| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4586926 = | NA (NA) | 8 (0.020) | 6/88 | NT | NA | noncoding (13/39 nt) | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP350 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4586955 = | NA (NA) | intergenic (+126/+12) | yjjN/opgB | L‑galactonate oxidoreductase/phosphoglycerol transferases I and II | |||||
Only 100 of 603 total aligned reads displayed.
TTTTGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGCG > CP009273/4586888‑4587022 | ttttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTAcaca > 1:4763495/1‑68 (MQ=255) ttGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtc > 1:37036345/1‑68 (MQ=255) gTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcag < 1:8761444/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcag < 1:18033653/68‑1 (MQ=255) agtggtagaacgtgaagggtaattcctgactgatgtgtaggtcgcatagggtgcgacctacacAtcag < 1:11194967‑M2/5‑1 (MQ=255) ttCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:38622025/67‑1 (MQ=255) ggtagaacgtgaagggtaattcctgactgatgtgtaggtcgcatagggtgcgacctacacAtcagt < 1:36402335‑M2/6‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGa < 1:26310358/68‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGa < 1:3748974/68‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGa < 1:31879534/68‑1 (MQ=255) taataaTGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGa < 1:12413752/68‑1 (MQ=255) aataatGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGaa > 1:2032688/1‑68 (MQ=255) cgtgaagggtaattcctgactgatGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAAtt < 1:12745712‑M1/43‑1 (MQ=255) atGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTa > 1:18357857/1‑67 (MQ=255) atGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAc < 1:3803140/68‑1 (MQ=255) tgtgTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAcc < 1:22513921/68‑1 (MQ=255) tgtgTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAcc < 1:28005850/68‑1 (MQ=255) tgtgTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAcc < 1:25997593/68‑1 (MQ=255) tgtgTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAcc < 1:7347226/68‑1 (MQ=255) tgtgTTGTAAGCCGTAGAAGGCGAGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAc > 1:19425915/1‑67 (MQ=255) gtgtTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagtc > 1:23079245/1‑57 (MQ=255) gtgtTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGACAGGAATTAc > 1:28340233/1‑66 (MQ=255) gttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCt > 1:29797865/1‑67 (MQ=255) gttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTAACCt > 1:18704987/1‑67 (MQ=255) ttgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACAtcagt < 1:8403554/53‑1 (MQ=255) tgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGCCCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTc > 1:28945610/1‑67 (MQ=255) tgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACCTCAGTCAGGAATTACCCTTc > 1:34806471/1‑67 (MQ=255) tgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTc < 1:35759634/67‑1 (MQ=255) tgtAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTc > 1:20131490/1‑67 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACg < 1:13873750/67‑1 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACg < 1:143899/67‑1 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:14693681/1‑68 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:32840772/1‑68 (MQ=255) aaGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:10238323/1‑68 (MQ=255) aGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGtt < 1:37876928/68‑1 (MQ=255) aGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGtt < 1:31396766/68‑1 (MQ=255) aGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGtt < 1:34411422/68‑1 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACCTCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:5765873/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:8020635/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:12971067/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:27068147/1‑66 (MQ=255) gCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGt > 1:25656832/1‑66 (MQ=255) cGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTc < 1:2948676/66‑1 (MQ=255) cGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTa < 1:33085747/68‑1 (MQ=255) aGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTAcc > 1:37662779/1‑67 (MQ=255) ctgatgtgtaggtcgcatagggtgcgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt < 1:27558376‑M2/34‑1 (MQ=255) ctgatGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt < 1:15605113‑M1/63‑1 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:11931162/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:6377039/1‑68 (MQ=255) aaGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt > 1:36694079/1‑68 (MQ=255) aGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACt < 1:7127916/67‑1 (MQ=255) gCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTCCCCTTCACGTTCTACCACTTTa > 1:16608248/1‑68 (MQ=255) gCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTa > 1:21427667/1‑68 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCGTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:35585283‑M1/1‑67 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:12055261‑M1/1‑67 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:141583‑M1/1‑67 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaa > 1:19125013‑M1/1‑67 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAAt > 1:433930‑M1/1‑68 (MQ=255) GTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAAt > 1:19654058‑M1/1‑68 (MQ=255) GTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAAtt < 1:21803635‑M1/67‑1 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcc > 1:15146828‑M1/1‑68 (MQ=255) AGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTc < 1:16176824‑M1/67‑1 (MQ=255) GGTCGCCCCCTATGCGCCCTACACATAAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTaatttac < 1:26756973‑M1/67‑3 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:9667763‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:5021590‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:2104926‑M1/67‑1 (MQ=255) GTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca < 1:24380391‑M1/67‑1 (MQ=255) TCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTcca > 1:2074137‑M1/1‑66 (MQ=255) ACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGc > 1:9046883‑M1/1‑68 (MQ=255) ACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGc > 1:8275336‑M1/1‑68 (MQ=255) cccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGcc > 1:30321198/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGcct > 1:38454012/1‑67 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:10001948/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:2364250/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:30898046/1‑68 (MQ=255) ccTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCg > 1:39215206/1‑68 (MQ=255) aTGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATc < 1:1107518/68‑1 (MQ=255) tgcgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATc > 1:22115081‑M2/13‑67 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:33461314‑M2/11‑68 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:1691586‑M2/11‑68 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:35072904‑M2/11‑68 (MQ=255) cgacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCg > 1:36034685‑M2/11‑68 (MQ=255) gacctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa < 1:24684901‑M2/59‑1 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCCCCATGCCGATCCCGAg > 1:17679230‑M2/9‑68 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:39619889‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:15384148‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:6685583‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:13625300‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:27495925‑M2/9‑67 (MQ=255) acctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGATCTACCACTTTAATTTCACCAATGCCGATCCCGa > 1:7568385‑M2/9‑67 (MQ=255) cctacacATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGa > 1:1987596‑M2/8‑66 (MQ=255) acATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcg < 1:23345651‑M2/66‑1 (MQ=255) acATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcg < 1:28671202‑M2/66‑1 (MQ=255) acATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcg < 1:30625703‑M2/66‑1 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:25032970‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:17407139‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:32512735‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:31610368‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:23890706‑M2/2‑68 (MQ=255) cATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTAcgc > 1:5514973‑M2/2‑68 (MQ=255) | TTTTGTTTCTTAATAATGTGTTGTAAGCCGTAGAAGGCGTGTAGGTCGCACCCTATGCGACCTACACATCAGTCAGGAATTACCCTTCACGTTCTACCACTTTAATTTCCACCATGCCGATCCCGAGCTTACGCG > CP009273/4586888‑4587022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |