| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 727866 | 1 (0.000) | 10 (0.030) | 5/96 | NT | 92.1% | coding (2828/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | = 729698 | NA (NA) | pseudogene (110/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein | |||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCAC > CP009273/727799‑727933 | cTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG < 1:15214265‑M1/68‑1 (MQ=255)cTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGGCACGG < 1:26419486‑M1/68‑1 (MQ=255) cAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgc < 1:2026272‑M1/68‑3 (MQ=255) cAGCATCTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgc < 1:9231017‑M1/68‑3 (MQ=255) cATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGaag > 1:12804647‑M1/1‑63 (MQ=255) aTGTGGCCGGATACCCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcg < 1:29431791‑M1/65‑4 (MQ=255) aTGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcg < 1:1656773‑M1/65‑4 (MQ=255) aTGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGGGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcg < 1:29645147‑M1/65‑4 (MQ=255) gtgGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacg < 1:3153509‑M1/68‑9 (MQ=255) gtgGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacg < 1:4330953‑M1/68‑9 (MQ=255) gtgGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacg < 1:1982080‑M1/68‑9 (MQ=255) gtgGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacg < 1:13005142‑M1/68‑9 (MQ=255) gtgGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacg < 1:1741818‑M1/68‑9 (MQ=255) gACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggt < 1:21228479‑M1/67‑33 (MQ=255) gACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggt < 1:15962254‑M1/67‑33 (MQ=255) cgcgCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggt > 1:5380729‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTTACCGGTATGACCGTCACGCgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgc > 1:23769833‑M1/1‑23 (MQ=255) cGTCACGGCAGGCTGACAGAG‑AAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAgcgc > 1:23755583/1‑68 (MQ=9) gTCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagc < 1:6952144‑M1/55‑49 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:11192850‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:30356165‑M1/1‑6 (MQ=255) tCACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcag > 1:32859536‑M1/1‑6 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:29748931‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:28511382‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:17720169‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:27068126‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:17918823‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:24539512‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:193869‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:6773300‑M1/68‑64 (MQ=255) cACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGca < 1:33784112/67‑1 (MQ=33) cACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGca < 1:19439403/67‑1 (MQ=33) cACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGca < 1:4355603/67‑1 (MQ=33) tcgGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:13869157‑M1/67‑65 (MQ=255) actggcgatacggttatccggccacaggctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:11669826‑M1/65‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttctccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:4968485‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc > 1:30882838‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:15837438‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:29742522‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc > 1:11202806‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:29487136‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:19664933‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:2856760‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:27944466‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:27617505‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc > 1:6036693‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:32361295‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:1462800‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:2676858‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:21751047‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:12601683‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:8788164‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:10096082‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:21458004‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:32942616‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:22059754‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc > 1:19401174‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc > 1:12226069‑M1/1‑4 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggc < 1:24585179‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcagg < 1:28660809‑M1/67‑64 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccggggcgggcaggc < 1:32593054‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggggcagctccgggtcgggcaggc < 1:11043464‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGgcgatacgggtagcccgccacatgcggcgggtgctgtccgggggcagctccgggtcgggcaggc < 1:12280061‑M1/68‑65 (MQ=255) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcacc < 1:13475680/68‑1 (MQ=35) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcacc < 1:13807364/68‑1 (MQ=35) aCGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcac > 1:21066668/1‑67 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAACACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:27543626/68‑1 (MQ=25) ggCAGGCTGACAGAGAAACCCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:12049678/68‑1 (MQ=25) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGTGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:30229705/68‑1 (MQ=255) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCCCGGATGATGAGCGcaccca < 1:6929456/68‑1 (MQ=25) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:10357092/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:4149272/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:28057060/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:8140207/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:8315889/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:25103413/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:20747303/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:18746326/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:18014073/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:879787/68‑1 (MQ=35) ggCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGcaccca < 1:13929009/68‑1 (MQ=35) ggcgatacggttatccggccacatgctgcgggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggt > 1:20846975‑M1/1‑1 (MQ=255) ggcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggt > 1:7714862‑M1/1‑1 (MQ=255) ggcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggt > 1:8682438‑M1/1‑1 (MQ=255) ggcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggt > 1:9398391‑M1/1‑1 (MQ=255) ggcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggt > 1:642677‑M1/1‑1 (MQ=255) ggcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggt > 1:550137‑M1/1‑1 (MQ=255) ggcgatacggttatccggccacatgctgagggtgctgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggcggt > 1:5218861‑M1/1‑1 (MQ=255) 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ggcgatacggttatccggccacatgctgagggtgcggtccgggtgcagctccgcgtcgggcaggcggt > 1:20233384‑M1/1‑1 (MQ=255) ggcgatacggttatccggccacatgctgagggtgatgtccgggtgcagctccgggtcgggcaggaggt > 1:14980497‑M1/1‑1 (MQ=255) | CTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGACAGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCAC > CP009273/727799‑727933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |