| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2955919 | 281 (0.600) | 16 (0.040) | 5/96 | NT | 6.0% | coding (205/324 nt) | ppdC | putative prepilin peptidase‑dependent protein |
| ? | CP009273 | = 2955921 | 260 (0.640) | coding (203/324 nt) | ppdC | putative prepilin peptidase‑dependent protein | |||||
Only 100 of 423 total aligned reads displayed.
GGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTA > CP009273/2955852‑2955985 | gTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAg > 1:18913875/1‑68 (MQ=255) gTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAg > 1:3929578/1‑68 (MQ=255) aaCTAGCGTAACGCTGATGCTGACTCATCCCGCCTGCGATGTCTTCATTCGGTTGACCTGCCAGTtg > 1:7181952‑M2/1‑65 (MQ=255) cTAGCGTAACGCTGATGCTGCCACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggca < 1:6403637‑M2/68‑6 (MQ=255) cTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggca > 1:36643128‑M2/1‑63 (MQ=255) cTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggca < 1:15120242‑M2/68‑6 (MQ=255) cTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggca > 1:14180222‑M2/1‑63 (MQ=255) cTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggca < 1:37211161‑M2/68‑6 (MQ=255) cTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggca < 1:31179992‑M2/68‑6 (MQ=255) aGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcagg > 1:26985669‑M2/1‑61 (MQ=255) cGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:31477123/1‑68 (MQ=255) gTAACGCTGATGCTGACGCATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:33082735/1‑67 (MQ=255) gTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:24051779/1‑67 (MQ=255) gTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:792824/1‑67 (MQ=255) gTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg < 1:25296943/67‑1 (MQ=255) gTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTg > 1:14882449/1‑67 (MQ=255) aaCGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaac > 1:32842979‑M2/1‑56 (MQ=255) gCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGaaa > 1:9656331/1‑68 (MQ=255) tGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaa > 1:14554897‑M2/1‑51 (MQ=255) tGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGGCTGCATTCGGGTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaa > 1:30032200‑M2/1‑51 (MQ=255) tGATGCTGACACAACCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaa > 1:9327743‑M2/1‑51 (MQ=255) tGATGCTGACACAACCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaa > 1:7798545‑M2/1‑51 (MQ=255) gAGGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTGGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaatg > 1:18526282‑M2/1‑50 (MQ=255) tGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATcgc < 1:35200374/67‑1 (MQ=255) gCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaatgcag > 1:30687027‑M2/1‑47 (MQ=255) gCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATcgcgc < 1:16794534/68‑1 (MQ=255) tGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCgcgcgc < 1:29589400/68‑1 (MQ=255) tGACACATCCCGCCTGCGATGGCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTtggcaggtcaaccgaatgcaga > 1:37663392‑M2/1‑45 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:1212630/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:32090573/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:37798188/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:11021723/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAg > 1:35092113/1‑68 (MQ=255) acacATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCCAAATCgagcgc > 1:22548084/1‑66 (MQ=255) acacATCCAGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCCAAATCGCGCGCAg > 1:22090328/1‑68 (MQ=255) cacaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCgcgcgc < 1:34793663/65‑1 (MQ=255) cacaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGt > 1:35935425/1‑68 (MQ=255) cacaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGt < 1:38749288/68‑1 (MQ=255) cacaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGt < 1:18137988/68‑1 (MQ=255) acaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGtt > 1:17328625/1‑68 (MQ=255) acaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGtt > 1:6819374/1‑68 (MQ=255) acaTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGtt > 1:7338078/1‑68 (MQ=255) caTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGtt > 1:25441000/1‑67 (MQ=255) aTCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGc > 1:31815860/1‑68 (MQ=255) tCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCg > 1:25052256/1‑68 (MQ=255) tCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCg < 1:13653151/68‑1 (MQ=255) cccGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGt > 1:33240790/1‑68 (MQ=255) cccGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGt > 1:21603490/1‑68 (MQ=255) cccGCCTGCGATGTCTGCAAACGGATGACCTGCCAGTTCGCAGCTTTCGAAATCGCGCGCAGTTGAGt > 1:10974057/1‑68 (MQ=255) ccGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGtt > 1:20151661/1‑68 (MQ=255) cGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGttt > 1:24408697/1‑68 (MQ=255) cGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGttt > 1:15680934/1‑68 (MQ=255) ccTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGttt > 1:86016/1‑66 (MQ=255) ccTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGttt > 1:29839298/1‑66 (MQ=255) ccTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGttt > 1:38395201/1‑66 (MQ=255) gATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTgcca < 1:12496627/68‑1 (MQ=255) gATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTgcca > 1:4687523/1‑68 (MQ=255) gATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTgcca > 1:5110288/1‑68 (MQ=255) cTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCAt > 1:10551161/1‑68 (MQ=255) aTTCGGTTGACCTGCCCGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg < 1:34966480/68‑1 (MQ=255) aTTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg < 1:19405050/68‑1 (MQ=255) aTTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg < 1:23059590/68‑1 (MQ=255) aTTCGGGTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg < 1:7690235/68‑1 (MQ=255) ttCGGTTGACCTGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcggggtgtgtcagcatca > 1:14389564‑M1/1‑16 (MQ=255) ttCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg > 1:10038015/1‑67 (MQ=255) ttCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg > 1:1703945/1‑67 (MQ=255) ttCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg > 1:17791953/1‑67 (MQ=255) ttCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg > 1:27068518/1‑67 (MQ=255) ttCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgccg > 1:23789979/1‑67 (MQ=255) gTTGACCTGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacctcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgtt > 1:26447158‑M1/1‑12 (MQ=255) gTTGACCTGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgtt > 1:20598581‑M1/1‑12 (MQ=255) gTTGACCTGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgtt > 1:29017403‑M1/1‑12 (MQ=255) gTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCaga > 1:11732557/1‑68 (MQ=255) gTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCaga > 1:23927243/1‑68 (MQ=255) gTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCaga > 1:35565738/1‑68 (MQ=255) ttGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCaga < 1:5527879/67‑1 (MQ=255) ttGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCaga < 1:2106875/67‑1 (MQ=255) tGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCaga > 1:8206883/1‑66 (MQ=255) tGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGc < 1:3618708/68‑1 (MQ=255) ccTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCtt < 1:28159501/67‑2 (MQ=255) ccTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTg < 1:3106241/67‑1 (MQ=255) ccTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTg < 1:426507/67‑1 (MQ=255) ccTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTg < 1:13277294/67‑1 (MQ=255) ccTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTg < 1:13985024/67‑1 (MQ=255) ccTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGt > 1:8956487/1‑68 (MQ=255) ccTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGt > 1:1114708/1‑68 (MQ=255) ccTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGt > 1:12243886/1‑68 (MQ=255) tGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgttacgctag < 1:2888186‑M1/68‑64 (MQ=255) tGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgttacgctag < 1:220347‑M1/68‑64 (MQ=255) tGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgttacgctag < 1:5309026‑M1/68‑64 (MQ=255) tGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgttacgctag < 1:26224944‑M1/68‑64 (MQ=255) tGCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcaccagcgttacgctag < 1:7072001‑M1/68‑64 (MQ=255) gCCAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgttacgctagt < 1:19245263‑M1/68‑65 (MQ=255) cAactggcaggtcaaccgaatgcagacatcgcaggcgggatgtgtcagcatcagcgttacgctagtt > 1:16452616‑M1/1‑2 (MQ=255) cAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGt < 1:26728562/67‑1 (MQ=255) cAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGt < 1:6111530/67‑1 (MQ=255) cAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGt < 1:32701825/67‑1 (MQ=255) aGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCTGAGCTGTTGGt > 1:33762946/1‑66 (MQ=255) aGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGt > 1:37056778/1‑66 (MQ=255) aGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGt > 1:30435634/1‑66 (MQ=255) | GGTGAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACACATCCCGCCTGCGATGTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTA > CP009273/2955852‑2955985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |