| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3556942 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 5/98 | NT | NA | noncoding (1/98 nt) | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | 3556967 = | NA (NA) | noncoding (26/98 nt) | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP256 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 759 total aligned reads displayed.
CAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCA > CP009273/3556900‑3557033 | gATTTCAATCTGGAATGAGACTGATGACACACACTATAATGCCTGATGCGCTACGCTTATCTGGCCTa < 1:6325624/68‑1 (MQ=17) tttCAATCTGGCCTGAGAGTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:17054921/66‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTa < 1:30488166/66‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTAc < 1:16824316/67‑1 (MQ=255) tttCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTAc < 1:31260100/67‑1 (MQ=255) tttCAATCAGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACg > 1:12911898/1‑68 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:5293079/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:25037152/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:24331237/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:20782269/68‑1 (MQ=255) cAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg < 1:1247315/68‑1 (MQ=255) aaTCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGt < 1:31423031/68‑1 (MQ=255) aTCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGtt > 1:7699881/1‑68 (MQ=255) aTCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGtt > 1:14081717/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGttt > 1:1897968/1‑68 (MQ=255) tCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGttt < 1:31806661/68‑1 (MQ=255) tCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGttt > 1:1648476/1‑68 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGTTGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:26208325/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:30927805/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:22999658/68‑1 (MQ=255) tGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTAt < 1:24014360/68‑1 (MQ=255) ccTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGc < 1:17912808/67‑1 (MQ=255) cTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCaa < 1:25888010/68‑1 (MQ=255) tGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAat < 1:26769393/68‑1 (MQ=255) tGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAat < 1:12237978/68‑1 (MQ=255) gagaCTTATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAata < 1:28618245/68‑1 (MQ=255) gagaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAata < 1:4080222/68‑1 (MQ=255) gagaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAata < 1:22250769/68‑1 (MQ=255) gagaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAata < 1:19356005/68‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAATCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:21893389/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:4650975/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:17481374/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:4939949/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:18082070/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:13901768/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatata > 1:25312474/1‑68 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:29431963/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:24680417/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:28897517/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACTGCCTCATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatat < 1:23641450/67‑1 (MQ=255) gaCTGATGACAAACACAAAACAGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTATAACCtatata > 1:1003264/1‑68 (MQ=14) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:6764231/1‑68 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:13373554/1‑68 (MQ=255) aCTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAatatat > 1:23258270/1‑68 (MQ=255) gatgaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGa < 1:11745448/68‑1 (MQ=255) tgaCAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGaa < 1:22456207/67‑1 (MQ=255) aaCACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCa > 1:26489176/1‑68 (MQ=255) aaCACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCa > 1:11427170/1‑68 (MQ=255) acaAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATgg > 1:8389185/1‑68 (MQ=255) cacgtaggcctgataagcgtagcgcatcaggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:2059446‑M2/36‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:10296340/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:8918204/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:27419216/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:7951538/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:29891454/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:30176399/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:6582072/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:5860954/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:21692936/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:21584679/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:15519359/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:15826835/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:16108042/68‑1 (MQ=255) caAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGt < 1:18321850/68‑1 (MQ=255) aCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTg > 1:22591164/1‑68 (MQ=255) aCTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTg > 1:1516976/1‑68 (MQ=255) cTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGt > 1:13636195/1‑68 (MQ=255) CTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATCTATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGc > 1:14640709‑M1/1‑68 (MQ=255) GATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCa > 1:18605768‑M1/1‑68 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAg > 1:6155303‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAg > 1:5662108‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAg > 1:30665655‑M1/1‑67 (MQ=255) TGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGa > 1:2834576‑M1/1‑68 (MQ=255) gcgcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGAt > 1:9587148/1‑68 (MQ=255) gcTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATaa > 1:29177729/1‑68 (MQ=255) gCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGt > 1:11972262/1‑68 (MQ=255) gCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGt > 1:21143282/1‑68 (MQ=255) gCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGt > 1:20130097/1‑68 (MQ=255) gcatcaggcCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTc > 1:27742203‑M2/10‑68 (MQ=255) 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cTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCa < 1:14271105/67‑1 (MQ=255) | CAGATTTCAATCTGGCCTGAGACTGATGACAAACACAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGTTTATGCAATATATTGAATTTGCATGGTCTTGTAGGCCAGATAAGACGTTCACGTCGCA > CP009273/3556900‑3557033 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |