| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4382210 | 145 (0.310) | 12 (0.030) | 9/96 | NT | 7.5% | noncoding (34/76 nt) | glyV | tRNA‑Gly |
| ? | CP009273 | = 4382323 | 170 (0.420) | noncoding (35/76 nt) | glyX | tRNA‑Gly | |||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
AAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAGGCACA > CP009273/4382261‑4382389 | aacgTGCTGCAACGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAgg < 1:24827762/65‑1 (MQ=255)aaaGTTCTGCAAAGCACAGACCACCCACGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:37221186‑M2/1‑63 (MQ=255)aaaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCACGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:34116136‑M2/1‑63 (MQ=255)aaaGTGCTGCAAAGCACAGAACACCCAAGAGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:9408605‑M2/1‑63 (MQ=255) aaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg < 1:17402564‑M2/67‑6 (MQ=255) aaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg < 1:1445302‑M2/67‑6 (MQ=255) aaGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg < 1:1400758‑M2/67‑6 (MQ=255) aGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtc < 1:25056224‑M2/68‑8 (MQ=255) gctgcACAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCgg < 1:19284128/67‑1 (MQ=255) gctgcAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCgg < 1:31660695/67‑1 (MQ=40) tgcAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgc > 1:15680389‑M2/1‑56 (MQ=255) aaaGCACATACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctcta > 1:15423799‑M2/1‑53 (MQ=255) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:18473614/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:600024/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:21975679/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:31748658/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:4318538/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTcgc > 1:16351887/1‑68 (MQ=35) aaaGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGATGGTAGATCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTc > 1:19134835/1‑66 (MQ=255) aGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGa < 1:8970238/68‑1 (MQ=31) cacaGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaagg > 1:36306938‑M2/1‑49 (MQ=255) acaGACCCCCCAAGCGGGAATAGCGCTGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaac > 1:28070457‑M2/1‑48 (MQ=255) acaGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctcta < 1:11287765‑M2/63‑16 (MQ=255) tGGTAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcgtactacttaatttt < 1:13640511‑M2/68‑50 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGCcaaggtcgtgctctaccaactgagctattcccgcgtactacttaattttgct < 1:9117216‑M2/68‑53 (MQ=255) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCTGGGTCTAGAGTTCTAGTCTCGTTTCCCGCGCCAAAATTTGAAAg > 1:5572404/1‑68 (MQ=11) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAg > 1:2053518/1‑68 (MQ=31) tAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAg > 1:4972146/1‑68 (MQ=31) 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agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:10143394/1‑68 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:35881317/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:28712525/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:37450141/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:21264129/1‑68 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:118288/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt < 1:1956855/68‑1 (MQ=33) agagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:6478799/1‑68 (MQ=33) gagCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCGCCATAATATGTAAGtc > 1:32762423/1‑67 (MQ=11) gCACGACCTTGCTAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGc < 1:13562433/67‑1 (MQ=255) gCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGt > 1:30631700/1‑65 (MQ=33) gCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTg < 1:10948315/66‑1 (MQ=35) gCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGc < 1:23533040/67‑1 (MQ=37) gCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGc < 1:27887967/67‑1 (MQ=37) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:36788778/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:36633268/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:36532214/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:11643879/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:15885891/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:33269199/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:18547472/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:37969216/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:6334711/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:22899401/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCt < 1:38963682/66‑1 (MQ=39) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt > 1:7121464/1‑68 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:6775204/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:8600232/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:36898919/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt > 1:9669828/1‑68 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:38380852/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt > 1:10308978/1‑68 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt > 1:3913991/1‑68 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:13034595/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:3344944/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:31426452/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt > 1:17996911/1‑68 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:18784721/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:21647582/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:2390362/68‑1 (MQ=40) aCGACCTTGCCAAGGGCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGt < 1:32530592/68‑1 (MQ=255) 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gCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAGGcaca < 1:7617069/68‑1 (MQ=255) | AAAGTGCTGCAAAGCACAGACCACCCAAGCGGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCACGACCTTGCCAAGGTCGGGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTTTCCCGCTCCAAAATTTGAAAGTGCTGTAAGGCACA > CP009273/4382261‑4382389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |