| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 728221 = | 0 (0.000) | 4 (0.010) | 4/104 | NT | 100% | coding (3183/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 730160 = | NA (NA) | pseudogene (572/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein | |||||
CTTCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/728291‑728221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcgAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT > CP009273/730160‑730226 aacCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTG > 1:14002508/4‑68aacCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTG > 1:25333676/4‑68CTTCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTG > 1:14630157/1‑68CTTCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTG > 1:39412684/1‑68CTTCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTG > 1:17643681/1‑68CTTCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTG < 1:30646293/68‑1 TTCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGG < 1:37074315/68‑1 CGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCG > 1:14714401/1‑68 CGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCGAAGACG < 1:53135/68‑1 TGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTATCGCCAGCTCACCGGTGGCGAAGACGGTGGC < 1:28593442/68‑1 gGAAGGGTCTCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTGTTCGCCAGCTCACCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGT < 1:27475643/67‑1 GCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGT > 1:21477341/1‑68 CCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAA > 1:13719910/1‑68 CCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAA > 1:9051915/1‑68 CCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAA > 1:21301558/1‑68 CCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAA > 1:15977803/1‑68 CCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAA > 1:14452181/1‑68 CGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAA < 1:31602415/68‑1 CGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAA < 1:15300988/68‑1 GGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAG < 1:6732610/68‑1 TGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT < 1:30592735/67‑1 TGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT < 1:6602208/67‑1 TGGCGAAGACGGTGGCAGGGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGT < 1:542816/67‑1 CGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA > 1:21240755/1‑68 GAATACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCTGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:19866829/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTTGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:33453059/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:4635381/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:39366978/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:38197854/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:7097993/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:21622026/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:1999022/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:27191723/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:2647357/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:21771491/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:35302989/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:3661037/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:27886358/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:27499282/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:20914948/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:29340468/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:12771873/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:6236634/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:24851289/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:22269969/67‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTGGGGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:28487623/68‑1 GAAGACGGTGGCAGTGTCGTGTTCCCGCCGGTGCTGGCGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:26805266/68‑1 GAAGACGGGGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAA < 1:25883683/67‑1 GAAGACGGCGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT < 1:9911316/68‑1 CTTCGCCACCGGACTGCTGAAGGGTATCCGCCAGGCTGCGGCGCTGCGTTTTCGCCAGCTCACCGGTGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/728291‑728221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggcgAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGAAAGTGAAAT > CP009273/730160‑730226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |