| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2067468 | 263 (0.740) | 12 (0.040) | 9/96 | NT | 5.7% | coding (2449/3120 nt) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| ? | CP009273 | = 2067481 | 170 (0.560) | coding (2462/3120 nt) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter | |||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2067394‑2067468‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccggcaTCATCCCGGACCGTGCCGGCACGGGAGCCGTCATCATCCTTAACATCAACGGAAGAATGGCCAGCA < CP009273/2067481‑2067416 TGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGT > 1:27553809/1‑68TGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGT > 1:9068416/1‑68TGACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGT > 1:13065793/1‑68 GACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTG < 1:5517795/68‑1 GACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTG < 1:19641698/68‑1 GACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTG < 1:6148728/68‑1 GACCGCGGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTG < 1:28950516/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |