17949015/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGGGATACCACCGGG < 1:18329403/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGCAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:26329275/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGGTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:7277784/67‑1 CGATGGTCGCGTTGGGCGCAAGCAGGTTGATGGTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:23723102/67‑1 CGATGGTCGCGTTCGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGG < 1:26006573/67‑1 GATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGAT < 1:24701732/68‑1 GATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGAT < 1:27436856/68‑1 GATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGAT < 1:11514518/68‑1 ATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATC > 1:168519/1‑68 ATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATC > 1:34913980/1‑68 GATTTGGTTACCAACATCAACCTGCTTGAGACCAACGCGACCATCGACTGGTGCGGTAATCCGGCTCCAGTCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2148147‑2148074‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATC > CP009273/2148105‑2148171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |