| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2067468 | 263 (0.740) | 12 (0.040) | 9/96 | NT | 5.7% | coding (2449/3120 nt) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| ? | CP009273 | = 2067481 | 170 (0.560) | coding (2462/3120 nt) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter | |||||
Only 100 of 518 total aligned reads displayed.
GGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGTCCTCCGGCCTGTG > CP009273/2067401‑2067535 | ccagaatgtcagcccacaggccggaggacgtgtgtaccagattcaggtatccgcccaggcTGCCGGCa < 1:6396263‑M1/8‑1 (MQ=255)ccacaatgtcagcccacaggccggaggacgtgtgtaccagattcaggtatccgcccaggcTGCCGGCa < 1:28223307‑M1/8‑1 (MQ=255)ccacaatgtcagcccacaggccggaggacgtgtgtaccagattcaggtatccgcccaggcTGCCGGCa < 1:9177260‑M1/8‑1 (MQ=255) gTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACgg < 1:11121458/67‑1 (MQ=255) gTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACgg < 1:19113080/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:21708737/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:7506685/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:17760175/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:20039185/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:20318880/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:370701/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:28796637/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:23159916/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:28672463/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:9419295/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:25487370/67‑1 (MQ=255) tataTGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGAGGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:9487032/67‑1 (MQ=255) tataTGGGGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGt < 1:5147565/67‑1 (MQ=255) tataTGGGGCTGCTGGCCATTCATCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCGCCCGTGCCGGCACGGt < 1:23572745/67‑1 (MQ=255) tataTGGGGCGGCGGGCCATTCTGCCGGTGATCTCAAGGATGATGACGGCGCCCGTGCCGGCACGGt < 1:18923654/67‑1 (MQ=255) gtatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTc < 1:1818716/66‑1 (MQ=255) atatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTACGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTc < 1:13633096/67‑1 (MQ=255) atatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTc < 1:26628686/67‑1 (MQ=255) atGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCgg > 1:18523784/1‑68 (MQ=255) atGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCgg > 1:2144627/1‑68 (MQ=255) atGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCgg > 1:8219680/1‑68 (MQ=255) atGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCgg > 1:14033260/1‑68 (MQ=255) tGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCggg < 1:10869904/68‑1 (MQ=255) ggTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCCCGGTCCGGga > 1:14507975/1‑68 (MQ=255) 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gTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGgat > 1:5480730/1‑68 (MQ=255) gTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGgat > 1:1539103/1‑68 (MQ=255) gctgctGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGgatga > 1:24674293/1‑68 (MQ=255) gctgctGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGgatga > 1:12616729/1‑68 (MQ=255) gctgctGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGgatga > 1:12703392/1‑68 (MQ=255) tgctgGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCAtcatcccggaccgtg < 1:5049956‑M1/68‑16 (MQ=255) tgctgGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGAt < 1:22153807‑M2/67‑2 (MQ=255) tgctgGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGAt > 1:28474103‑M2/1‑66 (MQ=255) tgctgGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGAt > 1:27892803‑M2/1‑66 (MQ=255) tgctgGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGAt > 1:16521603‑M2/1‑66 (MQ=255) 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ACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGTCCTCCGGCCtgtg < 1:19476345‑M1/68‑1 (MQ=255) | GGGGGTATATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGCAGCCTGGGCGGATACCTGAATCTGGTACACACGTCCTCCGGCCTGTG > CP009273/2067401‑2067535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |