| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 282361 | 239 (0.680) | 15 (0.050) | 8/92 | NT | 5.1% | coding (1256/1383 nt) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| ? | CP009273 | = 282393 | 366 (1.260) | coding (1288/1383 nt) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter | |||||
Only 100 of 557 total aligned reads displayed.
CGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAT > CP009273/282295‑282427 | ggTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGt < 1:19107817/68‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGt < 1:25199772/68‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGt < 1:7375592/68‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGt < 1:272224/68‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGt < 1:4552319/68‑1 (MQ=255) ttGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtc > 1:11644992/1‑68 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtca > 1:20538026/1‑68 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtc < 1:29166129/67‑1 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtc < 1:18274362/67‑1 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtc < 1:12512574/67‑1 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtc < 1:11069830/67‑1 (MQ=255) gAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtca > 1:7734291/1‑67 (MQ=255) tGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATcggtgagct < 1:13278777‑M1/67‑10 (MQ=255) tGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATcggtgagct < 1:26382475‑M1/67‑10 (MQ=255) tGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTcatcat > 1:4763633/1‑67 (MQ=255) tGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTcatcat > 1:23266518/1‑67 (MQ=255) tGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTcatcat > 1:14775077/1‑67 (MQ=255) cTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGc < 1:4289501/67‑1 (MQ=255) tCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTcatcat > 1:24114196/1‑64 (MQ=255) accaccATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTc > 1:5738790/1‑68 (MQ=255) accaccATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTc > 1:9536336/1‑68 (MQ=255) accaccATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTc < 1:2546930/68‑1 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGct < 1:6279414/68‑1 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGc > 1:10701746/1‑67 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGc > 1:12358653/1‑67 (MQ=255) cttCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctct < 1:27730550/66‑1 (MQ=255) caTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctct < 1:15925285/68‑1 (MQ=255) cAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATcggtgagcttgtagagcgacagc < 1:21684891‑M1/68‑24 (MQ=255) cAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACa < 1:22606164/68‑1 (MQ=255) aTTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGc > 1:22133782/1‑67 (MQ=255) ttctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTc > 1:21532057/1‑68 (MQ=255) tctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCa < 1:10038790/68‑1 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCAc < 1:10181888/68‑1 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCAc < 1:1123506/68‑1 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCAc < 1:12949871/68‑1 (MQ=255) cagttctgCGGCGTGCCGGTGGTGCGCTACGCGGGCAGGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCAc < 1:14432504/66‑1 (MQ=255) ttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctt < 1:6859340/54‑2 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:9125554‑M2/68‑3 (MQ=255) gtggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccg > 1:15536440‑M2/1‑61 (MQ=255) gtggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccg > 1:20097591‑M2/1‑61 (MQ=255) gtggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgccc < 1:2888036‑M2/67‑7 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgcg > 1:21327628‑M2/1‑59 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgc > 1:1492229‑M2/1‑59 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgc > 1:19420433‑M2/1‑59 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgc > 1:9677540‑M2/1‑59 (MQ=255) tgCCGGTGGTGCTCCACGCGGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgt < 1:1841979‑M1/67‑43 (MQ=255) gCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTgg > 1:18034156/1‑68 (MQ=255) cGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGa < 1:354829/67‑1 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:13962061/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:5224024/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:18727809/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:19512071/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:23080806/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGACGCCCGCGTGGAGGcc > 1:13512597/1‑68 (MQ=255) gCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCa > 1:27623106/1‑68 (MQ=255) cctccACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCa > 1:2112983/2‑68 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 1:19734063/1‑67 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 1:17605948/1‑67 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 1:17791049/1‑67 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 1:26112027/1‑67 (MQ=255) aCGCGGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggca > 1:5023829‑M1/1‑10 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCg > 1:28380849/1‑67 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCg > 1:8405082/1‑67 (MQ=255) aCGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCg > 1:23930021/1‑67 (MQ=255) cgcgGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCGCCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGc > 1:28639707/1‑68 (MQ=255) gcgGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcacc > 1:17134376‑M1/1‑8 (MQ=255) gcgGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcacc > 1:12755174‑M1/1‑8 (MQ=255) cgGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccac > 1:8300111‑M1/1‑7 (MQ=255) gggCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccac < 1:25772168‑M1/67‑62 (MQ=255) gggCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccac < 1:5193385‑M1/67‑62 (MQ=255) ggCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgc > 1:4040014‑M1/1‑5 (MQ=255) ggCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgc > 1:1581958‑M1/1‑5 (MQ=255) ggCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgc < 1:8927096‑M2/68‑32 (MQ=255) ggCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa > 1:26592029/1‑65 (MQ=255) ggCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa > 1:2040412/1‑65 (MQ=255) ggCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa > 1:8780641/1‑65 (MQ=255) ggCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa > 1:17344365/1‑65 (MQ=255) cATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggccccacgcag > 1:24387808‑M1/1‑3 (MQ=255) cATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcag > 1:14306723‑M1/1‑3 (MQ=255) cATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGccg < 1:10300272/67‑3 (MQ=255) cATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTg < 1:3123717/67‑1 (MQ=255) cATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTg < 1:27096198/67‑1 (MQ=255) cATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTg < 1:6034675/67‑1 (MQ=255) cATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa > 1:25108352/1‑68 (MQ=255) cATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa > 1:21998293/1‑68 (MQ=255) aTcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcaga < 1:21386782‑M1/68‑67 (MQ=255) aTcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcaga < 1:25611992‑M1/68‑67 (MQ=255) aTcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcaga < 1:2683001‑M1/68‑67 (MQ=255) aTcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcaga < 1:14704871‑M1/68‑67 (MQ=255) 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aTGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt < 1:16425480/68‑1 (MQ=255) | CGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAT > CP009273/282295‑282427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |