| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1783272 | 269 (0.650) | 14 (0.040) | 5/98 | NT | 5.2% | coding (581/1047 nt) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
| ? | CP009273 | = 1783285 | 273 (0.750) | coding (594/1047 nt) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible | |||||
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAG > CP009273/1783205‑1783339 | cgcgAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGAT > 1:20403386‑M1/1‑68 (MQ=255) gcgAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGAtt < 1:12123036/68‑1 (MQ=255) gAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGc < 1:18935381/68‑1 (MQ=255) gAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGc < 1:14102918/68‑1 (MQ=255) aaTGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCtg < 1:24380553/68‑1 (MQ=255) aaTGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCt < 1:26465358/67‑1 (MQ=255) aTGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCtgt < 1:18418483/68‑1 (MQ=255) aTGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCtgt < 1:5864147/68‑1 (MQ=255) aTGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCtgt < 1:21132525/68‑1 (MQ=255) aTGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCtgt > 1:20625319/1‑68 (MQ=255) ggCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTgg > 1:25373775/1‑68 (MQ=255) gCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATCCGCGGATTGCTGTGGa > 1:28961627/1‑68 (MQ=255) cTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGa < 1:13806659/67‑1 (MQ=255) cTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGa < 1:16904951/67‑1 (MQ=255) cTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGa < 1:3670144/67‑1 (MQ=255) cTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGa < 1:26121461/67‑1 (MQ=255) ggCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTa > 1:19100338‑M2/1‑67 (MQ=255) cACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTat < 1:2686245‑M2/67‑3 (MQ=255) aCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTatcc < 1:6683187‑M2/68‑5 (MQ=255) ctctCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTatccg > 1:15083949‑M2/1‑63 (MQ=255) ctctCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTatccg > 1:646350‑M2/1‑63 (MQ=255) ctcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTatccgc < 1:25155908‑M2/67‑7 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCa > 1:33610976/1‑68 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCa < 1:10021994/68‑1 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCa > 1:28134503/1‑68 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCa > 1:16423155/1‑68 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCa > 1:16090451/1‑68 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCa > 1:12522569/1‑68 (MQ=255) 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ccGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGccc > 1:17548861/1‑67 (MQ=255) ccGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGccc > 1:32158096/1‑67 (MQ=255) ccGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGccc > 1:20009072/1‑67 (MQ=255) ccGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGccc > 1:15878629/1‑67 (MQ=255) ccGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGAATGCTATCCGCGCAGccc > 1:30753042/1‑67 (MQ=255) cGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCcgc < 1:12864880/68‑1 (MQ=255) aGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgcca > 1:22159807/1‑68 (MQ=255) aGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgcca > 1:9258457/1‑68 (MQ=255) aGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgcc < 1:15018350/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:29023671/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:18668684/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:10636257/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:26356041/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:6960042/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:15642292/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:241387/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:23550538/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:7750571/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:22016707/67‑1 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgccagc < 1:21760/67‑1 (MQ=255) 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aaaaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCatat < 1:34077137/68‑1 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATCCGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGt > 1:15703388/1‑68 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGt < 1:19539599/68‑1 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGt > 1:33250568/1‑68 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGt > 1:22351808/1‑68 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGt > 1:20120408/1‑68 (MQ=255) aCCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCtctc > 1:31803855/1‑68 (MQ=255) ccGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCg < 1:4814614/68‑1 (MQ=255) aTGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCa > 1:8256287/1‑68 (MQ=255) tGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTatccgcgtattgccatcggtaccatttttaaaacctacc > 1:1085141‑M2/1‑28 (MQ=255) 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tagcatccacagcaatccgcgtattgccatcggtaccatttttaaaacctaccggacaggagagtgcc > 1:2367130‑M1/1‑1 (MQ=255) tagcatccacagcaatccgcgtattgccatcggtaccatttttaaaacctaccggacaggagagtgcc > 1:1044627‑M1/1‑1 (MQ=255) | CGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAG > CP009273/1783205‑1783339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |