| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3076151 | NA (NA) | 11 (0.040) +ATTTCGCAGCAATCT |
3/82 | NT | 5.5% | noncoding (103/147 nt) | REP214 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences | REP214 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences |
| ? | CP009273 | 3667798 = | 259 (0.670) | noncoding (58/93 nt) | REP263 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP263 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 613 total aligned reads displayed.
TGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGTTTTACCCGT > CP009273/3076084‑3076217 | tGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACg > 1:27596116/1‑68 (MQ=255)tGAATGACACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACg < 1:13952882/68‑1 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:21234574/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:22276424/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:24082405/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt < 1:7534388/68‑1 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:24343633/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt < 1:17769572/68‑1 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:17431738/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:25317201/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:12336145/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:27325466/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:15180325/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGt > 1:30005950/1‑68 (MQ=255) aTGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGAAGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACggg < 1:3862719/67‑1 (MQ=255) acaTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGa > 1:21334099/1‑68 (MQ=255) acaTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGa > 1:1065488/1‑68 (MQ=255) acaTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGa > 1:4262339/1‑68 (MQ=255) acaTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGa > 1:13268729/1‑68 (MQ=255) acaTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTCATCCGGCCTACGGGTGCCGa > 1:319668/1‑68 (MQ=255) caTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGaa < 1:20963128/68‑1 (MQ=255) aTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAAc < 1:29868188/68‑1 (MQ=255) aTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAAc < 1:22964077/68‑1 (MQ=255) aTTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAAc < 1:302123/68‑1 (MQ=255) tGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTa > 1:13019583/1‑68 (MQ=255) tGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTa > 1:11734044/1‑68 (MQ=255) tGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTa > 1:10881509/1‑68 (MQ=255) tACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAgg > 1:16909547/1‑67 (MQ=255) tACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGt < 1:7921955/68‑1 (MQ=255) aCCTTGTGCGCATTGCCGGATGCTATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTc > 1:18781843/1‑68 (MQ=255) aCCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTc > 1:23781483/1‑68 (MQ=255) aCCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTc > 1:21598190/1‑68 (MQ=255) aCCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTc > 1:22395632/1‑68 (MQ=255) ccTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCg > 1:30787250/1‑68 (MQ=255) ccTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCg > 1:20575516/1‑68 (MQ=255) ccTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCg < 1:1895808/68‑1 (MQ=255) ccTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCg > 1:11595685/1‑68 (MQ=255) ccTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCg < 1:5972403/68‑1 (MQ=255) ccTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCg > 1:16092643/1‑68 (MQ=255) cTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGCACGTAGGTCgg > 1:10358509/1‑68 (MQ=255) cTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCgg > 1:5418301/1‑68 (MQ=255) cTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCgg > 1:29562905/1‑68 (MQ=255) cTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCgg > 1:14179875/1‑68 (MQ=255) cTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCgg > 1:31718113/1‑68 (MQ=255) cTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCgg < 1:13495685/68‑1 (MQ=255) cTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCgg > 1:8636037/1‑68 (MQ=255) cTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCgg > 1:8788538/1‑68 (MQ=255) ttGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGa < 1:2177788/68‑1 (MQ=255) ttGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGa > 1:15730133/1‑68 (MQ=255) ttGTGCGCATTGCCGGATCCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGa < 1:9099752/68‑1 (MQ=255) gcgcATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAg > 1:7240747/1‑68 (MQ=255) cgcATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAg > 1:24571216/1‑67 (MQ=255) cgcATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAg > 1:19739557/1‑67 (MQ=255) gcATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGNACGTAGGTCGGATAAGGc > 1:6878334/1‑68 (MQ=255) gcATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAgg < 1:22863829/67‑1 (MQ=255) gcATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAgg < 1:26530973/67‑1 (MQ=255) gcATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGc > 1:18174332/1‑68 (MQ=255) ttGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGt > 1:4707975/1‑67 (MQ=255) ttGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGt > 1:16605123/1‑67 (MQ=255) gcgatgcTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCa > 1:28037758/1‑68 (MQ=255) aagcTGGCCCATCTTAACCGTCCTACGGGAGCCCAACGTAGGTCGGATAAGGCGTGCACGCCGCATc < 1:2349919/65‑1 (MQ=18) tgcTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCg > 1:15478724/1‑68 (MQ=255) gcTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGa < 1:17119611/68‑1 (MQ=255) cTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGG‑‑AAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAt > 1:12855732/1‑68 (MQ=37) tGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGAc < 1:30487676/67‑1 (MQ=255) tGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACa < 1:18489444/68‑1 (MQ=255) tGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACa < 1:4940486/68‑1 (MQ=255) cgcATCTTATCCGGCCTACGatttcgcagcaatctgtaggccggataagatgcgtcagcatcgcatcc > 1:25538866‑M1/1‑20 (MQ=255) cgcATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTa > 1:26905139/1‑68 (MQ=255) cgcATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTa > 1:2923509/1‑68 (MQ=255) cTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGc > 1:14268908/1‑68 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:5174251/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:9456629/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:20037904/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:7043340/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:18047911/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:1192420/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:5734585/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:24716572/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:28792380/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:26054352/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACg < 1:20301580/68‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGAGCCGAACGTAGGGCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAAAGGCACg < 1:3405572/68‑1 (MQ=21) tCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGt < 1:19403368/68‑1 (MQ=255) tCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGt > 1:11096528/1‑68 (MQ=255) ccGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGtt > 1:31006998/1‑68 (MQ=255) ccGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGtt > 1:8453239/1‑68 (MQ=255) ccGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGtt > 1:10091995/1‑68 (MQ=255) ccGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGtt < 1:6156864/68‑1 (MQ=255) 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gggTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGTTTTACCCGt > 1:25704089/1‑67 (MQ=255) | TGAATGGCACATTTGTTACCTTGTGCGCATTGCCGGATGCGATGCTGGCGCATCTTATCCGGCCTACGGGTGCCGAACGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACATTAATGGCACGTTTTACCCGT > CP009273/3076084‑3076217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |