| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2548559 | NA (NA) | 6 (0.020) | 4/92 | NT | NA | noncoding (9/24 nt) | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2548565 | NA (NA) | noncoding (15/24 nt) | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 661 total aligned reads displayed.
AAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACG > CP009273/2548492‑2548625 | aaGGGTTCATGATAAAGATTGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGT < 1:12483864‑M1/68‑1 (MQ=255)aaGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGT < 1:15652915‑M1/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:382851/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:20229248/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:19997992/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:515512/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:577112/68‑1 (MQ=255) aGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGtgtt < 1:7199619/68‑1 (MQ=255) gTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTcct > 1:3356619‑M1/1‑64 (MQ=255) tCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAg < 1:31462979/67‑1 (MQ=255) gATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGaca < 1:28172380‑M2/67‑4 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacac < 1:9187064‑M2/67‑5 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGCTGTTGTAGGacac < 1:20549411‑M2/67‑5 (MQ=255) aaGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccg < 1:32838843‑M2/67‑8 (MQ=255) aGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCGGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:14529112‑M2/68‑10 (MQ=255) aGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc > 1:15102879‑M2/1‑59 (MQ=255) aGATGGTGCAAACTGGCTGTACGGGGCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacaaccggc > 1:16111082‑M2/1‑59 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:34227138‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:23871218‑M2/67‑10 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTcctacaacacccggcat > 1:14231286‑M1/1‑51 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:605176‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:12038420‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:31965553‑M2/67‑11 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAc < 1:27419569/67‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGGGTTGTAGGACACCCGGCAc < 1:18201792/67‑1 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGGCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCAcc < 1:4654729/68‑1 (MQ=255) tGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTGATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTc < 1:31688421/67‑1 (MQ=255) tGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTc < 1:1018151/67‑1 (MQ=255) tGCAAATGGGCTGTACGGGGCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTc < 1:3451190/67‑1 (MQ=255) gCAAATTGGCTGTACGGGGCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCg < 1:9346615/68‑1 (MQ=255) aaaTTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGAc > 1:19762143/1‑68 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg > 1:19415742/1‑68 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg > 1:538760/1‑68 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg > 1:21631733/1‑68 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg > 1:27257334/1‑68 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:3372684/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:14421501/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGGGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:1466396/68‑1 (MQ=255) ttGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGGGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAgg < 1:27715336/68‑1 (MQ=255) ggCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGtt > 1:28765144/1‑68 (MQ=255) tGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTaa < 1:12950779/67‑1 (MQ=255) tGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAAt > 1:13437907/1‑68 (MQ=255) aCGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaaga > 1:4226893‑M1/1‑33 (MQ=255) aCGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATggg > 1:1604425/1‑68 (MQ=255) aCGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATggg > 1:8067448/1‑68 (MQ=255) aCGGGGCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggcattaacatcatgaaaaaga > 1:24487072‑M2/1‑39 (MQ=255) cGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATgggg < 1:10903821/68‑1 (MQ=255) cGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATgggg < 1:30354638/68‑1 (MQ=255) gggCCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGGCGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGc < 1:10788841/68‑1 (MQ=255) ggTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCt > 1:26541270/1‑68 (MQ=255) tCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg > 1:20808642/1‑68 (MQ=255) tCTGTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGGTTg > 1:22391904/1‑68 (MQ=255) ttttCATGATTTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTgaga < 1:18910082/68‑1 (MQ=255) ttttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTgaga < 1:23638714/68‑1 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagaccggtacagcc > 1:11007699‑M1/1‑23 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg > 1:22067293/1‑68 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg > 1:25275011/1‑68 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg > 1:889600/1‑68 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg > 1:7043642/1‑68 (MQ=255) 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tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGactact > 1:22898044/1‑67 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGactact > 1:4373192/1‑67 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGactact > 1:33824497/1‑67 (MQ=255) gCCGGGTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatct < 1:2801462‑M1/68‑60 (MQ=255) gCCGGGTGTcctacaacacccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatc < 1:23289660‑M1/67‑59 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc > 1:987730/1‑68 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc > 1:11345187/1‑68 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc > 1:31106538/1‑68 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc > 1:16641550/1‑68 (MQ=255) gCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGc > 1:21882959/1‑68 (MQ=255) 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gtcctacaacaaccggcattaacatcatgaaaaagacccgtacagccaatttgcaccatctttatca < 1:27956929‑M1/67‑66 (MQ=255) | AAGGGTTCATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACG > CP009273/2548492‑2548625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |