| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2000783 | 291 (0.820) | 20 (0.070) | 9/96 | NT | 6.3% | coding (1147/1488 nt) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase |
| ? | CP009273 | = 2000836 | 344 (1.140) | coding (1200/1488 nt) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase | |||||
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
GGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTT > CP009273/2000717‑2000849 | ggCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCTTTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCa > 1:929971/1‑68 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 1:7215356/67‑1 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 1:21253122/67‑1 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 1:27659964/67‑1 (MQ=255) gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 1:16251671/67‑1 (MQ=255) tCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAcc < 1:247482/67‑1 (MQ=255) tCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCt < 1:17084724/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:26867118/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:18646279/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:23881138/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:24547116/68‑1 (MQ=255) cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:7493489/68‑1 (MQ=255) cTTCGGGATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:13804911/68‑1 (MQ=255) tCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATcc < 1:25826444/68‑1 (MQ=255) tCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATcc < 1:12776871/68‑1 (MQ=255) tCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATcc < 1:8999422/68‑1 (MQ=255) tCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATcc < 1:10462995/68‑1 (MQ=255) aTTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatag < 1:21776425/68‑1 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:20169451/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:20781368/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat < 1:12667354/68‑1 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:12258142/1‑68 (MQ=255) tCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagat > 1:22842303/1‑68 (MQ=255) cTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagata < 1:838806/68‑1 (MQ=255) aTCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGatat > 1:17405197/1‑67 (MQ=255) tCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGc < 1:26018553/68‑1 (MQ=255) tCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGc < 1:9792049/68‑1 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:2900994/1‑68 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:8694362/1‑68 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:22982494/1‑68 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc < 1:558718/68‑1 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:13298336/1‑68 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:25019329/1‑68 (MQ=255) ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc > 1:15044166/1‑68 (MQ=255) aCCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 1:18392751/50‑1 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaataa > 1:21635879/1‑68 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaataa > 1:16734782/1‑68 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:17479111/67‑1 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:13142312/67‑1 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:7916143/67‑1 (MQ=255) ccTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:3764405/67‑1 (MQ=255) ctctACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaataat < 1:25563111/68‑1 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCgagaattaactcatcaagctgttggattattt > 1:1398209‑M1/1‑36 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCgagaattaactcatcaagctgttcgattattg > 1:29225877‑M1/1‑36 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:587683/1‑67 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:12990280/1‑67 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:17675468/1‑67 (MQ=255) aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAAACGa > 1:21528757/1‑67 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATATTCGAACa > 1:10266488/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:602970/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:7312197/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:13691477/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:12008623/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:3227375/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:446323/1‑68 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACa > 1:10879128/1‑68 (MQ=255) tGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAg < 1:14120792/67‑1 (MQ=255) gcgcATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGc < 1:27316242/67‑1 (MQ=255) gcgcATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCt > 1:20052389/1‑68 (MQ=255) 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aCGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAg > 1:24616421/1‑68 (MQ=255) aCGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAg < 1:11727363/68‑1 (MQ=255) cGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGt < 1:8100612/68‑1 (MQ=255) aaGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTa > 1:22104642/1‑68 (MQ=255) aaGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTa > 1:4176571/1‑68 (MQ=255) aGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTaa > 1:15877713/1‑68 (MQ=255) gATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAt > 1:8548757/1‑68 (MQ=255) tGTCGGTGGTGACGGGCgagaattaactcatcaaggtgttcgattattggcatatctatcggataggt > 1:18497799‑M1/1‑17 (MQ=255) tGTCGGTGGTGACGGGCgagaattaactcatcaaggtggtcgattattggcatatctatcggataggt > 1:5438344‑M1/1‑17 (MQ=255) tGTCGGTGGTGACGGGCgagaattaactcatcaagctgttcgattattggcatatctatcggataggt > 1:17227279‑M1/1‑17 (MQ=255) tGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAt < 1:6173113/66‑1 (MQ=255) tGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAt > 1:16901153/1‑66 (MQ=255) tGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAt < 1:28789169/66‑1 (MQ=255) cGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATtctc > 1:26185888/1‑67 (MQ=255) gtggtgACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCgc < 1:5030875‑M2/67‑3 (MQ=255) gtggtgACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCgc < 1:21593752‑M2/67‑3 (MQ=255) gtggtgACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCgc < 1:17541433‑M2/67‑3 (MQ=255) gtggtgACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCgc < 1:27819551‑M2/67‑3 (MQ=255) ggtgACGGGGAAACCTATCCGATATATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCgcccg > 1:24878811‑M2/1‑63 (MQ=255) ggtgACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCgcccg > 1:1890179‑M2/1‑63 (MQ=255) tgACGGGCgagaattaactcatcaagctgttcgattattggcatatctatcggataggtttgcccgtc < 1:28492380‑M1/68‑61 (MQ=255) gACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCgcccgtc > 1:29116631‑M2/1‑60 (MQ=255) cGGGCgagtattatctcatcaagctgttcgattattggcatatctatcggataggtttgcccgtcacc < 1:18040258‑M1/68‑64 (MQ=255) cGGGCgagaattaactcatcaagctgttcgattattggcatatctatcggataggtttgcccgtcacc > 1:16523320‑M1/1‑5 (MQ=255) cGGGCgagaattaactcatcaagctgttcgattattggcatatctatcggataggtttgcccgtcacc > 1:19760571‑M1/1‑5 (MQ=255) cGGGCgagaattaactcatcaagctgttcgattattggcatatctatcggataggtttgcccgtcacc > 1:5111712‑M1/1‑5 (MQ=255) cGGGCgagaattaactcatcaagctgttcgattattggcatatctatcggataggtttgcccgtcacc < 1:10158268‑M1/68‑64 (MQ=255) cGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGc < 1:17830238/68‑1 (MQ=255) cGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGc > 1:11154583/1‑68 (MQ=255) gggCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCg < 1:15334696/68‑1 (MQ=255) gCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCgcccgtcaccac > 1:6788000‑M2/1‑55 (MQ=255) | GGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTT > CP009273/2000717‑2000849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |