| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 319 (0.770) | 17 (0.050) | 8/96 | NT | 6.6% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 208 (0.590) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
AGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1958587‑1958516‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958598‑1958664 AGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGC < 1:27618956/68‑1 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:5802199/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:18780593/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:7416996/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:24417268/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:15740408/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:26691055/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:28543255/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:29012486/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:496230/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:31636407/1‑68 tacACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:6090822/63‑1 aATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:1728234/65‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:27527431/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC > 1:14758199/1‑68 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:1528360/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:15456386/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:26332562/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC > 1:16031555/1‑68 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:11005100/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:2640995/67‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:7910408/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:7565082/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:21829513/66‑1 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG < 1:30494076/68‑1 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG < 1:24212545/68‑1 cggTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGCCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:24358660/65‑1 CGCTATTGACCATTGGCTACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGTTTTCTACCGCCGCGTGT < 1:5489920/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:10445716/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:12256262/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:17036366/68‑1 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:35573/68‑1 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:22663431/68‑1 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:10691363/68‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTGCGGCGCGGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:16562143/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:16375919/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:24094738/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGGCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:19961137/67‑1 TATAGACCATTGGCGACGGACTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:2191910/67‑1 TGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:34248201/68‑1 TGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:8646614/68‑1 TGACCAGTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:11925128/68‑1 gcCCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:30416332/66‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCTGCGTGTCCCATGC < 1:25648521/68‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGCCGCTGGGGATTTCTCCCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:11650178/68‑1 TTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG < 1:25058924/68‑1 TTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGCCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG < 1:32636617/68‑1 TTGGCGACGGGCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCGGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG < 1:16860944/68‑1 GGCGCCGGACTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCC < 1:20257853/68‑1 GGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCC < 1:2647087/68‑1 GACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAT < 1:29817441/67‑1 GACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAT < 1:18927599/67‑1 GACGGTCTGCGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTCCCGCCGCGTGGCCCATGCTCATGCCAT < 1:6878723/67‑1 gGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGGTGGTGATTTCTACGGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTT < 1:19936288/67‑1 CGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTTATTTCTCCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGT < 1:4460296/67‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG > 1:14084384/1‑68 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGAACAGCAAACCGCCGACAATGTTAATG > 1:27451744/1‑68 CGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA < 1:26422605/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACTATGTTAATGAC < 1:32620421/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACATTGTTAATGA > 1:5369708/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:19136934/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:6802045/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:4447280/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:13800291/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:22316056/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:15664850/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:26148473/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:6737085/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:5813817/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:32790494/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:3004038/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:14472671/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:28529731/1‑67 CCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC > 1:2607574/1‑68 CCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC > 1:32952352/1‑68 CCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC > 1:20590032/1‑68 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:14933794/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:738593/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:2852900/67‑1 GCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAT < 1:18306944/68‑1 GCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAT < 1:14412348/68‑1 GCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAT < 1:7038368/68‑1 GTGTGCCATGGTCATGCCATGTTGCAGCACGCGGACCAGCAACCGGCCGACAATGTTAATGACCATG < 1:4509934/67‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:904214/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:7390876/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:4308843/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:337299/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:27195471/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:24267240/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:17021088/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:15889327/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:13518504/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:10483075/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATG < 1:5415733/67‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATG < 1:32347203/67‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |