| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 691855 = | 282 (0.730) | 34 (0.100) +TAATG |
4/102 | NT | 9.9% | intergenic (+123/+31) | ubiF/glnX | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase/tRNA‑Gln |
| ? | CP009273 | 691998 = | 398 (1.030) | noncoding (75/75 nt) | glnV | tRNA‑Gln | |||||
Only 100 of 584 total aligned reads displayed.
TCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCG > CP009273/691931‑692064 | ccGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAGGGTGCAGTTTAAAGGTAAGCGTATTGAATATATTg > 1:5966532/1‑68 (MQ=18) cGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTgg < 1:17323446/68‑1 (MQ=255) gCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTgg < 1:15608126/68‑1 (MQ=255) ccTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTTAAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATAGGCTggg > 1:31351298/1‑68 (MQ=37) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:1301430/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:1607331/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:30135958/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:14257724/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:7858687/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:29034570/67‑1 (MQ=255) cTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTggg < 1:10652911/67‑1 (MQ=255) ttACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGt < 1:1185065/68‑1 (MQ=255) ttACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGt < 1:11115679/68‑1 (MQ=255) cGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCAATTGAAAGTTAAGCGGATTTTATAAATTGGCTGGGTTACGa > 1:31124571/1‑68 (MQ=19) cGCTTGGCGATACCCCAACTGCGTGCACTTACAAGGTCAGCGTCTTGAATAAATTGTCTGGGGTACGa > 1:24485777/1‑68 (MQ=39) gCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCTGTTACATGTTAAGAGTCTTGAATAAATTGGCTGGTTTACGAg > 1:4033581/1‑68 (MQ=255) ctcgtaccccagccacattaaaaaacctcgcttcggcgagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGa < 1:26528914‑M2/17‑1 (MQ=255) tGGCGATACCCCAACTTGGTTCACTTACAAGGTACGCGTCTTTAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGAt < 1:20029574/68‑1 (MQ=255) gCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTc > 1:29646466/1‑68 (MQ=255) aCCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGaa > 1:6370958/1‑66 (MQ=255) aCCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAAcc < 1:13301448/68‑1 (MQ=255) aCCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGGCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAAcc < 1:28736446/68‑1 (MQ=255) ccccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAAcc > 1:29433017/1‑67 (MQ=255) ccccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAAcc > 1:15804640/1‑67 (MQ=255) cccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTc > 1:15919837/1‑68 (MQ=255) cccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTc > 1:16823476/1‑68 (MQ=255) cccAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTc > 1:13657074/1‑68 (MQ=255) aaCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGa > 1:16398984/1‑68 (MQ=255) aaCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGa > 1:32079073/1‑68 (MQ=255) aaCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGa > 1:1409304/1‑68 (MQ=255) aCTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGaa > 1:9836623/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:17121003/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:22796402/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:10465122/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:15167667/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:538125/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:19300284/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:12709933/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAAt > 1:30760448/1‑67 (MQ=255) tGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCACGGAAt > 1:5674476/1‑67 (MQ=255) gTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCg > 1:2762802/1‑68 (MQ=255) gTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCg > 1:26747389/1‑68 (MQ=255) cACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGaa > 1:31897897/1‑68 (MQ=255) tACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAg > 1:21238357/1‑68 (MQ=255) aaGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:278802/1‑67 (MQ=255) aaGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:11563623/1‑67 (MQ=255) aaGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGaa > 1:22492272/1‑67 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:3755016/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:26122354/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:26895622/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:4741846/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:1207269/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:8106189/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:7016016/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:19769954/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATcc > 1:6123866/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCACAATcc > 1:24973911/1‑68 (MQ=255) ggTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAAACTCGGAATGCCGGAATCAGAATca > 1:20643388/1‑67 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:2327246/1‑68 (MQ=255) tAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCgg > 1:29945776/1‑68 (MQ=255) aaGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGt < 1:12517579/68‑1 (MQ=14) aGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGt > 1:19545678/1‑67 (MQ=255) aGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCACGGAATGCCGGAATCAAAAACCTGtc > 1:28419190/1‑67 (MQ=18) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:21721671‑M2/54‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:17608644‑M2/54‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGcc < 1:257994‑M2/54‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGc < 1:20877296‑M2/53‑1 (MQ=255) gagcttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGc < 1:11390063‑M2/53‑1 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:6773478/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:22636670/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:30574775/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:9419418/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTg > 1:4233223/1‑66 (MQ=255) cGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAAACCGGTg > 1:10783631/1‑66 (MQ=255) ttCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGTGGATTCGAACCTGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGc < 1:24203758/65‑1 (MQ=11) ttttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTAc < 1:25265938‑M2/58‑1 (MQ=255) tttttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTAcc < 1:18402469‑M2/59‑1 (MQ=255) ttaaTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTAcc < 1:10156623/66‑1 (MQ=255) ttttaatgCGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCg < 1:21969619‑M2/60‑1 (MQ=255) ttttAAATTGGCTGGGTTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCg < 1:14742946/65‑1 (MQ=255) gAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTAcc > 1:23674838/1‑67 (MQ=255) tttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGc < 1:21027802‑M2/61‑1 (MQ=255) taTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGc < 1:31684853/67‑1 (MQ=255) ttaatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCt > 1:27223339‑M2/7‑68 (MQ=255) aatgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTg < 1:10230915‑M2/64‑1 (MQ=255) atgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTgg < 1:25547885‑M2/65‑1 (MQ=255) tttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:12334442/67‑1 (MQ=11) tttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:27503349/67‑1 (MQ=14) tgTGGCTGGGGTACGTGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:843956‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGTATCATAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGc < 1:17865230‑M2/66‑1 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:20115932‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:19002263‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:7392690‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:8019598‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:8837497‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGc > 1:3464510‑M2/3‑68 (MQ=255) tgTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGACGGAATCAGAATCCTGTGCCATACCGCTtgga > 1:1543795‑M2/3‑67 (MQ=255) ttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCg > 1:13875258/1‑68 (MQ=31) ttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCg > 1:13513897/1‑68 (MQ=31) ttGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCg > 1:823900/1‑68 (MQ=31) | TCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACTGGGTGCACTTACAAGGTAAGCGTCTTGAATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCG > CP009273/691931‑692064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |