| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2279605 = | 377 (0.980) | 15 (0.050) | 7/86 | NT | 5.9% | coding (1751/1761 nt) | yejM | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor |
| ? | CP009273 | 2279638 = | 193 (0.650) | intergenic (+23/‑52) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro | |||||
Only 100 of 611 total aligned reads displayed.
AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 | agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:19674716/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:1203631/68‑1 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattt > 1:16349332‑M1/67‑67 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTc > 1:13286347‑M1/67‑68 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtcgctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattt > 1:2952524‑M1/67‑67 (MQ=255) gagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:6621045/1‑68 (MQ=255) gagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:4709881/1‑68 (MQ=255) gagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:3150794/1‑68 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:9398873/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:24353840/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:26872832/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:837969/1‑67 (MQ=255) gctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCt < 1:30026077‑M1/5‑1 (MQ=255) tacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTa < 1:18700953‑M1/6‑1 (MQ=255) aagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTaa < 1:15667434/67‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:24116137/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:2037708/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:7659738/68‑1 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:30951304/68‑1 (MQ=255) gtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTg < 1:31722192‑M1/10‑1 (MQ=255) gtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTg < 1:16093756‑M1/10‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:23591001/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:7206099/67‑1 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactacctttttaaacacctattgcaagtaagatattTCGATAactta > 1:16894825‑M1/57‑65 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat < 1:23020124‑M1/12‑1 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat > 1:313083‑M1/57‑68 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat > 1:3778813‑M1/57‑68 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:27071960‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:31979698‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:23744018‑M1/57‑67 (MQ=255) ccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGatt < 1:10865885‑M1/13‑1 (MQ=255) aaaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa < 1:29327842/68‑1 (MQ=255) aaaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa < 1:11336523/68‑1 (MQ=255) aaaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa < 1:14120563/68‑1 (MQ=255) aaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaat < 1:11664695/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:30646826/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:5596860/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:10425689/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:8980536/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:4284496/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:20519735/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:1374458/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:14749305/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:20862417/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:21187470/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:21521690/68‑1 (MQ=255) aCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatta > 1:4982182/1‑68 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat < 1:12726493/68‑1 (MQ=255) ccACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATtat < 1:25552852/68‑1 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:17408520/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:11476811/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:15438619/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:689198/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:21807414/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:24986324/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:25769183/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:28488361/68‑1 (MQ=255) tactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTTACTGATTAATTATAAAGGAGTTAGc < 1:5317671‑M1/31‑1 (MQ=255) tATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaaa < 1:22052759/68‑1 (MQ=255) tATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaa < 1:22658792/67‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:19347459/68‑1 (MQ=255) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:7866601/68‑1 (MQ=255) ttGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAata < 1:5947230/68‑1 (MQ=255) ttGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAata < 1:8611641/68‑1 (MQ=255) ttGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAata < 1:17656082/68‑1 (MQ=255) tGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAatat < 1:10226771/68‑1 (MQ=255) tGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAatat < 1:26206940/68‑1 (MQ=255) tGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAatat < 1:23938829/68‑1 (MQ=255) tGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAata > 1:11111183/1‑67 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTTATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTAc < 1:26459013/66‑1 (MQ=255) tGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTg < 1:27524623/67‑1 (MQ=255) tGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTg < 1:16575632/67‑1 (MQ=255) accgattgcaagtaagatattTAGCTAACTGATTATTTATAAATCAGTTAGCGAATTATCTGACTTGc < 1:25915630‑M1/47‑1 (MQ=255) cAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCaa > 1:25243651/1‑67 (MQ=255) cAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCaa > 1:23186785/1‑67 (MQ=255) cAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCaa > 1:1908008/1‑67 (MQ=255) cAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCaa > 1:337502/1‑67 (MQ=255) cGAGTAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGAGAAATATCTTACTTGCAATCGgt < 1:27304186/68‑1 (MQ=255) 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TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:27828324‑M1/1‑68 (MQ=255) TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:28157618‑M1/1‑68 (MQ=255) | AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |