| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4538708 | 416 (1.000) | 20 (0.060) | 8/94 | NT | 5.8% | coding (84/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| ? | CP009273 | = 4538723 | 300 (0.860) | coding (99/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae | |||||
Only 100 of 464 total aligned reads displayed.
TGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGG > CP009273/4538656‑4538790 | tgctgATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCt < 1:30042191/68‑1 (MQ=255)tgctgATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCt < 1:21882649/68‑1 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTa > 1:18071750‑M2/1‑67 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTa > 1:8440191‑M2/1‑67 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:4423576‑M2/68‑4 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:29851579‑M2/68‑4 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:17800720‑M2/68‑4 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTat > 1:6638586‑M2/1‑65 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTAGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:9660504‑M2/68‑4 (MQ=255) aTGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattg < 1:28000319‑M2/67‑5 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggc < 1:5160810‑M2/68‑7 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggc < 1:25319055‑M2/68‑7 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattgg > 1:31755411‑M2/1‑62 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattgg > 1:18970896‑M2/1‑62 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:33256113‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:3361619‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:23906823‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:20841714‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:20594120‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:2032620‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:33818713‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:24960442‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:28050157‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:4710268‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:788537‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:12452797‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:13660412‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:4976480‑M2/68‑9 (MQ=255) gCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggt < 1:13822347‑M2/68‑10 (MQ=255) gggTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg < 1:10470696/67‑1 (MQ=255) cGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc < 1:19798837/68‑1 (MQ=255) cGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCCCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggttttaca > 1:21335087‑M2/1‑53 (MQ=255) ggTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggttttaca > 1:9177660‑M2/1‑52 (MQ=255) ggTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgcg < 1:1302389/68‑1 (MQ=255) gTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgcg > 1:14153912/1‑67 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAACCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGcc < 1:16497152/67‑1 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCa > 1:5370827/1‑68 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCa > 1:32212983/1‑68 (MQ=255) aaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCaa > 1:7580161/1‑68 (MQ=255) aTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt < 1:14411442/68‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt < 1:27717864/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:17161073/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:1005534/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:3424107/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:28290838/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGGCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:3977712/68‑1 (MQ=255) gCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGt < 1:11397354/68‑1 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:3577704/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:28783968/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:10812666/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:25914392/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:31395202/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:24519374/1‑68 (MQ=255) cTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggttttacaggcgaatgac > 1:8118687‑M2/1‑43 (MQ=255) tGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTa < 1:5446491/68‑1 (MQ=255) tGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTa < 1:32507131/68‑1 (MQ=255) tGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTa < 1:10324174/68‑1 (MQ=255) ggTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTAt < 1:8813327/68‑1 (MQ=255) gTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATg > 1:11191198/1‑68 (MQ=255) gTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATg > 1:1986909/1‑68 (MQ=255) gTCATTCGCCTGAAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAAGTatatc > 1:34330741/1‑67 (MQ=255) gTCATTCGCCGGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATg > 1:16770572/1‑68 (MQ=255) tCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcg < 1:17600448‑M2/46‑8 (MQ=255) tCATTCGACTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATg < 1:5955120/67‑1 (MQ=255) gcATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATg < 1:23250556/66‑1 (MQ=255) cATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTa > 1:24811557/1‑68 (MQ=255) acccctgtAAAACCGCCAAAGGTACCGCTATCCCTcttggcggttttacaggcgaatgaccaggcatt > 1:6160979‑M2/4‑35 (MQ=255) cGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAcc < 1:16356601/68‑1 (MQ=255) cGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAcc < 1:19254234/68‑1 (MQ=255) gTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTgc > 1:19387677/1‑67 (MQ=255) aaaaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGcc < 1:15396340/68‑1 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcg < 1:4238611/68‑1 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcg > 1:27017703/1‑68 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTCCGCCcg > 1:29236050/1‑68 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGGTTATGTAAACCTTGCGCCcg < 1:15778088/68‑1 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCC‑‑TTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtc > 1:28611446/1‑68 (MQ=255) aCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgt < 1:30633543/68‑1 (MQ=255) aCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcg > 1:24667240/1‑67 (MQ=255) ccGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtc < 1:9045858/68‑1 (MQ=255) ccGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtc < 1:25634687/68‑1 (MQ=255) ccGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtc < 1:15148527/68‑1 (MQ=255) ccGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtc < 1:14834266/68‑1 (MQ=255) ccGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtc < 1:5765342/68‑1 (MQ=255) tGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAAtg > 1:26345314/1‑68 (MQ=255) aCCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTggg > 1:12929549/1‑68 (MQ=255) ccGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTgggg < 1:30324713/68‑1 (MQ=255) gCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCa > 1:22892392/1‑68 (MQ=255) gCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCa > 1:27366092/1‑68 (MQ=255) 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ccTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCaaaa > 1:12363602/1‑65 (MQ=255) cTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTCTGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTg > 1:14544111/1‑68 (MQ=255) | TGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGG > CP009273/4538656‑4538790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |