| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 5/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 502 total aligned reads displayed.
GGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070305‑1070435 | gtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCGGAGGAGGTTGTGACATCCTCCGGCTAcc < 1:28495203‑M1/32‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:18365924/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTg < 1:458204/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:27077038/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:30174645/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:31980219/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:16765214/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:20776675/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:12384743/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:12001633/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:11016962/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGCGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:16406471/68‑1 (MQ=255) ttattaatGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:20600591/68‑1 (MQ=255) attattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGttt > 1:26390403/1‑68 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:30461484/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:23229414/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:17621844/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTa > 1:19171463/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:19732172/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:30839428/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:10001590/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:798867/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:7363794/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:4026144/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:19925008/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:21122373/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:25939469/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:28269861/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:13964823/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:1286901/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:7124096/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGTAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:275706/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:31075745/68‑1 (MQ=255) ttGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAcc < 1:5889354/68‑1 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGCGGTTGTAACATCCTCCGGCTACGGGGTTAACCt > 1:10212311/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:29078458/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:18965184/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:29735991/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:3384357/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:5704776/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:14380524/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:6468852/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:26145687/1‑68 (MQ=255) aGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat > 1:25020811/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:19450663/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:3572376/1‑68 (MQ=255) ggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAg > 1:2135759/1‑67 (MQ=255) ggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAg > 1:28715911/1‑67 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:9721671/67‑1 (MQ=255) actataggttaaacaggtaGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:8553936‑M1/49‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:25534278/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:4913430/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:15621056/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:1749014/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:22925453/67‑1 (MQ=255) ttCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:17077105/67‑1 (MQ=255) ttCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:23984105/67‑1 (MQ=255) ttCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:5489723/67‑1 (MQ=255) ttCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCa < 1:14713801/67‑1 (MQ=255) cGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTa > 1:30370849/1‑68 (MQ=255) aCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:10875820/1‑67 (MQ=255) ccACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:15845799/1‑66 (MQ=255) ccACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGc < 1:12673358/68‑1 (MQ=255) cGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTgg < 1:18681159/68‑1 (MQ=255) gTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGc < 1:11832938/68‑1 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTTATTAAGCTGGAGTTAcc > 1:21745224/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTTcc > 1:610721/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:13701653/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:24418810/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:1511955/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:11100747/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:27792229/1‑68 (MQ=255) tGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGc < 1:29541399/68‑1 (MQ=255) GGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGc < 1:31248709‑M1/68‑1 (MQ=255) GGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGc < 1:8457752‑M1/68‑1 (MQ=255) gTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCcagcggcagcg > 1:17814744/1‑68 (MQ=255) ttGTAACATCCTCCGGCTACATGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCcagcggcagcgg > 1:683256/1‑68 (MQ=255) tGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGt < 1:6225177/68‑1 (MQ=255) gTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTa > 1:22205414/1‑68 (MQ=255) gTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTa < 1:8250257/68‑1 (MQ=255) aaCATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTAt > 1:5149373/1‑67 (MQ=255) aaCATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTAt > 1:18164032/1‑67 (MQ=255) aCATCCTCCGGCTACCTTTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:24792630/1‑68 (MQ=255) aCATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTAtt > 1:8716284/1‑67 (MQ=255) aCATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:8990748/1‑68 (MQ=255) cATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:2004364/1‑67 (MQ=255) cATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTc > 1:13119813/1‑67 (MQ=255) aTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTcac > 1:6580843/1‑68 (MQ=255) tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCcagcggcagcg > 1:3880522‑M2/10‑59 (MQ=255) tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTcaca < 1:6964798‑M2/59‑1 (MQ=255) tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTcac > 1:31403729‑M2/10‑67 (MQ=255) tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTcac > 1:17376891‑M2/10‑67 (MQ=255) cctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTcac > 1:14915441‑M2/9‑66 (MQ=255) cctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGAATTcac > 1:27994863‑M2/9‑66 (MQ=255) ctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACt < 1:23538703‑M2/61‑1 (MQ=255) ggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGc < 1:22497743‑M2/65‑1 (MQ=255) gcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCg > 1:4337508‑M2/3‑68 (MQ=255) gcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCg > 1:3166637‑M2/3‑68 (MQ=255) cTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGa > 1:2367907‑M2/2‑68 (MQ=255) cTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGa > 1:9450779‑M2/2‑68 (MQ=255) | GGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070305‑1070435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |