| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3032389 = | 554 (1.170) | 23 (0.050) | 4/104 | NT | 5.1% | coding (714/897 nt) | xerD | site‑specific tyrosine recombinase |
| ? | CP009273 | 3032408 = | 349 (0.800) | coding (695/897 nt) | xerD | site‑specific tyrosine recombinase | |||||
GCAGCAGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3032458‑3032389‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagcACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGAA > CP009273/3032408‑3032474 GCAGCAGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACA < 1:8232317/68‑1GCAGCAGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACA > 1:34124379/1‑68GCAGCAGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACA > 1:5102906/1‑68GCAGCAGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACA > 1:14794764/1‑68GCAGCAGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACA > 1:3956045/1‑68 AGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC < 1:1000056/65‑1 AGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC < 1:26930647/65‑1 AGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC < 1:34421723/65‑1 AGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC < 1:22259567/65‑1 AGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC < 1:36400884/65‑1 AGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC < 1:18968875/65‑1 AGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC < 1:12370047/65‑1 AGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC < 1:7641124/65‑1 TCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGG < 1:20312168/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGCCAGCACAGCATAATGTTAAATACGGT < 1:38588929/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:37905813/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:38957534/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:5170178/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:35454929/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:5775913/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:28750161/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:10266730/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:27579795/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:10995144/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:11702174/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:13134504/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:24606083/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGGGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:27756516/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGGGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:15864215/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGGGCTGGCGGGTAGCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:19299171/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGCGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:12110161/68‑1 CTGGCACCGTATTAAACATTATGCGGGGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:29177265/68‑1 TGGCACCGTATTAAACATTATCCTGTGCGGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGT < 1:2825737/67‑1 gcaACCGTATTAAACATTATGCGGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGC < 1:9440350/65‑1 GGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGAATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGC < 1:38552954/68‑1 ACCGTATTAAACATTATTCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCA < 1:17798730/67‑1 CAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGG < 1:28532658/68‑1 CAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGG < 1:16761838/68‑1 CAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGG < 1:4573540/68‑1 CAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGG < 1:21144367/68‑1 CAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGGCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGG < 1:33504223/68‑1 CAGCACACCATAATGTTTAAAACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGG < 1:34653319/68‑1 GCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGA > 1:13872435/1‑68 GCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGA > 1:9155110/1‑68 GCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGA > 1:9110606/1‑68 GCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGA > 1:2554762/1‑68 GCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGA > 1:30178946/1‑68 GCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGA > 1:25465852/1‑68 GCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGA > 1:16414999/1‑68 GCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGA > 1:35934316/1‑68 CACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGAA > 1:29719582/1‑68 CACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCAGTCGCGTCATCTGCCGCGCACGCTGGCTGAGAg > 1:7238022/1‑67 GCAGCAGATGACGCGACAGACCTTCTGGCACCGTATTAAACATTATGCTGTGCTGGCGGGTATCGACAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3032458‑3032389‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagcACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGAA > CP009273/3032408‑3032474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |