New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 4586926 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 4/88 | NT | NA | noncoding (13/39 nt) | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
? | CP009273 | 4586955 = | NA (NA) | intergenic (+126/+12) | yjjN/opgB | L‑galactonate oxidoreductase/phosphoglycerol transferases I and II |
Only 100 of 552 total aligned reads displayed.
TTTTGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGCG > CP009273/4586888‑4587022 | ttttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTAcaca < 1:1003459/68‑1 (MQ=255) ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc < 1:5079258/68‑1 (MQ=255) ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc > 1:33196260/1‑68 (MQ=255) ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc > 1:3135386/1‑68 (MQ=255) ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc > 1:27192283/1‑68 (MQ=255) ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc > 1:26952191/1‑68 (MQ=255) ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAACCGCAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc > 1:16076426/1‑68 (MQ=255) gTTTCTTAATAATGTGTTGTCAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGGCGCACCCTATGCGACCTACACAtcag < 1:20835733/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcag < 1:17751727/68‑1 (MQ=255) agtggtagaacgtgaagggtaattcctgactgatgtgtaggtcgcatagggtgcgacctacacAtcag < 1:9683462‑M2/5‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTCGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:4245067/67‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:6443129/67‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:1377966/67‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:23852647/67‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGa < 1:26838296/68‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGa < 1:15294193/68‑1 (MQ=255) agaacgtgaagggtaattcctgactgatgtgtaggtcgcatagggtgcgacctacacATCAGTCAGGa < 1:7653659‑M2/11‑1 (MQ=255) aataatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCGACACATCAGTCAGGaa > 1:30686314/1‑68 (MQ=255) ataatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACTCATCAGTCAGGAAt > 1:12232134/1‑68 (MQ=255) aatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAtt > 1:29302344/1‑67 (MQ=255) aatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAtt > 1:32784498/1‑67 (MQ=255) aatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAtt > 1:24905549/1‑67 (MQ=255) aatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAtt > 1:22696984/1‑67 (MQ=255) atGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCGTATGCGACCTACACATCAGTCAGGATTTAc < 1:21639018/68‑1 (MQ=255) atGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTa > 1:15666612/1‑67 (MQ=255) tgtgTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAcc < 1:8305593/68‑1 (MQ=255) gtgtTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAc > 1:16791991/1‑66 (MQ=255) gtgtTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAc > 1:4682548/1‑66 (MQ=255) gttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCt > 1:3857330/1‑67 (MQ=255) aggggaattcctcactgatgtgtaggtcgcatagggtgcgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCtt < 1:33353818‑M2/20‑1 (MQ=255) tgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTc > 1:20355027/1‑67 (MQ=255) tgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTc > 1:20538258/1‑67 (MQ=255) gtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCAc < 1:19904805/68‑1 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACg < 1:1185465/67‑1 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACg < 1:8002922/67‑1 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:2550608/1‑68 (MQ=255) aGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGtt < 1:669726/68‑1 (MQ=255) aGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGtt < 1:9202269/68‑1 (MQ=255) aGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGtt < 1:18984677/68‑1 (MQ=255) gCCGTAGAAGGTGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:10917328/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACCTCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:7053415/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:14803821/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:12874203/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:140372/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:31730584/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:18032195/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:20006879/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:7223279/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:5346829/1‑66 (MQ=255) ccGTAGAACGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCGACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCt > 1:33965770/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:2443078/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:19307365/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTGCACGTTCTACCACt > 1:10529037/1‑68 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACtt > 1:32689839/1‑68 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt < 1:4590455/67‑1 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt < 1:23253652/67‑1 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt < 1:27352655/67‑1 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt < 1:30378908/67‑1 (MQ=255) gCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTa > 1:28249991/1‑68 (MQ=255) gCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTa > 1:14310558/1‑68 (MQ=255) gCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTa > 1:22350249/1‑68 (MQ=255) gCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTa > 1:84856/1‑68 (MQ=255) cGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:25951920/1‑68 (MQ=255) cGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCGTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:17555124/1‑68 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:12550233‑M1/1‑67 (MQ=255) GTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAAtt < 1:11416625‑M1/67‑1 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcc < 1:7971372‑M1/68‑1 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCGTCACGTTCTACCACTTTAATTTcc < 1:28825415‑M1/68‑1 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACACTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcc > 1:8548543‑M1/1‑68 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:27865046‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTGTAATTTcca < 1:13343079‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTAAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:19604014‑M1/67‑1 (MQ=255) TCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTccacc < 1:2136139‑M1/68‑1 (MQ=255) TCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTccacc < 1:22108659‑M1/68‑1 (MQ=255) TCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTccac > 1:26539665‑M1/1‑67 (MQ=255) ACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATg > 1:25007096‑M1/1‑67 (MQ=255) cccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGcc > 1:18625170/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:27668451/1‑68 (MQ=255) aTGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATc < 1:33236722/68‑1 (MQ=255) aTGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATc < 1:34493547/68‑1 (MQ=255) tgcgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATc > 1:29942564‑M2/13‑67 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:34131572‑M2/11‑68 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:24105339‑M2/11‑68 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:29607019‑M2/11‑68 (MQ=255) gacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACAAATTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa < 1:33670955‑M2/59‑1 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:235764‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:19755360‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:26142536‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:30931325‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:30181144‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACAATGCCGATACCGa > 1:6175440‑M2/9‑67 (MQ=255) cctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAg < 1:9483481‑M2/60‑1 (MQ=255) ctacacATCAGGCATGAATTACCATTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCt < 1:5978549‑M2/62‑1 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:4093065‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:28995697‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:18309972‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:31875525‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:20679302‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:24549956‑M2/2‑68 (MQ=255) aTCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgcg > 1:17199261/1‑68 (MQ=255) | TTTTGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGCG > CP009273/4586888‑4587022 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |