| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3375198 = | 413 (1.000) | 26 (0.070) | 7/94 | NT | 7.7% | coding (1097/1368 nt) | degQ | serine endoprotease, periplasmic |
| ? | CP009273 | 3375228 = | 279 (0.800) | coding (1127/1368 nt) | degQ | serine endoprotease, periplasmic | |||||
Only 100 of 616 total aligned reads displayed.
GTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTC > CP009273/3375161‑3375295 | cttttagctgaccatcgctcaacgttgcaccttcccgcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGt < 1:27996504‑M2/5‑1 (MQ=255) cttttagctgaccatcgctcaacgttccaccttccagcgctggcgtgatcattacagcgctggAAGGt < 1:27425619‑M2/5‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:16444941/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:1746561/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:13881694/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:24306681/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:27884806/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:12113136/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:33809191/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt > 1:4283568/1‑67 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGt < 1:530721/67‑1 (MQ=255) aGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGAGCTGGAAGGt > 1:14245208/1‑67 (MQ=255) tGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCa > 1:23660240/1‑68 (MQ=255) tGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCa > 1:9418154/1‑68 (MQ=255) agctgaccatcgctcaacgttgcaccttccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAAc < 1:10379398‑M2/10‑1 (MQ=255) gctgaccatcgctcaacgttgcaccttCCCGCGCGGAAATGATCACGCCAGCGCTGGGAGGTGCAACg < 1:24118284‑M1/41‑1 (MQ=255) gctgaccatcgctcaacgttgcaccttCCAGCGGGGAAATGATCACGCCCGCGCTGGAAGGggcatcg < 1:18899321‑M1/41‑4 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:10983503/67‑1 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:19079021/67‑1 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAAc < 1:16530795/67‑1 (MQ=255) cGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACg > 1:9109150/1‑68 (MQ=255) gCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGt < 1:9636535/68‑1 (MQ=255) tgaccatcgctcaacgttgcaccttcccgcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGt < 1:22324127‑M2/12‑1 (MQ=255) cTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGtt > 1:22792351/1‑68 (MQ=255) cGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGa < 1:13155849/68‑1 (MQ=255) atcgctcaacgttgcaccttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGATGGTGCAACGTTGAGCg < 1:29781070‑M1/48‑1 (MQ=255) ccAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGAt > 1:22576808/1‑68 (MQ=255) ccAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGAt > 1:11855089/1‑68 (MQ=255) ccAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGAt > 1:12870287/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTc > 1:10732198/1‑68 (MQ=255) cACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACCTTGAGCGATGGTc > 1:12648210/1‑68 (MQ=255) acatctTCGTAGGCCAGCGCTGAAATGAGAACGCAAGCGCTGGAATGTGCATCGTTGAGCGATGGTCa > 1:21259562/4‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:1136293/1‑68 (MQ=255) aCCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCa > 1:27200776/1‑68 (MQ=255) ccTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAg < 1:32708234/68‑1 (MQ=255) ccTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAg < 1:15383630/68‑1 (MQ=255) acgttgcaccttCCAGCGCTGAAATTATCACGCCAGCGCTGGCAGGTGGAACGTTGCGCGATGGTCa < 1:17287653‑M1/55‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:32338147/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:19569189/68‑1 (MQ=255) ctctTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGc < 1:21960246/68‑1 (MQ=255) ttCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTaa > 1:6288197/1‑68 (MQ=255) gtcgGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAg > 1:8861692/1‑68 (MQ=255) accttCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAg < 1:34318922‑M1/63‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATg > 1:14590378/1‑68 (MQ=255) ggCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATg > 1:3333226/1‑68 (MQ=255) ccagcgctggcgtgatcatttcagcgctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggc < 1:23904205‑M2/38‑1 (MQ=255) CCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggc < 1:7210490‑M1/68‑1 (MQ=255) CCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggc < 1:25925109‑M1/68‑1 (MQ=255) CCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggc < 1:3954627‑M1/68‑1 (MQ=255) CAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcg > 1:11160425‑M1/1‑68 (MQ=255) atCGCGGAAATGATCAAGCCATCGCTGGAAGTTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcgg > 1:2643692‑M1/3‑68 (MQ=255) GCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcggc < 1:25698299‑M1/68‑1 (MQ=255) GCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATggcggc < 1:511229‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGatggcggcta < 1:21524686‑M1/68‑3 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:19789876‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:32215245‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:11531333‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:8119461‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:33569834‑M1/68‑1 (MQ=255) GCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCAATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCaa < 1:4587365‑M1/68‑1 (MQ=255) TGATATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAg > 1:14861331‑M1/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa < 1:5732215/68‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa < 1:15648358/68‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa > 1:29215668/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa > 1:20221858/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa > 1:23212236/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa < 1:7910092/68‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa > 1:13487977/1‑68 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa < 1:2466040/68‑1 (MQ=255) aaTGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTa > 1:25169083/1‑68 (MQ=255) tGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTAtt > 1:3656903/1‑68 (MQ=255) tGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTAtt > 1:23034689/1‑68 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa > 1:29020911/1‑68 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa > 1:17937744/1‑68 (MQ=255) tCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTaaa > 1:31749509/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:6845444/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:30614520/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:30343509/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:1364805/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGa > 1:1664737/1‑68 (MQ=255) tctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGaa < 1:26699132‑M2/62‑1 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAg > 1:33135990‑M2/6‑68 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAg > 1:26943766‑M2/6‑68 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAg > 1:33920702‑M2/6‑68 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAg > 1:34503445‑M2/6‑68 (MQ=255) gctggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAg > 1:7538837‑M2/6‑68 (MQ=255) ggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTg < 1:10074095‑M2/66‑1 (MQ=255) ggAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTg < 1:28402687‑M2/66‑1 (MQ=255) aaGGTGCAACGTTGAGCGATTGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGt < 1:24979781/67‑1 (MQ=255) 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aaGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTc > 1:19382700/1‑68 (MQ=255) | GTAGAAGTGACGCTCGATACCAGCACCTCTTCGTCGGCCAGCGCTGAAATGATCACGCCAGCGCTGGAAGGTGCAACGTTGAGCGATGGTCAGCTAAAAGATGGCGGCAAAGGTATTAAAATCGATGAAGTTGTC > CP009273/3375161‑3375295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |