| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4586926 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 4/88 | NT | NA | noncoding (13/39 nt) | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4586955 = | NA (NA) | intergenic (+126/+12) | yjjN/opgB | L‑galactonate oxidoreductase/phosphoglycerol transferases I and II | |||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/4587003‑4586926‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > CP009273/4586955‑4587021 CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT > 1:34128806/1‑67CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT > 1:2714356/1‑67CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT > 1:30588372/1‑67 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:24474932/68‑1 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:17122258/68‑1 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:13972110/68‑1 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCG > 1:15844555/1‑67 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCG > 1:26947716/1‑67 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTTACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:19604014/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:6086483/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:16631704/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:4762488/67‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:9241121/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:30127725/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:28867773/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:21740734/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:3611575/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:26559501/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:23152558/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:15264306/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:4881448/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:7059850/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:7925188/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:8279545/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACC < 1:2963081/67‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGGGCGACCT < 1:18114469/68‑1 aagTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACAGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTAC < 1:11787040/64‑1 AATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACA < 1:1451669/68‑1 AATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTAC < 1:11416625/67‑1 AATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTAC < 1:30201114/67‑1 tcAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:18542677/3‑67 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:22255577/1‑67 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:12550233/1‑67 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:34135203/1‑67 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:17690020/1‑67 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGAATAGGGTGCGACCTACAC > 1:13623159/1‑67 AGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAG < 1:9683462/68‑1 AGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAG < 1:25002745/68‑1 AGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAG < 1:7978317/68‑1 AGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAG < 1:3891834/68‑1 AGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAGTCAGGA < 1:31570307/68‑1 AGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAGTCAGG < 1:19902607/67‑1 AGGGGAATTCCTCACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTT < 1:33353818/68‑1 TGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATC > 1:6265488/1‑67 TGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATC > 1:33622423/1‑67 TGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATC > 1:29942564/1‑67 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:10213553/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:24261385/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:13025608/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:33934119/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:19292687/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:28039530/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCATCAACTTCTACCACTTTAAGTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:25080395/1‑68 GACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA < 1:8615407/68‑1 GACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA < 1:14098034/68‑1 GACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA < 1:4334903/68‑1 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:27925832/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:235764/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:8006146/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:6580941/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:5120384/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:17520237/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:18930658/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:26142536/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:32723444/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:2767539/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:19755360/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:21434181/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:29531248/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACAATGCCGATACCGA > 1:6175440/1‑67 CCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTAGCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:22692574/1‑66 CCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAG < 1:9483481/67‑1 CCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAG < 1:26428064/67‑1 CCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:17897386/1‑66 CCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:12662566/1‑66 CTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCT < 1:2214352/68‑1 CTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCT > 1:18620897/1‑68 ACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTT > 1:13090616/1‑67 ACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTT > 1:29385797/1‑67 ACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTT > 1:5868342/1‑67 ACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTT > 1:10378699/1‑67 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACG < 1:25957900/68‑1 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAC > 1:24539187/1‑67 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAC > 1:7619410/1‑67 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCTAGCTTACGC > 1:27323496/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGa > 1:30954379/1‑67 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:2040588/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:11278563/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:8536801/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:1471858/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:28995697/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:20137463/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:4596783/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:20679302/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:4093065/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:18309972/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:33234392/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:32815413/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:31875525/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCGTACGC > 1:4134941/1‑68 CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/4587003‑4586926‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > CP009273/4586955‑4587021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |