| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2394156 = | 277 (0.720) | 14 (0.040) | 6/98 | NT | 5.4% | coding (879/1338 nt) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| ? | CP009273 | 2394171 = | 250 (0.740) | coding (864/1338 nt) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F | |||||
Only 100 of 372 total aligned reads displayed.
ACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGC > CP009273/2394090‑2394223 | aCCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGcgccgc < 1:31619140/68‑1 (MQ=255)aCCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGcgccg > 1:3672071/1‑67 (MQ=255)aCCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGCCAGGAAGTCAGTCCCCGcgccgc < 1:8553988/68‑1 (MQ=255)aCCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGCCCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGcgccgc < 1:23246680/68‑1 (MQ=255) caccaccgcacgcgagatcctcgaagattacgccggtggtatgcgtgatggtctgaaatttaaaGcc > 1:20392484‑M1/65‑67 (MQ=255) cGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGcgccg > 1:11134941/1‑65 (MQ=255) cGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGcgccg > 1:11762255/1‑65 (MQ=255) gATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTg < 1:9599390/68‑1 (MQ=255) gATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTg > 1:30275105/1‑68 (MQ=255) accaccgcacgcgagatcctcgaagattacgccggtggtatgcgtgatggtctgaaatttaaaGCCt > 1:28630876‑M1/64‑67 (MQ=255) accaccgcacgcgagatcctcgaagattacgccggtggtatgcgtgatggtctgaaatttaaaGCCt > 1:2245373‑M1/64‑67 (MQ=255) tACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTg > 1:28266812/1‑66 (MQ=255) tACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTg > 1:31884837/1‑66 (MQ=255) tACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGc < 1:6874137/68‑1 (MQ=255) aCTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCt < 1:4320361/68‑1 (MQ=255) cGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAg > 1:5359034/1‑68 (MQ=255) gAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAgg < 1:925697/68‑1 (MQ=255) aatCCAGCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGGCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGc < 1:17833422/65‑1 (MQ=255) aTTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGc < 1:24919523/67‑1 (MQ=255) aTTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGc < 1:27914993/67‑1 (MQ=255) aTTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGc < 1:7090450/67‑1 (MQ=255) aTTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGc < 1:12293645/67‑1 (MQ=255) aTTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCt > 1:7993655/1‑68 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCttt < 1:21257026/68‑1 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCttt > 1:26432023/1‑68 (MQ=255) aTCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCt > 1:14222339/1‑55 (MQ=255) cGGCATATCAAGGGGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAtt < 1:11622733/68‑1 (MQ=255) cGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAtt < 1:26886449/68‑1 (MQ=255) cGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAtt < 1:29093661/68‑1 (MQ=255) cGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAtt < 1:10044774/68‑1 (MQ=255) cGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAtt < 1:13654530/68‑1 (MQ=255) tCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGa < 1:1449635/66‑1 (MQ=255) tCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGAcc < 1:21997286/68‑1 (MQ=255) cAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCa > 1:3128930/1‑68 (MQ=255) cAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCa > 1:13423740/1‑68 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCTGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:23076850/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCa > 1:26211885/1‑67 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:1612128/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:4814656/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:5672435/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:24095838/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:20126022/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:3994744/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGCAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCa > 1:19560005/1‑67 (MQ=255) aaGGTGCGCTGCGGTCAGGATGTCAGTCGCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAATTTTCAGCCCAt < 1:4570743/68‑1 (MQ=255) ggTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATc > 1:14052803/1‑67 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCATGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:6210318/1‑68 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGCCCATCAc > 1:3414074/1‑68 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:16758620/1‑68 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:24271660/1‑68 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:25247071/1‑68 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCCCCCACGCTAGACATTTCATAACATCAc > 1:10391738/1‑68 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCa < 1:14919352/66‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:14630500/1‑67 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc < 1:19410949/67‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc < 1:20622282/67‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:6723377/1‑67 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc < 1:27305488/67‑1 (MQ=255) gcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCa < 1:327818/67‑1 (MQ=255) gcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCa < 1:29891797/67‑1 (MQ=255) cTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCAt > 1:25706549/1‑67 (MQ=255) ttCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATa < 1:14380947/67‑1 (MQ=255) ttCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATa > 1:28449549/1‑67 (MQ=255) ttCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATa > 1:9882434/1‑67 (MQ=255) tCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATacc < 1:7482821/68‑1 (MQ=255) tCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATacc < 1:25416626/68‑1 (MQ=255) tCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATacc > 1:15913718/1‑68 (MQ=255) tCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAATTCAGACCATCACGCATacc > 1:22823995/1‑68 (MQ=255) gggcAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATaccac < 1:18043662/65‑1 (MQ=255) ggTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATacca > 1:11910325/1‑67 (MQ=255) tCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATaccacc < 1:30913106/67‑1 (MQ=255) cgtgatggtctgaaatttaaaGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCg < 1:7750264‑M1/46‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:30528239/68‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:18562100/68‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:18151382/68‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:17531102/68‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:5023981/68‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCg > 1:30042091/1‑67 (MQ=255) tgatggtctgaaatttaaaGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCg < 1:15800191‑M1/49‑1 (MQ=255) atggtctgaaatttaaaGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTa < 1:15312736‑M1/51‑1 (MQ=255) agtcagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTaa > 1:27554178/1‑68 (MQ=255) tcagtcCCCGCGCCGCCTCGCTGGCAGACAAGAAAGTTGTTACCATCAAGCAACAGACCGGCGTaag > 1:12212957/1‑66 (MQ=255) cagtcCCCTCGCCGCGTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATc < 1:6477788/67‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAAt < 1:25374426/66‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAAt < 1:12985953/66‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAAt < 1:7920811/66‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAAt < 1:29361932/66‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCt < 1:16984715/68‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCt < 1:25036507/68‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTACCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCt < 1:8998706/68‑1 (MQ=255) ccccGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGa > 1:19760470/1‑68 (MQ=255) cccGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAg > 1:22200013/1‑68 (MQ=255) cgcgCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGa < 1:17726371/68‑1 (MQ=255) cgccgcCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGa > 1:2377619/1‑66 (MQ=255) cgccgcCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGa > 1:21683878/1‑66 (MQ=255) cgccgcCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGa > 1:125127/1‑66 (MQ=255) cgccgcCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGa > 1:6017879/1‑66 (MQ=255) gccgccTGGCTGCAAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACAACCGGCGTAATCTTCGAGGAtc > 1:16353753/1‑67 (MQ=255) cgccTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTcg < 1:21486942/68‑1 (MQ=255) GCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTcgc < 1:19036441‑M1/68‑1 (MQ=255) | ACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGC > CP009273/2394090‑2394223 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |