| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4364315 = | NA (NA) | 4 (0.010) | 3/98 | NT | NA | noncoding (1/99 nt) | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | 4364345 = | NA (NA) | noncoding (31/99 nt) | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 439 total aligned reads displayed.
TGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCAC > CP009273/4364249‑4364381 | tGCAACGGTCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGc < 1:10115065/68‑1 (MQ=255)tGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGc < 1:32723612/68‑1 (MQ=255)tGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGc < 1:21076121/68‑1 (MQ=255) gCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGcc > 1:37558389/1‑68 (MQ=255) gCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGcc > 1:13798714/1‑68 (MQ=255) gCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGcc > 1:974268/1‑68 (MQ=255) gCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGcc > 1:19189770/1‑68 (MQ=255) gCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGcc > 1:23726358/1‑68 (MQ=255) gCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGcc > 1:2876793/1‑68 (MQ=255) gCAACGGGCAAAGATTAAACTTCACAGTTTAATGCCAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGcc > 1:15067710/1‑68 (MQ=255) cAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCg > 1:11451365/1‑68 (MQ=255) cAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCg > 1:746589/1‑68 (MQ=255) cAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCg > 1:8988406/1‑68 (MQ=255) cAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCg > 1:25411277/1‑68 (MQ=255) ttcgctacgcttatcaggcctacatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCgg > 1:1227426‑M1/64‑68 (MQ=255) ttcgctacgcttatcaggcctacatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCgg > 1:4693991‑M1/64‑68 (MQ=255) ttcgctacgcttatcaggcctacatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCg > 1:35697160‑M1/64‑67 (MQ=255) aaCGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCgg > 1:2082909/1‑68 (MQ=255) aaCGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCgg > 1:3032006/1‑68 (MQ=255) aaCGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCgg > 1:34357826/1‑68 (MQ=255) aaCGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCgg > 1:38286471/1‑68 (MQ=255) tcgctacgcttatcaggcctacatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCGGa > 1:29501333‑M1/63‑68 (MQ=255) tcgctacgcttatcaggcctacatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCGGa > 1:27993984‑M1/63‑68 (MQ=255) tcgctacgcttatcaggcctacatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCGGa > 1:15377708‑M1/63‑68 (MQ=255) gCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCa > 1:32599868/1‑68 (MQ=255) aaaGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAg < 1:10373976/67‑1 (MQ=255) aaaGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGc < 1:24492209/68‑1 (MQ=255) aGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGt < 1:1177571/68‑1 (MQ=255) gATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTa > 1:8420199/1‑68 (MQ=255) 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ttAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCgg < 1:23051145/66‑1 (MQ=255) ttAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCgg > 1:868523/1‑66 (MQ=255) ttAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCgg > 1:6055864/1‑66 (MQ=255) ttAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGc < 1:16667003/67‑1 (MQ=255) tAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt < 1:3862952/68‑1 (MQ=255) tAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt < 1:29228578/68‑1 (MQ=255) tAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt < 1:24965079/68‑1 (MQ=255) gACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAg > 1:6285475/1‑68 (MQ=255) gACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAg > 1:33088188/1‑68 (MQ=255) gACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAg > 1:38029969/1‑68 (MQ=255) 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ttGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGt < 1:36233631/63‑1 (MQ=255) ttGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCAtt > 1:19497157/1‑68 (MQ=255) tGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCAtt < 1:26783242/67‑1 (MQ=255) tGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCAtt < 1:24202633/67‑1 (MQ=255) cTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCa > 1:6521552/1‑68 (MQ=255) cTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCa > 1:21919771/1‑68 (MQ=255) tACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCaaa > 1:25132528/1‑67 (MQ=255) tACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCaaa > 1:31825641/1‑67 (MQ=255) tACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCaaa > 1:26429711/1‑67 (MQ=255) aCTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTGCAGTTCATTGCAAATc > 1:9497055/1‑68 (MQ=255) 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ctTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGc < 1:32128000/68‑1 (MQ=255) | TGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCAC > CP009273/4364249‑4364381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |