| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 727866 | 1 (0.000) | 10 (0.030) | 5/96 | NT | 92.1% | coding (2828/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | = 729698 | NA (NA) | pseudogene (110/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein | |||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/727793‑727866‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgtcacggGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT < CP009273/729698‑729632 AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG > 1:9588770/1‑68AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG > 1:17636880/1‑68AGCGCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG > 1:3878939/1‑68 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGT < 1:9177260/66‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:15356749/65‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:11190734/65‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:18092647/65‑1 GCCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCG < 1:13020545/65‑1 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGGGCGCTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:7747983/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:31707902/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:29071659/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC < 1:18794684/68‑1 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:13348785/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:26682810/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:7628132/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:25643990/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:24648314/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:19698351/1‑68 CCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC > 1:21993136/1‑68 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:26454170/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:21286902/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:23537620/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:31949214/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG < 1:5874603/68‑1 CCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC < 1:10851095/67‑1 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG < 1:15214265/68‑1 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACG > 1:31672055/1‑67 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGGCACGG < 1:26419486/68‑1 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCCTCACG > 1:20659027/1‑67 CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCCGTATGACCGTCACG > 1:20274676/1‑67 CATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGaag > 1:12804647/1‑63 ATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCG < 1:12006155/65‑1 ATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCG < 1:13629190/65‑1 ATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCG < 1:1656773/65‑1 ATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCG < 1:33484503/65‑1 GTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACG < 1:3153509/68‑1 GTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACG < 1:4330953/68‑1 GTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACG < 1:1741818/68‑1 GACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGT < 1:15962254/67‑1 CGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGT > 1:5380729/1‑65 GCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGT < 1:17145908/67‑1 GTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCA > 1:32373172/1‑68 GTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGC < 1:6952144/55‑1 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:8434418/1‑68 TCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAG > 1:30356165/1‑68 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:27530577/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:29319259/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:28511382/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:17720169/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:24539512/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:2408096/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:22121458/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:193869/68‑1 CACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGG < 1:17918823/68‑1 tCGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:13869157/67‑1 ACGGGCGATACGGTTCTCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:4968485/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:29742522/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:29487136/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:12601683/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC > 1:12226069/1‑68 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:32942616/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC > 1:6036693/1‑68 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:2856760/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:27617505/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:5552105/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:647388/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:14857810/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:6782254/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:15837438/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:21751047/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC < 1:11651442/68‑1 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC > 1:11202806/1‑68 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC > 1:9281247/1‑68 ACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGC > 1:19401174/1‑68 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GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:17812415/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:32672688/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:8682438/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:20071489/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:7714862/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:21283800/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:24415329/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:25332037/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:2612544/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:2703700/1‑68 GGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCCGGGTCGGGCAGGCGGT > 1:550137/1‑68 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |