| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 5/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 530 total aligned reads displayed.
TTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGC > CP009273/1070274‑1070407 | tcgctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtag > 1:2367907‑M1/68‑68 (MQ=255) cgctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGc > 1:2556046‑M1/67‑68 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg > 1:30790730/1‑68 (MQ=255) agtgtgaataccgctgccgctggcggtcacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggag < 1:18946785‑M1/7‑1 (MQ=255) atcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCggagg > 1:7785822/1‑68 (MQ=255) gtgaattccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagg > 1:27994863‑M1/59‑66 (MQ=255) gtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagga > 1:17376891‑M1/59‑67 (MQ=255) gtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagg > 1:19069369‑M1/59‑66 (MQ=255) gtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagg > 1:21349155‑M1/59‑66 (MQ=255) gtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagg > 1:17879867‑M1/59‑66 (MQ=255) gtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagg > 1:24656279‑M1/59‑66 (MQ=255) gtgaataccgcagccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagg > 1:30183356‑M1/59‑66 (MQ=255) caaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGgaggag < 1:26299891/68‑1 (MQ=255) aaaCGTTCGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCTGaggagg < 1:21970459/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:22701149/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:18155752/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:4672273/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:6499876/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:11690330/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:1407924/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:13830993/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:12575380/68‑1 (MQ=255) aaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAATATGCCGGAGGAGGt < 1:23959159/68‑1 (MQ=255) aaaCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACAt > 1:1454235/1‑67 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACAtcc > 1:9040540/1‑67 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACAtcc > 1:6163499/1‑67 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTAAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTGACAtcc > 1:13647174/1‑67 (MQ=255) gTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACAtcctcc < 1:4197678/68‑1 (MQ=255) gTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACAtcctcc < 1:20031266/68‑1 (MQ=255) gCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCg > 1:21004731/1‑67 (MQ=255) ggATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTa > 1:22310755/1‑66 (MQ=255) ggATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTa > 1:31509206/1‑66 (MQ=255) attattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCt < 1:12371377/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:8673570/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:23541283/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:29648377/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGCGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:16406471/68‑1 (MQ=255) ttattaatGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:20600591/68‑1 (MQ=255) taatttttGACGGGATTCGACCACGATAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:1436220/65‑1 (MQ=255) attattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGttt > 1:17614547/1‑68 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:23229414/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:15413807/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:16725260/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:22945147/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:10001590/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:31060277/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:19732172/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:18364962/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:17486745/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:731278/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:12735637/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:8183702/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:7124096/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:27782147/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGTAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:275706/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:31865330/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:30393518/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGAATCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:11892777/68‑1 (MQ=255) 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ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:3572376/1‑68 (MQ=255) tgactataggttaaacaggtaGCCGGAGGATGTTACGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata < 1:4903464‑M1/47‑1 (MQ=255) ggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAg > 1:10774108/1‑67 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:9721671/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:9231914/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:850639/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:28563986/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:29857274/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAATCTATAGTc < 1:25280769/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:29291972/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:30585081/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:28833116/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:31205132/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:19352152/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:4375540/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:19925604/67‑1 (MQ=255) ttCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:5489723/67‑1 (MQ=255) cGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTa > 1:9614114/1‑68 (MQ=255) aCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:5140708/1‑67 (MQ=255) aCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:3909569/1‑67 (MQ=255) 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gATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:15844544/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:17077418/1‑68 (MQ=255) | TTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTT‑‑GTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGC > CP009273/1070274‑1070407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |