New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4538708 | 416 (1.000) | 20 (0.060) | 8/94 | NT | 5.8% | coding (84/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
? | CP009273 | = 4538723 | 300 (0.860) | coding (99/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
Only 100 of 755 total aligned reads displayed.
CCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATG > CP009273/4538641‑4538775 | cccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAAT > 1:23150355‑M1/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg < 1:10386154/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg < 1:6483005/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:5825868/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg < 1:5480773/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg < 1:30419693/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:26590735/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:25621471/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:24907566/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATg > 1:14225237/1‑68 (MQ=255) ccTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGT‑AAACCGCCAATgg > 1:32363291/1‑68 (MQ=255) cTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATgg < 1:7483667/68‑1 (MQ=255) cTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATgg < 1:4177263/68‑1 (MQ=255) tGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGt > 1:13386477/1‑68 (MQ=255) tGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGt > 1:8536217/1‑68 (MQ=255) tGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGt > 1:18972531/1‑68 (MQ=255) tGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGt > 1:6079619/1‑68 (MQ=255) ttccTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc < 1:15007692/65‑1 (MQ=255) ttGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTAcc < 1:16197426/68‑1 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTa > 1:27034167/1‑67 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTa > 1:20235939/1‑67 (MQ=255) gTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTAt < 1:31608000/68‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATcc < 1:2752606/68‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATcc < 1:28542176/68‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATcc < 1:21591450/68‑1 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc > 1:15398476/1‑67 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc > 1:28819766/1‑67 (MQ=255) aCTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATc > 1:3614564/1‑67 (MQ=255) 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aTGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattg < 1:11049081‑M2/67‑5 (MQ=255) aTGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattg < 1:28000319‑M2/67‑5 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggc < 1:5160810‑M2/68‑7 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattgg > 1:33791368‑M2/1‑62 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattgg > 1:14776915‑M2/1‑62 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTCGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattgg > 1:14584152‑M2/1‑62 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:31211075‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:9661546‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:13660412‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:18504321‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:20589831‑M2/68‑9 (MQ=255) gCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggt < 1:34092122‑M2/68‑10 (MQ=255) ggTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGc > 1:30206508/1‑68 (MQ=255) cGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc < 1:13993224/68‑1 (MQ=255) cGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc < 1:19798837/68‑1 (MQ=255) tAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgcgc < 1:12363999/67‑1 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCa > 1:22599206/1‑68 (MQ=255) aaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCaa > 1:8176343/1‑68 (MQ=255) aTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt < 1:4991801/68‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt < 1:27717864/68‑1 (MQ=255) 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tagggatagcggtaccattggcggttttacaggcgaatgaccaggcatttaccgaccagcccatcagc < 1:4949487‑M1/68‑68 (MQ=255) tGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAAtg > 1:26345314/1‑68 (MQ=255) | CCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATG > CP009273/4538641‑4538775 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |