| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1947764 = | 336 (0.710) | 19 (0.040) | 7/102 | NT | 5.5% | coding (66/972 nt) | cmoB | tRNA (cmo5U34)‑carboxymethyltransferase, carboxy‑SAM‑dependent |
| ? | CP009273 | 1947802 = | 352 (0.820) | coding (104/972 nt) | cmoB | tRNA (cmo5U34)‑carboxymethyltransferase, carboxy‑SAM‑dependent | |||||
Only 100 of 498 total aligned reads displayed.
AAAAATCATCTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGTCTT > CP009273/1947735‑1947869 | aaaaTCATCTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGagcagcag < 1:35127425/68‑1 (MQ=255) aaaaTCATCTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGagcagcag < 1:19493805/68‑1 (MQ=255) aaaTCATCTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGagcagcagc < 1:34389172/68‑1 (MQ=255) atcatcTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCAc > 1:8579768/1‑68 (MQ=255) tcatcTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACg < 1:14049162/68‑1 (MQ=255) atcTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACggg < 1:28469296/68‑1 (MQ=255) cTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgtt > 1:9398331/1‑68 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:31288331/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:38109381/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:18164847/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:32407481/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:38816563/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:16635994/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:24361825/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:4479479/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:25889314/68‑1 (MQ=255) tttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttg < 1:30691904/68‑1 (MQ=255) tgcttaaacaacccgcgcgccggcgcgcgctgccagtaagcaatctgcgcgggcagcAGCACGGgttg < 1:1721380‑M2/11‑1 (MQ=255) ttCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttgt < 1:12020895/68‑1 (MQ=255) ccttaaacaccccgtgcggcggcgcgcgcggccagttagcaagctgcgcgggcagcAGCACGGgttgt < 1:30887460‑M2/12‑1 (MQ=255) tCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttgtt < 1:35425682/68‑1 (MQ=255) tCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttgtt > 1:18855236/1‑68 (MQ=255) tCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttgtt < 1:19072159/68‑1 (MQ=255) tCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttgtt < 1:29582809/68‑1 (MQ=255) tCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttgtt < 1:24806282/68‑1 (MQ=255) tCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGgttgtt < 1:13650893/68‑1 (MQ=255) taaaacaacccgtgctgctgctcgcgctgccagttaccaatctgcgcgggcagcAGCACGGgttgtt < 1:36498244‑M2/13‑1 (MQ=255) acTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTaa > 1:25217157/1‑67 (MQ=255) acTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTaa > 1:31874826/1‑67 (MQ=255) tGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCa < 1:33961153/68‑1 (MQ=255) tGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCa > 1:15169176/1‑68 (MQ=255) caacccgtgctGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTaagga < 1:39091048‑M1/57‑3 (MQ=255) cTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGt < 1:2717960/67‑1 (MQ=255) cTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGt < 1:20878610/67‑1 (MQ=255) cTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGt < 1:13179456/67‑1 (MQ=255) cTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGt < 1:18485363/67‑1 (MQ=255) tCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCGGTgg < 1:6510876/68‑1 (MQ=255) tCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTCCTAACTGGCAGCTCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTgg < 1:4186322/68‑1 (MQ=255) cgtgctgctgcgcgcgctgccagttagcaatctgcgcgggcagcAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGt < 1:38542396‑M2/24‑1 (MQ=255) cGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGt < 1:8180583/68‑1 (MQ=255) aaCGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCaa > 1:23388131/1‑68 (MQ=255) aaCGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCaa > 1:32132555/1‑68 (MQ=255) aaCGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCaa > 1:3023402/1‑68 (MQ=255) aaCGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCaa > 1:10058466/1‑68 (MQ=255) aaCGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCaa > 1:21579357/1‑68 (MQ=255) aaCGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTATAAGCAGTGGTCaa > 1:29386221/1‑68 (MQ=255) aCGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCaaa > 1:3352480/1‑68 (MQ=255) aCGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCaaa > 1:7265973/1‑68 (MQ=255) tgctgcgcgcgctgccagttagcaaactgcgcgggcagcAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAAt < 1:16864679‑M2/29‑1 (MQ=255) GCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAAt < 1:35703067‑M1/67‑1 (MQ=255) TGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCg < 1:9697765‑M1/68‑1 (MQ=255) TGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCg < 1:24546105‑M1/68‑1 (MQ=255) CCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGt < 1:28959090‑M1/68‑1 (MQ=255) ccGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGt < 1:10636927/67‑1 (MQ=255) ccGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGt < 1:7751732/67‑1 (MQ=255) ccGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTg > 1:23896601/1‑68 (MQ=255) gcgcAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGa > 1:11259710/1‑68 (MQ=255) cgcAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAg > 1:27844832/1‑68 (MQ=255) gcAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAg < 1:18637875/67‑1 (MQ=255) gcAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGt < 1:9002525/68‑1 (MQ=255) gcAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGt < 1:6888439/68‑1 (MQ=255) gcAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGt > 1:36104847/1‑68 (MQ=255) cAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGa > 1:27407760/1‑65 (MQ=255) tGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTAc < 1:28656656/68‑1 (MQ=255) aaCTGGCGGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTTCCTGa > 1:8817412/1‑68 (MQ=255) aaCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGa > 1:26942086/1‑68 (MQ=255) aaCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGa > 1:6208944/1‑68 (MQ=255) aaCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGa > 1:5790135/1‑68 (MQ=255) aaCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGa > 1:17630511/1‑68 (MQ=255) aaCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGa > 1:29920137/1‑68 (MQ=255) aaCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGa > 1:22539787/1‑68 (MQ=255) aCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGTTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaa < 1:21910248/68‑1 (MQ=255) aCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaa < 1:26128668/68‑1 (MQ=255) aCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaa < 1:23076551/68‑1 (MQ=255) aCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaa < 1:22846715/68‑1 (MQ=255) aCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaa < 1:36991015/68‑1 (MQ=255) aCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaa < 1:37373201/68‑1 (MQ=255) aCTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaa < 1:12877918/68‑1 (MQ=255) cTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaaa > 1:14782511/1‑68 (MQ=255) cTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaaa > 1:12202477/1‑68 (MQ=255) cTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGaaa > 1:37783113/1‑68 (MQ=255) ggCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAAtt > 1:21805614/1‑68 (MQ=255) gCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTa > 1:4023979/1‑68 (MQ=255) aGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTaa < 1:15681351/67‑1 (MQ=255) aGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTaa < 1:9237155/67‑1 (MQ=255) gcgAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAAc < 1:21397875/66‑1 (MQ=255) gAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAGTTAAACCGt < 1:11449326/67‑1 (MQ=255) gAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGt < 1:16087275/67‑1 (MQ=255) gAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGt < 1:23648724/67‑1 (MQ=255) gAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGt < 1:36809106/67‑1 (MQ=255) agcaCTGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGt < 1:34844447/65‑1 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAGATTAAACCGTATCGt < 1:7471169/65‑1 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGt < 1:2040525/65‑1 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGt < 1:32822903/65‑1 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGt < 1:17926746/65‑1 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGt < 1:31077175/65‑1 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGt < 1:21074646/65‑1 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGTc < 1:22162965/66‑1 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGTCtt > 1:12432303/1‑68 (MQ=255) agcaCGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGTCtt > 1:5217541/1‑68 (MQ=255) | AAAAATCATCTTTCACACTGGCTCGAAACGCTGCCCGCGCAGATTGCTAACTGGCAGCGCGAGCAGCAGCACGGGTTGTTTAAGCAGTGGTCAAATGCGGTGGAGTTTCTACCTGAAATTAAACCGTATCGTCTT > CP009273/1947735‑1947869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |