| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4586926 = | NA (NA) | 3 (0.010) | 3/88 | NT | NA | noncoding (13/39 nt) | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4586955 = | NA (NA) | intergenic (+126/+12) | yjjN/opgB | L‑galactonate oxidoreductase/phosphoglycerol transferases I and II | |||||
Only 100 of 514 total aligned reads displayed.
TTTTGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGCG > CP009273/4586888‑4587022 | ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc > 1:8632763/1‑68 (MQ=255) ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc > 1:31872664/1‑68 (MQ=255) gTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcag < 1:15959229/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcag < 1:6400805/68‑1 (MQ=255) agtggtagaacgtgaagggtaattcctgactgatgtgtagggcgcatagggtgcgacctacacAtcag < 1:17708539‑M2/5‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:12066132/67‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:16985099/67‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:13903337/67‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:31514207/67‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:16372336/67‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:16224520/67‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACATATCAGTCAGGa < 1:12397563/68‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGa < 1:9244192/68‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGa < 1:22769609/68‑1 (MQ=255) aataatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGaa > 1:23972933/1‑68 (MQ=255) ataatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAt > 1:25798810/1‑68 (MQ=255) cgtgaagggtaattcctgactgatGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAtt < 1:20301925‑M1/43‑1 (MQ=255) aatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAtt > 1:20465015/1‑67 (MQ=255) aatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAtt > 1:21790170/1‑67 (MQ=255) gtgaagggtaattcctgactgatGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAattt < 1:29414500‑M1/44‑2 (MQ=255) atGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCCCCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTa > 1:8405773/1‑67 (MQ=255) atGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTa > 1:3953667/1‑67 (MQ=255) tgtgTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAcc < 1:17863322/68‑1 (MQ=255) gttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCt > 1:31346905/1‑67 (MQ=255) gttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCt > 1:27408223/1‑67 (MQ=255) gttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCt > 1:6000390/1‑67 (MQ=255) gttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCt > 1:28991198/1‑67 (MQ=255) ttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTc > 1:23866888/1‑68 (MQ=255) gtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCAc > 1:19231971/1‑68 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:12780394/1‑68 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:10582355/1‑68 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:5364074/1‑68 (MQ=255) aGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGtt < 1:11084272/68‑1 (MQ=255) aGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGtt < 1:16702841/68‑1 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:26475818/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:20919618/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:3246231/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:10058057/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:10348339/1‑66 (MQ=255) cGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCt < 1:1811932/67‑1 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:19714900/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:29522490/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:30979997/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:15716285/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:7288302/1‑68 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACtt > 1:9655030/1‑68 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACtt > 1:24403877/1‑68 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt < 1:9024413/67‑1 (MQ=255) gCGTGTAGGTCGCCCCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTa > 1:28286787/1‑68 (MQ=255) gCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTa > 1:4213648/1‑68 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:8823500‑M1/1‑67 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:25165268‑M1/1‑67 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:14242651‑M1/1‑67 (MQ=255) TGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAAtt < 1:27308625‑M1/68‑1 (MQ=255) TGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAAtt < 1:6919835‑M1/68‑1 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACGTCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCGACCAGGTTAATTTcc < 1:24500198‑M1/68‑1 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcc > 1:10792895‑M1/1‑68 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcc < 1:23650227‑M1/68‑1 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcc < 1:21542747‑M1/68‑1 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCGACCACTTTAATTTc < 1:13300681‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:26775436‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:24911157‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:31130120‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:3053324‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:288265‑M1/67‑1 (MQ=255) TCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTccacc < 1:7904624‑M1/68‑1 (MQ=255) ACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATg < 1:30766950‑M1/67‑1 (MQ=255) ACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATg < 1:23162954‑M1/67‑1 (MQ=255) ACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATg < 1:2201663‑M1/67‑1 (MQ=255) cccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGcc > 1:18829831/1‑68 (MQ=255) cccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGcc > 1:1168577/1‑68 (MQ=255) cccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGcc > 1:2619311/1‑68 (MQ=255) cccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGcc > 1:17056329/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa < 1:20735090/54‑1 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:28714788/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:14419933/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:14859457/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:27135249/1‑68 (MQ=255) aTGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATc < 1:6652193/68‑1 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:4680045‑M2/11‑68 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:201620‑M2/11‑68 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:19887390‑M2/11‑68 (MQ=255) gacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa < 1:9392051‑M2/59‑1 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATg < 1:5050437‑M2/49‑1 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:29722654‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:24813765‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCAATTTAATTTCCACCAAGCCGATCCCGa > 1:1833740‑M2/9‑67 (MQ=255) cctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAg < 1:3569649‑M2/60‑1 (MQ=255) cctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAg < 1:22566943‑M2/60‑1 (MQ=255) ctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCATGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCt > 1:1506094‑M2/7‑68 (MQ=255) ctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCt > 1:27965700‑M2/7‑68 (MQ=255) acacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCtt > 1:6239767‑M2/5‑67 (MQ=255) acacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCtt > 1:17227262‑M2/5‑67 (MQ=255) acATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcg < 1:17531683‑M2/66‑1 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:18737560‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:21401692‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:25413650‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:3024406‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:11405587‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:15446195‑M2/2‑68 (MQ=255) | TTTTGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGCG > CP009273/4586888‑4587022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |