| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2548559 | NA (NA) | 6 (0.020) | 4/92 | NT | NA | noncoding (9/24 nt) | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2548565 | NA (NA) | noncoding (15/24 nt) | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP177 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 520 total aligned reads displayed.
ATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGT > CP009273/2548500‑2548631 | tGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGaca > 1:3575488‑M2/1‑65 (MQ=255) tGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGac < 1:23959468‑M2/67‑3 (MQ=255) tGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGac < 1:5232814‑M2/67‑3 (MQ=255) tGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGac < 1:5920777‑M2/67‑3 (MQ=255) gATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGaca < 1:26392088‑M2/67‑4 (MQ=255) gATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGaca < 1:5046501‑M2/67‑4 (MQ=255) gATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGaca < 1:14242709‑M2/67‑4 (MQ=255) gATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCGTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGaca < 1:17351502‑M2/67‑4 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacac < 1:30192850‑M2/67‑5 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacac < 1:9187064‑M2/67‑5 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacac < 1:22062074‑M2/67‑5 (MQ=255) aTAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGCTGTTGTAGGacac < 1:20549411‑M2/67‑5 (MQ=255) aGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCGGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:14529112‑M2/68‑10 (MQ=255) aGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:2801462‑M2/68‑10 (MQ=255) aGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc > 1:15129600‑M2/1‑59 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTNTTGTAGGacacccggc < 1:18907279‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:25677307‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:18988371‑M2/67‑10 (MQ=255) gATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggc < 1:31173533‑M2/67‑10 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:25226275‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:2739371‑M2/67‑11 (MQ=255) aTGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:8654265‑M2/67‑11 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:33573722‑M2/66‑11 (MQ=255) tGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGacacccggca < 1:26486205‑M2/66‑11 (MQ=255) tGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTGATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTc < 1:31688421/67‑1 (MQ=255) tGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTc < 1:1018151/67‑1 (MQ=255) tGCAAATTGGCTGAACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTc < 1:27113093/67‑1 (MQ=255) gCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCg > 1:34466293/1‑68 (MQ=255) 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cGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATgggg < 1:24185169/68‑1 (MQ=255) gggTCTTTTTCATTATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGc < 1:4803639/68‑1 (MQ=255) gggCCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGGCGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGc < 1:10788841/68‑1 (MQ=255) gTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCt < 1:13565165/67‑1 (MQ=255) tCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg > 1:33243729/1‑68 (MQ=255) tCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg > 1:28872624/1‑68 (MQ=255) tCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg > 1:15657108/1‑68 (MQ=255) tCTTTTTCATCATTTTAAGGCCGGGTGTTGTAGGACACCGGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg < 1:12879502/68‑1 (MQ=255) tCTTTGTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg > 1:16102796/1‑68 (MQ=255) cTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTg < 1:20090838/67‑1 (MQ=255) ttttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTgaga < 1:23638714/68‑1 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg > 1:22194400/1‑68 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg > 1:4233975/1‑68 (MQ=255) ttCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACg > 1:444967/1‑68 (MQ=255) tCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGa < 1:19216403/68‑1 (MQ=255) cATTATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGAt < 1:16422099/68‑1 (MQ=255) cATGATTTTAATGCCGGTTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGAt < 1:25067573/68‑1 (MQ=255) atgatgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATa > 1:32928730/1‑68 (MQ=255) tgatgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACTGGTTAATGGGGCTTGAGACGATaa < 1:26658406/68‑1 (MQ=255) tgatgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATaa < 1:32064742/68‑1 (MQ=255) tgatgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATaa < 1:32352924/68‑1 (MQ=255) gatgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAAc > 1:3056002/1‑68 (MQ=255) gatgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAAc > 1:21224780/1‑68 (MQ=255) atgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg > 1:8869281/1‑68 (MQ=255) atgTTAATGCCGGGTGTTCTAGCACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg < 1:9871218/68‑1 (MQ=255) tgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg < 1:7023144/67‑1 (MQ=255) tgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg < 1:24735497/67‑1 (MQ=255) tgTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACg < 1:21572772/67‑1 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGactact > 1:13308467/1‑67 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGactact > 1:22937796/1‑67 (MQ=255) 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gACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGt > 1:7481470/1‑67 (MQ=255) gACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGt > 1:8024240/1‑67 (MQ=255) | ATGATAAAGATGGTGCAAATTGGCTGTACGGGTCTTTTTCATGATGTTAATGCCGGGTGTTGTAGGACACCCGGCACCTCCGACAGGTTAATGGGGCTTGAGACGATAACGACTACTGCGTTTACGTAACGT > CP009273/2548500‑2548631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |