| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 319 (0.770) | 17 (0.050) | 8/96 | NT | 6.6% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 208 (0.590) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 436 total aligned reads displayed.
CCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958533‑1958664 | cgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:10445716‑M2/3‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCAGCAGACCGTCTCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgggt < 1:2692995/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCACTGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:16844476/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:32803431/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:33982784/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:12984526/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTTGTGCCAACAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:3526649/68‑1 (MQ=255)ccAGCGCCGGAATTGGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:5768364/68‑1 (MQ=255) gctattgaccattggcgacggtctgggggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTc < 1:10691363‑M2/4‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:27451572/68‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:14346304/68‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:14754057/68‑1 (MQ=255) gcaggAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTAAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCAt < 1:17914202/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:18222707/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:11365889/65‑1 (MQ=255) tgaccagtggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATg < 1:11925128‑M2/9‑1 (MQ=255) gaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgctgcgTGTCCCATGc < 1:25648521‑M2/10‑1 (MQ=255) cGGTATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGc < 1:33529726/68‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATg < 1:13722005/67‑1 (MQ=255) ggAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCt < 1:32986224/68‑1 (MQ=255) aaTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCa > 1:28553349/1‑68 (MQ=255) aaTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCa > 1:8556947/1‑68 (MQ=255) tttGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATg < 1:23842298/68‑1 (MQ=255) tgtgACACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATATCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGcc < 1:30431146/68‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:28764204/67‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:20259809/67‑1 (MQ=255) accaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGtt > 1:3012950/1‑67 (MQ=255) ccaGACCGTCGCCAATGGTGAATAGCGTATAACTTTCGGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgc < 1:15377040/68‑1 (MQ=255) ccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgc < 1:27924073/68‑1 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:17577425/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:27570487/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:18375968/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGATCATGCCATGTTgcagc > 1:2405752/1‑67 (MQ=255) ccGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:4578690/1‑68 (MQ=255) ccGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:5118044/1‑68 (MQ=255) cGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:20855145/1‑67 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCg > 1:27273005/1‑67 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa < 1:13874964/68‑1 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTCGCAGCACGCCg > 1:9135202/1‑67 (MQ=255) aTGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCa > 1:23633814/1‑67 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:32225159/68‑1 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:24354933/68‑1 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:879000/68‑1 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:29269512/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAccc > 1:5968321/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccg < 1:22668703/68‑1 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCAACccgcc > 1:5062731/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCAACccgcc > 1:6829735/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCccgcc > 1:19379503/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:33364051/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:6352446/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:7136200/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:9574957/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:12847078/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:24469410/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGATCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCCGAAACccgcc > 1:22558230/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:17030644/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:17234418/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:22082213/1‑68 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACaa > 1:21514052/1‑68 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACa < 1:26295283/67‑1 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACa < 1:18735542/67‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:10179874/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:11586636/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:8141950/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:29940332/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:25213859/68‑1 (MQ=255) aaCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATg < 1:15065231/68‑1 (MQ=255) aaCTTTCCGCCGCGTGGCCCATGCTCATGCCATGGTGCAGCACGCCGAGCAGCAACCCGGCGACAATg < 1:30886130/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCCGCACCCCGCCGACAATGt > 1:2821759/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGAGAATGt > 1:18987496/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATgg > 1:28033765/1‑67 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:6554991/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:13270881/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:14510213/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:15285903/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:12229862/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:4855399/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:3880783/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:16444308/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:24924354/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:11733187/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:26576693/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:11120665/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:21147287/1‑68 (MQ=255) cTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCCCGCCGACAATGtt > 1:32020444/1‑68 (MQ=255) tttCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGAc > 1:7844268/1‑46 (MQ=255) tttCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACa < 1:16005638/62‑1 (MQ=255) tttCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTa > 1:666440/1‑68 (MQ=255) cgccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGa < 1:26422605‑M2/61‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCCGCAACCCGCCGACAATGTTaataa > 1:29769780‑M2/7‑65 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACTATGTTAATGAc < 1:32620421‑M2/62‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACATTGTTAATGa > 1:5369708‑M2/7‑67 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:15664850‑M2/62‑1 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAc < 1:26148473‑M2/62‑1 (MQ=255) ccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc > 1:2607574‑M2/6‑68 (MQ=255) ccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc > 1:20590032‑M2/6‑68 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:443664‑M2/63‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATg < 1:7434869‑M2/66‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTAGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATg < 1:19733454‑M2/66‑1 (MQ=255) | CCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958533‑1958664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |