| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2000783 | 291 (0.820) | 20 (0.070) | 9/96 | NT | 6.3% | coding (1147/1488 nt) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase |
| ? | CP009273 | = 2000836 | 344 (1.140) | coding (1200/1488 nt) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase | |||||
AAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2000713‑2000783‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgacgggcGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < CP009273/2000836‑2000772 AAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTAGGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACG < 1:22245794/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:9355637/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:10861468/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:10939210/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:9337078/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:14203201/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:8246810/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:5254817/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:3809956/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:28330478/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:26287774/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:25331522/68‑1 AATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:21852325/68‑1 AATGGCGGTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:10375351/68‑1 TCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGAGGGGCGAGAATTAACTCATCAA > 1:21113287/1‑68 TCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGG < 1:6905140/45‑1 CCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGGGGGGCGAGATTTAACGGATCAAGGTGT > 1:23159955/1‑68 CCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGGCGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGAT > 1:26059130/1‑68 ACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTGGATTATTt > 1:1398209/1‑67 ACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTG > 1:29225877/1‑68 ACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTG > 1:20964448/1‑68 GTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGTGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCA > 1:9354889/1‑68 GCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGTCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATA > 1:20025100/1‑66 ACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCG > 1:27901146/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTTACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:21546834/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:29115259/1‑68 GATGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAG > 1:24869121/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGGTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:18497799/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGGTGGTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:5438344/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTTTTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:21602887/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:5061337/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:5476239/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:17227279/1‑68 TGTCGGTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATAAAGATGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:3990605/1‑68 TGTCGGTGGTGAAGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGT > 1:26673007/1‑68 GTGGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGC > 1:6788000/1‑67 GGTGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCG > 1:22971307/1‑68 TGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTC < 1:28492380/68‑1 TGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTC < 1:5764557/68‑1 TGACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTC < 1:18013954/68‑1 GACGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTC > 1:29116631/1‑67 CGGGCGAGTATTATCTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC < 1:18040258/68‑1 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:5111712/1‑68 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC < 1:10158268/68‑1 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:16523320/1‑68 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC < 1:4667972/68‑1 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:29180553/1‑68 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:17826741/1‑68 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:19760571/1‑68 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACC > 1:1890179/1‑68 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCAC < 1:27894930/67‑1 CGGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATATATCGGATAGGTTTCCCCGTCACC > 1:24878811/1‑68 GGGCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCA < 1:17228831/68‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:5030875/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:17541433/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:27819551/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:17575206/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:24612135/67‑1 GCGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < 1:21593752/67‑1 AAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2000713‑2000783‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgacgggcGAGAATTAACTCATCAAGCTGTTCGATTATTGGCATATCTATCGGATAGGTTTGCCCGTCACCAC < CP009273/2000836‑2000772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |