| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3803672 = | NA (NA) | 4 (0.010) | 3/94 | NT | NA | noncoding (1/22 nt) | REP274 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP274 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 3803694 = | NA (NA) | intergenic (+30/+9) | coaD/mutM | pantetheine‑phosphate adenylyltransferase/formamidopyrimidine/5‑formyluracil/ 5‑hydroxymethyluracil DNA glycosylase | |||||
Only 100 of 472 total aligned reads displayed.
ATGTCACCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAACGTTGCCCG > CP009273/3803606‑3803738 | gtggcgactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcg < 1:13423257‑M1/1‑1 (MQ=255) tGTCACCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCTCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGc < 1:29826558/67‑1 (MQ=255) tGTCACCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGc < 1:13985953/67‑1 (MQ=255) gTCACCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCg > 1:10247276/1‑68 (MQ=255) gTCACCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCg > 1:19148459/1‑68 (MQ=255) gcgactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCgg < 1:27127010‑M1/5‑1 (MQ=255) gcgactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCgg < 1:4467121‑M1/5‑1 (MQ=255) cACCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCgg < 1:10766767/67‑1 (MQ=255) gactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCGGAt > 1:243767‑M1/62‑68 (MQ=255) gactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCGGAt > 1:25703671‑M1/62‑68 (MQ=255) gactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCGGAt > 1:30329806‑M1/62‑68 (MQ=255) gactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCGGAt > 1:5031583‑M1/62‑68 (MQ=255) gactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCGGAt > 1:2795568‑M1/62‑68 (MQ=255) gactaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCGGAt > 1:24889025‑M1/62‑68 (MQ=255) aCCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGAt < 1:20425290/68‑1 (MQ=255) aCCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGAt < 1:18444746/68‑1 (MQ=255) aCCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGAt < 1:27335373/68‑1 (MQ=255) aCCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGAt < 1:7279285/68‑1 (MQ=255) cccATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATg < 1:15621548/68‑1 (MQ=255) ctaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCGGATgg > 1:30143801‑M1/60‑68 (MQ=255) ctaaacatgcgcagcgggcaacgttttattgtcggcagtgccagaagtaattcatgcgcGCCGGATg > 1:1186146‑M1/60‑67 (MQ=255) ccATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATgg < 1:17119005/68‑1 (MQ=255) ccATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATgg < 1:10033036/68‑1 (MQ=255) ccATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGAGGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATgg < 1:6452965/68‑1 (MQ=255) cATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGt < 1:29387320/68‑1 (MQ=255) cATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGt < 1:31962073/68‑1 (MQ=255) cATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTAAGCCGGATGGt < 1:23695480/68‑1 (MQ=255) aTTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTa < 1:16556796/68‑1 (MQ=255) aTTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTa < 1:27759508/68‑1 (MQ=255) aTTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTa < 1:24736171/68‑1 (MQ=255) tttCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTAt < 1:17400580/68‑1 (MQ=255) tttCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTAt < 1:14909188/68‑1 (MQ=255) tCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGc < 1:31153904/68‑1 (MQ=255) tCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGc < 1:22335652/68‑1 (MQ=255) tCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGc < 1:8153529/68‑1 (MQ=255) tCCTGCCGGAGAAAGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGc < 1:26717194/68‑1 (MQ=255) cccgCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGcc > 1:29599907/4‑68 (MQ=255) ccTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGcc > 1:26532417/1‑68 (MQ=255) ccTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGcc > 1:18216522/1‑68 (MQ=255) ccTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGcc > 1:15054435/1‑68 (MQ=255) ggAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCgg < 1:26054132/68‑1 (MQ=255) ggAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCgg < 1:3155943/68‑1 (MQ=255) ggAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCgg < 1:10369403/68‑1 (MQ=255) agaATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGgc < 1:7127785/67‑1 (MQ=255) aaTGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCCTCCGgcgc > 1:6747314/1‑67 (MQ=255) aaTGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGgcgc > 1:19502926/1‑67 (MQ=255) aTGTCCATCAGGCGCTGGTGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGgcgcg < 1:2823754/67‑1 (MQ=255) aTGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGgcgcg < 1:23135045/67‑1 (MQ=255) aTGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGgcgcg < 1:11266016/67‑1 (MQ=255) aTGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGgcgcg < 1:30740089/67‑1 (MQ=255) tGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTTTGCCATCCGGCGCGCa < 1:8044626/68‑1 (MQ=255) gTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCAt < 1:739345/68‑1 (MQ=255) gTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCAt < 1:851359/68‑1 (MQ=255) ccATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATg < 1:9580468/67‑1 (MQ=255) ccATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGa < 1:12227945/68‑1 (MQ=255) ccATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGa < 1:15822759/68‑1 (MQ=255) ccATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGa < 1:30907724/68‑1 (MQ=255) ccATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGa < 1:19984981/68‑1 (MQ=255) cATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGaa < 1:6172899/68‑1 (MQ=255) cATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGaa < 1:21899084/68‑1 (MQ=255) cATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGaa < 1:29057570/68‑1 (MQ=255) cATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGaa < 1:1616720/68‑1 (MQ=255) cATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGaa < 1:31732812/68‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAAtt > 1:24089564/1‑67 (MQ=255) aGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAAtt > 1:4249054/1‑66 (MQ=255) aGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAAtt > 1:3694522/1‑66 (MQ=255) ggCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACt > 1:16023373/1‑68 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTAc < 1:24567525/65‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTAc < 1:22037570/65‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTAc < 1:28104262/65‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACtt < 1:16818611/67‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACtt < 1:28794378/67‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACt < 1:11009318/66‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACt < 1:9466887/66‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACt > 1:21204121/1‑66 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACt < 1:8713705/66‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACt < 1:2537888/66‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACt < 1:1256899/66‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACt < 1:1326380/66‑1 (MQ=255) cgcTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGAGGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTAc < 1:19618922/65‑1 (MQ=255) gAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGc < 1:12804060/67‑1 (MQ=255) aaGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCg > 1:16429398/1‑68 (MQ=255) aGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCg < 1:28347740/67‑1 (MQ=255) tagcgtagcgTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACa < 1:18854006/67‑1 (MQ=255) tagcgtagcgTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACa < 1:12048465/67‑1 (MQ=255) tagcgtagcgTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACa < 1:3309096/67‑1 (MQ=255) agcgtagcgtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAAt < 1:22729848/68‑1 (MQ=255) agcgtagcgtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAAt < 1:14653291/68‑1 (MQ=255) agcgtagcgtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATCAATTACTTCTGGCACTGCCGACAAt < 1:21657257/68‑1 (MQ=255) tagcgtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATaaa > 1:14361927/1‑67 (MQ=255) tagcgtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATaaa > 1:7782653/1‑67 (MQ=255) ttcatgcgcGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAAc < 1:14274284‑M1/59‑1 (MQ=255) agcgtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAAc < 1:5291046/68‑1 (MQ=255) agcgtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAAc < 1:5760143/68‑1 (MQ=255) gtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAACGt < 1:29207467/67‑1 (MQ=255) gtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAACGt < 1:7016214/67‑1 (MQ=255) gtTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAACGt < 1:546578/67‑1 (MQ=255) tGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAACGTTGccc > 1:9136427/1‑67 (MQ=255) tGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAACGTTGCCCg < 1:20776962/68‑1 (MQ=255) GCCGGATGGTATGCCCTCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGCCAATAAAACGTTGccc < 1:7642921‑M1/66‑1 (MQ=255) | ATGTCACCCATTTCCTGCCGGAGAATGTCCATCAGGCGCTGATGGCGAAGTTAGCGTAGCGTTTATGCCGGATGGTATGCCATCCGGCGCGCATGAATTACTTCTGGCACTGCCGACAATAAAACGTTGCCCG > CP009273/3803606‑3803738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |