| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3032389 = | 554 (1.170) | 23 (0.050) | 4/104 | NT | 5.1% | coding (714/897 nt) | xerD | site‑specific tyrosine recombinase |
| ? | CP009273 | 3032408 = | 349 (0.800) | coding (695/897 nt) | xerD | site‑specific tyrosine recombinase | |||||
Only 100 of 641 total aligned reads displayed.
AATGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGAAA > CP009273/3032343‑3032475 | aTGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacag < 1:37484609/68‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCACAACATGCGGTGAAAGATTTTCGCTGTCGATACACGacagcacagc > 1:28086767/1‑68 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc < 1:28393173/68‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc < 1:222085/68‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc > 1:17126090/1‑68 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc < 1:31912818/68‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc < 1:23217267/68‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc < 1:15626220/68‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc < 1:38962910/68‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc < 1:30932586/68‑1 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc > 1:29398107/1‑68 (MQ=255) tGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCcagcacagc < 1:5399221/68‑1 (MQ=255) aGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCAt > 1:19977480/1‑68 (MQ=255) ggCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGCTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAAt < 1:26758491/68‑1 (MQ=255) cAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:27143843/68‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:25125475/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:24257286/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:31518353/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:26339817/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:27507744/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:8551805/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:32800478/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:33937863/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:19410493/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:5123583/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:4008298/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:14322822/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:15416502/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:1604899/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:36938818/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:12867820/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:36613524/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:6071726/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:36091795/67‑1 (MQ=255) aaaaGCGGGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGt < 1:573023/67‑1 (MQ=255) aaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTa > 1:17409000/1‑68 (MQ=255) aaGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTa > 1:33242128/1‑68 (MQ=255) gCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAAt > 1:4460629/1‑68 (MQ=255) gCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAAt > 1:19129904/1‑68 (MQ=255) tctggcaccgtattaaacattatgctgtgctggcgggtatcgacagcACAGCATAATGTTTAATACgg < 1:20312168‑M2/21‑1 (MQ=255) ctggcaccgtattaaacattatgctgtgctggcgggtatcgacagcACAGCATAATGTTTAATACGGt < 1:28750161‑M2/22‑1 (MQ=255) ctggcaccgtattaaacattatgctgtgctggcgggtatcgacagcACAGCATAATGTTTAATACGGt < 1:24606083‑M2/22‑1 (MQ=255) ctggcaccgtattaaacattatgctgggctggcgggtatcgacagcACAGCATAATGTTTAATACGGt < 1:27756516‑M2/22‑1 (MQ=255) ctggcaccgtattaaacattatgctgcgctggcgggtatcgacagcACAGCATAATGTTTAATACGGt < 1:12110161‑M2/22‑1 (MQ=255) ctggcaccgtattaaacattatgcggggctggcgggtatcgacagcACAGCATAATGTTTAATACGGt < 1:29177265‑M2/22‑1 (MQ=255) tggcaccgtattaaacattatgctgtGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGAATAATGTTTAATACGGt < 1:17798730‑M1/41‑1 (MQ=255) cGCATCACATGCTGTTACTGCTTTTCGGTGTCTATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTTATACGGt < 1:11312265/67‑1 (MQ=255) cGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGt < 1:32153918/67‑1 (MQ=255) cGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGt < 1:35492877/67‑1 (MQ=255) cGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGt < 1:18345233/67‑1 (MQ=255) cGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTg < 1:23992992/68‑1 (MQ=255) cGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTg < 1:2153610/68‑1 (MQ=255) gcaaccgtattaaacattatgcggtgctggcgggtatcgacagcACAGCATAATGTTTAATACGGTGc < 1:9440350‑M2/24‑1 (MQ=255) gCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGc < 1:20806653/68‑1 (MQ=255) gCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGc < 1:37757100/68‑1 (MQ=255) gcaccgtattaaacattatgctgtGCTGTCGATTCCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGcc < 1:38552954‑M1/44‑1 (MQ=255) aaCACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCa < 1:20215846/68‑1 (MQ=255) accgtattaaacattatgctgtGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAg < 1:10266730‑M1/46‑1 (MQ=255) accgtattaaacattatgctgtGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAg < 1:10995144‑M1/46‑1 (MQ=255) acacATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAg > 1:13478647/1‑68 (MQ=255) acaTGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGaa > 1:22950402/1‑68 (MQ=255) acaTGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGaa > 1:12013892/1‑68 (MQ=255) acaTGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGaa > 1:16775426/1‑68 (MQ=255) tGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAgg > 1:21252095/1‑67 (MQ=255) tGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAgg > 1:12441154/1‑67 (MQ=255) ggTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAgg > 1:11672177/1‑64 (MQ=255) ggTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCt < 1:28970759/67‑1 (MQ=255) ggTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGAACAGCATAATGTTTAAAACGGTGCCAGAAgg > 1:14711527/1‑64 (MQ=255) gTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAgg > 1:32930755/1‑63 (MQ=255) tGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTc > 1:26025591/1‑68 (MQ=255) aCAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCTCAGCAGAGGGGGTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTcgc > 1:22019511/1‑68 (MQ=255) aCAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTcgc > 1:23645099/1‑68 (MQ=255) aCAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTcgc > 1:7877444/1‑68 (MQ=255) ttttCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTcgc < 1:30018432/63‑1 (MQ=255) ttttCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGt < 1:22571163/65‑1 (MQ=255) ttCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATct < 1:16503642/68‑1 (MQ=255) GCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATct < 1:1000056‑M1/65‑1 (MQ=255) TGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCtgctgc < 1:8232317‑M1/68‑1 (MQ=255) TGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCtgctgc > 1:34124379‑M1/1‑68 (MQ=255) cccGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctg > 1:3477516/1‑68 (MQ=255) cccGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctg > 1:32621938/1‑68 (MQ=255) cccGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctg > 1:33547669/1‑68 (MQ=255) cccGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCGGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctg > 1:7180274/1‑68 (MQ=255) ccGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctgg < 1:4961023/68‑1 (MQ=255) ccGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctgg < 1:30556573/68‑1 (MQ=255) ccGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctgg < 1:7534373/68‑1 (MQ=255) ccGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCCGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctgg < 1:18665872/68‑1 (MQ=255) cGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCGAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctgg < 1:17920942/67‑1 (MQ=255) cGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctggc < 1:892264/68‑1 (MQ=255) ccAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctggctg > 1:6401468/1‑68 (MQ=255) ccAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACgctggctg > 1:34993129/1‑68 (MQ=255) cagcACACCATAATGTTTAAAACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGctggctgg < 1:34653319‑M2/64‑1 (MQ=255) gcACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGa > 1:25465852‑M2/3‑68 (MQ=255) gcACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGa > 1:9110606‑M2/3‑68 (MQ=255) cACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGaa > 1:29719582‑M2/2‑68 (MQ=255) acagcaTAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGaa > 1:25821385/1‑67 (MQ=255) acagcaTAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGaa > 1:13873894/1‑67 (MQ=255) acagcaTAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGaa > 1:38171454/1‑67 (MQ=255) acagcaTAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGaa > 1:36367273/1‑67 (MQ=255) acagcaTAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGa < 1:31318473/66‑1 (MQ=255) | AATGAGTGGCAAAAGCGTGACGCAACACATGCGGTGACAGCTTTTCGCTGTCGATACCCGCCAGCACAGCATAATGTTTAATACGGTGCCAGAAGGTCTGTCGCGTCATCTGCTGCGCACGCTGGCTGGGAAA > CP009273/3032343‑3032475 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |