| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4586926 = | NA (NA) | 8 (0.020) | 6/88 | NT | NA | noncoding (13/39 nt) | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4586955 = | NA (NA) | intergenic (+126/+12) | yjjN/opgB | L‑galactonate oxidoreductase/phosphoglycerol transferases I and II | |||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GCATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/4587004‑4586926‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > CP009273/4586955‑4587021 GCATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT > 1:9046883/1‑68 CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT > 1:10044834/1‑67 CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT < 1:8041479/67‑1 CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT > 1:23868793/1‑67 CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT > 1:13939348/1‑67 CATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGT > 1:7028314/1‑67 ATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGC > 1:20061359/1‑68 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:17844601/68‑1 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:8748137/68‑1 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:7235218/68‑1 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:38080615/68‑1 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:11997601/68‑1 GGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGA < 1:38585391/68‑1 TGGAATTTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGGGCGAC < 1:38405049/67‑1 TGGAAATTCAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:37693655/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:2879205/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:25234700/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:20563214/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:4242178/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:5021590/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:16536647/67‑1 TGGAAATTAAAGTGGGAGAACGTGAAGGGTAAATCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGAC < 1:9625017/67‑1 TGGAAATTAAAGTCGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTCCGAC < 1:21474703/67‑1 gtAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTTATGTGTAGGGCGCATAGGGGGCGACC < 1:26756973/65‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:8306423/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:26086887/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:15146844/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:23158388/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:27956749/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:12840994/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:32087894/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:18602180/1‑68 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:33054660/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:16893014/68‑1 GGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT > 1:35960727/1‑68 GAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCT < 1:16176824/67‑1 GAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGGGTAGGGCGCATAGGGTGCGACCT < 1:29853829/67‑1 AATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTAC < 1:19338281/67‑1 ATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:19654058/1‑68 ATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:26692531/1‑68 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:31872948/1‑67 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:30933955/1‑67 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:13686732/1‑67 TTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC > 1:23536604/1‑67 AGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAG < 1:27555315/68‑1 GGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACACATCAGT < 1:24008696/66‑1 TGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATC > 1:24526140/1‑67 TGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATC > 1:32747350/1‑67 TGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATC > 1:22115081/1‑67 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:20844670/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:5702978/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:33461314/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:1691586/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:34514309/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:36034685/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:11108888/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:15015604/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:7700289/1‑68 CGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCG > 1:24989443/1‑68 GACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA < 1:24684901/68‑1 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCCCCATGCCGATCCCGAG > 1:17679230/1‑68 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:39619889/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:19779981/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:19144540/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:21802329/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:6651712/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:15301299/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:26955376/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:34924840/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:34987423/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:39301206/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:11383363/1‑67 ACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:37280030/1‑67 CCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGA > 1:18139738/1‑66 CTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCT < 1:20750360/68‑1 CTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCT < 1:12574416/68‑1 ACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTT > 1:10996278/1‑67 CACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAC > 1:5448273/1‑68 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACG < 1:23345651/68‑1 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACG < 1:12390612/68‑1 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACG < 1:30625703/68‑1 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAC > 1:36540748/1‑67 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAC > 1:35419023/1‑67 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAC > 1:35118964/1‑67 ACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAC > 1:39363555/1‑67 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:7427859/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:1014171/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:37495153/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:32512735/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:28632136/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:28363191/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:27125943/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:25824911/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:25032970/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:22145617/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:17618671/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:15584293/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:14265012/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > 1:13464514/1‑68 CATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAAGC > 1:9736583/1‑68 GCATGGTGGAAATTAAAGTGGTAGAACGTGAAGGGTAATTCCTGACTGATGTGTAGGTCGCATAGGGTGCGACCTACAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/4587004‑4586926‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGC > CP009273/4586955‑4587021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |