| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2787742 = | 456 (1.100) | 33 (0.090) | 12/96 | NT | 8.1% | coding (131/1401 nt) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| ? | CP009273 | 2787778 = | 356 (1.000) | coding (167/1401 nt) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter | |||||
Only 100 of 587 total aligned reads displayed.
GTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTCGTT > CP009273/2787711‑2787844 | gTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑Ct < 1:22906776/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑Ct > 1:17837829/1‑66 (MQ=255) cGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTAc < 1:26106558/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTAc < 1:30121234/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTAc < 1:19819345/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTAc < 1:6692635/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGCGGCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTAc < 1:9384356/68‑1 (MQ=255) ggTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑Ct > 1:4706762/1‑65 (MQ=255) ggTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTAc < 1:28124002/67‑1 (MQ=255) ccAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtg < 1:3355708/68‑1 (MQ=255) ccAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtg < 1:14364083/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCGGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:12147003/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:32028287/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:16116278/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:15412185/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:15191008/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:32908626/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:7499989/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:22579657/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:23950405/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:29786695/68‑1 (MQ=255) cAGCGGCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:3850304/68‑1 (MQ=255) aaGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACtggtgg < 1:8008142/67‑1 (MQ=255) ccgcataatcataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACtggtgg < 1:1904901‑M2/9‑1 (MQ=255) ccgcataatcataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACtggtgg < 1:5311482‑M2/9‑1 (MQ=255) ccgcataatcaaaaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACtggtgg < 1:31453336‑M2/9‑1 (MQ=255) cgcataatcataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACTggtggt < 1:1644163‑M2/10‑1 (MQ=255) cGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTa > 1:10007453/1‑68 (MQ=255) cGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTa > 1:17502140/1‑68 (MQ=255) cGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCGATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTa > 1:20922649/1‑68 (MQ=255) gTCGCCATCGCCGACGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGtt < 1:16962541/66‑1 (MQ=255) gTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTggtggt < 1:8861735/65‑1 (MQ=255) cGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATg < 1:27587527/67‑1 (MQ=255) cGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATg < 1:12669197/67‑1 (MQ=255) cGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATg < 1:15869366/67‑1 (MQ=255) cGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATg < 1:19453791/67‑1 (MQ=255) gCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGAt < 1:30630930/68‑1 (MQ=255) ccATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGAtt > 1:16748513/1‑68 (MQ=255) atcataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACTGGTGGTTATGAt < 1:8470238‑M2/16‑1 (MQ=255) cataaccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTa < 1:11186139‑M1/54‑1 (MQ=255) aTCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTAt < 1:31318141/68‑1 (MQ=255) aTCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTAt < 1:10911295/68‑1 (MQ=255) ataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACTGGTGGTTATGATTAt < 1:6124361‑M2/19‑1 (MQ=255) aaccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTAGTGGTGGTTTTGATTATGc < 1:10726056‑M1/57‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCgg < 1:5740956‑M1/59‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCgg < 1:15570160‑M1/59‑1 (MQ=255) caccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACTGGTGGTTATGATTATGCGGa < 1:28676513‑M2/24‑1 (MQ=255) aGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATg < 1:18786493/67‑1 (MQ=255) aGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATg < 1:18442178/67‑1 (MQ=255) aGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGt < 1:29162572/68‑1 (MQ=255) gtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTg < 1:25388291‑M1/65‑1 (MQ=255) gggCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTgg < 1:21603082/68‑1 (MQ=255) CCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCg < 1:11013193‑M1/68‑1 (MQ=255) CCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCgg < 1:21389347‑M1/68‑1 (MQ=255) CCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCgg < 1:26705024‑M1/68‑1 (MQ=255) CCCGGCGGGATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCgg < 1:13948633‑M1/68‑1 (MQ=255) GGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGaaa < 1:6040038‑M1/68‑1 (MQ=255) aTTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCg < 1:2412034/67‑1 (MQ=255) cTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTg > 1:9692221/1‑67 (MQ=255) tGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGcc > 1:17308746/1‑68 (MQ=255) tGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGcc > 1:23487319/1‑68 (MQ=255) tGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGcc > 1:22223372/1‑68 (MQ=255) tGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGcc > 1:20671463/1‑68 (MQ=255) tGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGATGGCGGAAATGGCGGTTGcc > 1:18921416/1‑68 (MQ=255) gCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCAc > 1:5018938/1‑68 (MQ=255) gCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCAc > 1:10338363/1‑68 (MQ=255) gCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCAc > 1:24800889/1‑68 (MQ=255) gCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCAc > 1:12446736/1‑68 (MQ=255) 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cTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGc < 1:31775877/68‑1 (MQ=255) cTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGc < 1:34324976/68‑1 (MQ=255) cTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGc < 1:2947065/68‑1 (MQ=255) cTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGc < 1:25120817/68‑1 (MQ=255) tATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGcc < 1:3089608/68‑1 (MQ=255) tATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGcc < 1:27928164/68‑1 (MQ=255) cTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGa > 1:7031578/1‑68 (MQ=255) cTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGa > 1:2567108/1‑68 (MQ=255) tGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGAt > 1:3653534/1‑68 (MQ=255) tGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGAt > 1:20332948/1‑68 (MQ=255) 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cTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTCGt < 1:4306154‑M2/66‑1 (MQ=255) tACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTCGtt < 1:23757420/67‑1 (MQ=255) | GTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGG‑CTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTCGTT > CP009273/2787711‑2787844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |