| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2394156 = | 277 (0.720) | 14 (0.040) | 6/98 | NT | 5.4% | coding (879/1338 nt) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| ? | CP009273 | 2394171 = | 250 (0.740) | coding (864/1338 nt) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F | |||||
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
ATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTGCCGA > CP009273/2394104‑2394238 | aTTCCATCGGCTGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCt < 1:18074862/68‑1 (MQ=255)aTTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCt > 1:7993655/1‑68 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCGCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGTCttt < 1:31932115/68‑1 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCttt < 1:24179946/68‑1 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCttt > 1:18418566/1‑68 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCttt < 1:1774897/68‑1 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCttt > 1:4117421/1‑68 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCttt < 1:16349620/68‑1 (MQ=255) tCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCttt < 1:7505037/68‑1 (MQ=255) cctcgaagattacgccggtggtatgcgtgatggtctgaaatttaaagcctggcagccaggcTTTAAAt < 1:25685634‑M2/7‑1 (MQ=255) cctcgaagattacgccggtggtatgcgtgatggtctgaaatttaaagcctggcagccaggcTTTAAAt < 1:930874‑M2/7‑1 (MQ=255) cGGCATATCAAGGGGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAtt < 1:11622733/68‑1 (MQ=255) cGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAtt < 1:10044774/68‑1 (MQ=255) cGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAtt < 1:15826693/68‑1 (MQ=255) gCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTc > 1:11839999/1‑68 (MQ=255) cAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCa > 1:136526/1‑68 (MQ=255) cAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCa > 1:6630533/1‑68 (MQ=255) tCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGa < 1:27940253/66‑1 (MQ=255) tCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGAcc < 1:26931783/68‑1 (MQ=255) cAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCGGGCTGCCAGGCTGTAAATTTGTGACCa > 1:14501356/1‑68 (MQ=255) tacgccggtggtatgcgtgatggtctgaaatttaaagcctggcagccaggcTTTAAATTTCAGACCAt < 1:15312736‑M2/17‑1 (MQ=255) tacgccggtggtatgcgtgatgggctgaaatttaaagcctggcagccaggcTTTAAATTTCAGACCAt < 1:4729272‑M2/17‑1 (MQ=255) tacgccggtggtatgcgtgatgggctgaaatttaaagcctgccagccaggcTTTAAATTTCAGACCAt < 1:25128465‑M2/17‑1 (MQ=255) tacgccgggggtatgcgtgatggtctgaaatttaaaccctggcagccaggcTTTAAATTTCAGACCAt < 1:29133913‑M2/17‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCTGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:23076850/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:26195583/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:2290616/68‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTTCGGTCAGCAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCa > 1:19560005/1‑67 (MQ=255) aaGGAGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGAGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCAt < 1:22118445/68‑1 (MQ=255) ggTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATc > 1:25258694/1‑67 (MQ=255) ggTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATc > 1:4589869/1‑67 (MQ=255) ggTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATc > 1:8904601/1‑67 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:14224990/1‑68 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:14659204/1‑68 (MQ=255) gTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCCCCCACGCTAGACATTTCATAACATCAc > 1:10391738/1‑68 (MQ=255) tGCGCTTCTGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc < 1:5225243/67‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCa < 1:14919352/66‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCa < 1:20335763/66‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc < 1:19410949/67‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc < 1:30309018/67‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc > 1:5760282/1‑67 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc < 1:12654382/67‑1 (MQ=255) tGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCAc < 1:17998010/67‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGGCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGc < 1:27392295/68‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACg < 1:31379321/67‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGc < 1:16829455/68‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGc < 1:23854004/68‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAAATTCAGACCATCACGc < 1:13787721/68‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGGCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACg < 1:9633383/67‑1 (MQ=255) cggtggtatgcgtgatggtctgaaatttaaagcctggcagccaggcTTTAAATTTCAGACCATCACg < 1:7750264‑M2/21‑1 (MQ=255) gcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCa < 1:3775576/67‑1 (MQ=255) gcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCa < 1:30696699/67‑1 (MQ=255) gcTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCa < 1:294854/67‑1 (MQ=255) ttCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATa < 1:12434944/67‑1 (MQ=255) ttCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATa > 1:28449549/1‑67 (MQ=255) tCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATacc > 1:15913718/1‑68 (MQ=255) ggTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATacca > 1:11910325/1‑67 (MQ=255) tCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCg > 1:22280178/1‑68 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:17531102/68‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:31100959/68‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:23251556/68‑1 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCg > 1:30042091/1‑67 (MQ=255) cAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGACAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCgg < 1:31746351/68‑1 (MQ=255) atggtctgaaatttaaaGCCTGGCTGGCAGGCTTTAAATTTGAGACCATCACGCATACCACCGGCGTa < 1:9182744‑M1/51‑1 (MQ=255) atggtctgaaatttaaaGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGGGTa < 1:6257386‑M1/51‑1 (MQ=255) tcagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTaa > 1:21639028/1‑66 (MQ=255) tcagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTaa > 1:22657498/1‑66 (MQ=255) tcagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTaa > 1:2127508/1‑66 (MQ=255) tcagtcCCCGCGCCGCCTCGCTGGCAGACAAGAAAGTTGTTACCATCAAGCAACAGACCGGCGTaag > 1:12212957/1‑66 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAAt < 1:25374426/66‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAAt < 1:7920811/66‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATc < 1:6064580/67‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATc < 1:18713465/67‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCt < 1:16984715/68‑1 (MQ=255) cagtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCt < 1:25036507/68‑1 (MQ=255) agtcCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCt > 1:20947118/1‑67 (MQ=255) ccccGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCtt < 1:20392632/65‑1 (MQ=255) ccccGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCtt < 1:6894879/65‑1 (MQ=255) ccccGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGa > 1:19760470/1‑68 (MQ=255) 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CTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCg > 1:8586196‑M1/1‑67 (MQ=255) tGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggt < 1:14201917/68‑1 (MQ=255) tGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggt < 1:4972308/68‑1 (MQ=255) tGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggt > 1:27208184/1‑68 (MQ=255) tGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggt > 1:29835023/1‑68 (MQ=255) caggcTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggtggt < 1:24543917‑M2/63‑1 (MQ=255) caggcTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggtggt < 1:27546864‑M2/63‑1 (MQ=255) caggcTTTAAATCTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggtggt < 1:16637143‑M2/63‑1 (MQ=255) aggcTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggtggt > 1:28630876‑M2/5‑67 (MQ=255) aggcTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCggtggt > 1:24355034‑M2/5‑67 (MQ=255) cTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTGcc < 1:11018623‑M2/66‑1 (MQ=255) | ATTCCATCGGCAGATCAAGGTGCGCTTCGGTCAGGAAGTCAGTCCCCGCGCCGCCTGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTGCCGA > CP009273/2394104‑2394238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |