| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2148074 = | 419 (0.890) | 18 (0.040) | 13/96 | NT | 5.5% | coding (578/1248 nt) | mdtA | multidrug efflux system, subunit A |
| ? | CP009273 | 2148105 = | 260 (0.640) | coding (609/1248 nt) | mdtA | multidrug efflux system, subunit A | |||||
Only 100 of 468 total aligned reads displayed.
CTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCG > CP009273/2148038‑2148172 | cTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGAt > 1:31986144/1‑68 (MQ=255)cTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGAt > 1:7316973/1‑68 (MQ=255) tgatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATg < 1:35910830/68‑1 (MQ=255) gatgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATgg < 1:8236667/68‑1 (MQ=255) tgaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGt < 1:29107178/67‑1 (MQ=255) gaAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTc > 1:36425682/1‑67 (MQ=255) acatcaacctgcttgagaccaacgcgaccatcgactggtgcggtaatccggctccagtcgaTGGTcgc < 1:30116527‑M2/7‑1 (MQ=255) agcaagcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTcgcg < 1:2207940/68‑1 (MQ=255) agcaagcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTcgcg < 1:29511249/68‑1 (MQ=255) agcaagcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTcgc < 1:26215309/67‑1 (MQ=255) tcaacctgcttgagaccaacgcgaccatcgacgggtgcggtaatccggcgccagtcgaTGGTGGCGtt > 1:1414984‑M2/59‑68 (MQ=255) caagcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGtt > 1:25191542/1‑68 (MQ=255) caagcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGtt > 1:20144673/1‑68 (MQ=255) caagcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGtt > 1:785799/1‑68 (MQ=255) agcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTgg < 1:37646556/68‑1 (MQ=255) agcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTgg < 1:38277020/68‑1 (MQ=255) gcGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTgg > 1:19416501/1‑67 (MQ=255) cGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTgg > 1:15200831/1‑66 (MQ=255) cGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTgg > 1:32140953/1‑66 (MQ=255) cGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTgg > 1:21157123/1‑66 (MQ=255) cGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTgg > 1:35245398/1‑66 (MQ=255) gTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGtc > 1:25866668/1‑67 (MQ=255) gTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGt < 1:13135893/66‑1 (MQ=255) gTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGt < 1:4658088/66‑1 (MQ=255) gTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGt < 1:7107715/66‑1 (MQ=255) gTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGt < 1:35764171/66‑1 (MQ=255) gTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGt < 1:30504870/66‑1 (MQ=255) gCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCaa > 1:8560780/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCaa > 1:32616846/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCaa > 1:36060697/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCGCAGCTGCAACTAGACTGGAGCCGGATTACCGCACAAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCaa > 1:1360002/1‑67 (MQ=255) gacccacgcgaccatcgacgggtgcggtcagccggctccagtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:12789707‑M2/23‑1 (MQ=255) gaccaacgcgcccaccgcctggggcggtaatccggcgccagtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:37190505‑M2/23‑1 (MQ=255) cgcgcAGCTGCAACTCGACTGGAGACGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg > 1:16062859/1‑68 (MQ=255) cgcgcAGCTGCAACTCGACAGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGCTCTAAAGCAgg > 1:15743197/1‑68 (MQ=255) gcgcAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:2237641/67‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:14562900/67‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:34285570/67‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:10590579/67‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:21428035/67‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:20819937/67‑1 (MQ=255) tGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGAt < 1:11467781/65‑1 (MQ=255) tGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGAt < 1:12913229/65‑1 (MQ=255) tGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGtt < 1:27971849/68‑1 (MQ=255) gCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTg > 1:8769565/1‑68 (MQ=255) cTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTa > 1:29773191/1‑67 (MQ=255) cTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTa > 1:26958186/1‑67 (MQ=255) cTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTa > 1:33433284/1‑67 (MQ=255) cTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTa > 1:10982433/1‑67 (MQ=255) cgactggcgcggtaatccggctccagtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAAcc < 1:23032090‑M2/38‑1 (MQ=255) cgaccggtgcggtaatccggctccaggcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAAcc < 1:16392602‑M2/38‑1 (MQ=255) GACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTTGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCa > 1:9437900‑M1/1‑68 (MQ=255) GACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCa > 1:18594059‑M1/1‑68 (MQ=255) GACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCa > 1:22242925‑M1/1‑68 (MQ=255) ACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCaa < 1:34679052‑M1/68‑1 (MQ=255) ACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCaa < 1:11344406‑M1/68‑1 (MQ=255) CTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCaaa > 1:10758044‑M1/1‑68 (MQ=255) TGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCaaa < 1:12330840‑M1/67‑1 (MQ=255) aGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAAtct < 1:28277033/67‑1 (MQ=255) ccGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCa > 1:10135534/1‑68 (MQ=255) cGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTcc < 1:4975657/66‑1 (MQ=255) ttACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAgtgg < 1:18304252/67‑1 (MQ=255) ttACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAgtgg < 1:5690777/67‑1 (MQ=255) ttACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAgtgg < 1:5392298/67‑1 (MQ=255) ttACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTGGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAgtgg < 1:17655512/67‑1 (MQ=255) tACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAgg < 1:244575/38‑1 (MQ=255) tACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAgtggtg < 1:6369263/68‑1 (MQ=255) tACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAgtggtg < 1:10270996/68‑1 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTTGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATa < 1:6885445/68‑1 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGAt > 1:33020909/1‑67 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGAt > 1:3983398/1‑67 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGAt > 1:31893007/1‑67 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGAt > 1:605620/1‑67 (MQ=255) cGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATATCCAGTGGTGAt > 1:23953707/1‑67 (MQ=255) gCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATac < 1:1984359/68‑1 (MQ=255) gCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATa > 1:26440044/1‑67 (MQ=255) tccagtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacc > 1:20404749‑M2/10‑67 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacca < 1:30980200/68‑1 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacca < 1:25030269/68‑1 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacca < 1:19083362/68‑1 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacca < 1:34487379/68‑1 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacc > 1:33923126/1‑67 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacc > 1:6620231/1‑67 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacc > 1:21896143/1‑67 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacc > 1:15579863/1‑67 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacc > 1:4494145/1‑67 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacc > 1:36784323/1‑67 (MQ=255) aCCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATacc > 1:31363896/1‑67 (MQ=255) ccagtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATaccac < 1:27727869‑M2/60‑1 (MQ=255) cagtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATaccacc < 1:28573915‑M2/61‑1 (MQ=255) agtcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCg > 1:17770243‑M2/7‑68 (MQ=255) tcgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATaccac < 1:3873900‑M2/60‑1 (MQ=255) cgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATCCCACCGGGa > 1:11652715‑M2/4‑68 (MQ=255) cgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCggg < 1:25701288‑M2/64‑1 (MQ=255) cgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCggg < 1:16913760‑M2/64‑1 (MQ=255) cgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCggg < 1:33654087‑M2/64‑1 (MQ=255) cgaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGa > 1:23257621‑M2/4‑68 (MQ=255) cgaTGGTCGCGTTGGGCGCAAGCAGGTTGATGGTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCggg < 1:23723102‑M2/64‑1 (MQ=255) gaTGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGAt < 1:27436856‑M2/66‑1 (MQ=255) tGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCg < 1:24093918/68‑1 (MQ=255) | CTGATGAAGCAAGCGTTGCCAGCGCGCAGCTGCAACTCGACTGGAGCCGGATTACCGCACCAGTCGATGGTCGCGTTGGTCTCAAGCAGGTTGATGTTGGTAACCAAATCTCCAGTGGTGATACCACCGGGATCG > CP009273/2148038‑2148172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |