| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4248867 | 291 (0.610) | 13 (0.030) | 3/98 | NT | 5.3% | coding (1198/1380 nt) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| ? | CP009273 | = 4248885 | 207 (0.500) | coding (1216/1380 nt) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein | |||||
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
TTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTG > CP009273/4248800‑4248935 | ttGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGa < 1:4666268/68‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGTCGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAAt < 1:18058191/67‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAAt < 1:13209552/67‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAAt < 1:35677248/67‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAAt < 1:33053628/67‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAAt < 1:31416459/67‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAAt < 1:29172799/67‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAAt < 1:12423147/67‑1 (MQ=255) aggttgtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCAACCGAAAt < 1:25181402/66‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTTGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:29699727/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:30110955/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:14591393/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:1148604/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:10088944/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:3545696/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:34966227/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:10782275/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTACAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:7485777/68‑1 (MQ=255) ggtggtTGGCGTCTGGGGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGc < 1:9305153/68‑1 (MQ=255) ggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGt < 1:23833700/67‑1 (MQ=255) ggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTa < 1:17474259/68‑1 (MQ=255) ggtTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTa < 1:11264640/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGGATGTTTATAGGCGCAACGGGTGCCTCCGAAATGCGTAAc < 1:36236433/67‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAAc < 1:19597454/67‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAAc < 1:20255530/67‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAAc < 1:7834286/67‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACa < 1:22862899/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACa < 1:24751328/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACa < 1:21213031/68‑1 (MQ=255) ggCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAg > 1:19360719/1‑68 (MQ=255) cggcTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:23329638/64‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:38370979/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:24141300/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:28919944/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:4344555/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:34126511/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:37944882/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:30866520/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:36368734/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:9611058/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:11672979/67‑1 (MQ=255) cGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGt < 1:12680931/67‑1 (MQ=255) gTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTa > 1:25900809/1‑67 (MQ=255) gTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTAt > 1:20710623/1‑68 (MQ=255) tGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGc > 1:24418958‑M2/1‑67 (MQ=255) tGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGc > 1:16727027‑M2/1‑67 (MQ=255) tGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGc > 1:6004354‑M2/1‑67 (MQ=255) tGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGc > 1:6374825‑M2/1‑67 (MQ=255) tGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGc > 1:19752413‑M2/1‑67 (MQ=255) tgtTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcggt < 1:3850944‑M2/68‑5 (MQ=255) tgtTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcgg > 1:18493952‑M2/1‑64 (MQ=255) tATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGGGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcggagg > 1:8583226‑M2/1‑61 (MQ=255) tCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgcc > 1:26905864/1‑67 (MQ=255) tCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgcc > 1:37642608/1‑67 (MQ=255) ctgctgGCCGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGccattctgtttcgcatttcggtggcac > 1:3203110‑M1/1‑40 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCTACGCGTGCCCCCGccaggctgttacgcatttcggtgggcc > 1:15897387‑M1/1‑40 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccgc < 1:25512063/68‑1 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccg > 1:38778823/1‑67 (MQ=255) aCGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGt > 1:37452639/1‑68 (MQ=255) aCGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCAACCGAAATGAGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGAAggg > 1:15350668/1‑67 (MQ=255) ggCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcggtggcacgcgttgcgcc > 1:35998220‑M2/1‑49 (MQ=255) aTGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTgc < 1:32414878/68‑1 (MQ=255) aTGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTgc < 1:33610314/68‑1 (MQ=255) ttATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCt < 1:5662990/67‑1 (MQ=255) taGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGAc > 1:13804293/1‑67 (MQ=255) taGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACg < 1:20615285/68‑1 (MQ=255) taGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGCGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGAc > 1:8320171/1‑67 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCCCCGccatactgttgcgcatttcggtggcacgcgttgcgcctataaacatgcc > 1:13569016‑M1/1‑19 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGccatactgttacgcatttcggtggcacgcgttgcgcctataaacatgcc > 1:21922057‑M1/1‑19 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGccatactgttacgcatttcggtggcacgcgttgcgcctataaacatgcc > 1:22023697‑M1/1‑19 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGccatactgttacgcatttcggtggcacgcgttgcgcctataaacatgcc > 1:24552735‑M1/1‑19 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGccatactgttacgcatttcggtggcacgcgttgcgcctataaacatgcc > 1:29570734‑M1/1‑19 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc > 1:33951786/1‑67 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc > 1:36442911/1‑67 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc > 1:13023914/1‑67 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc > 1:19144174/1‑67 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCt < 1:26324897/66‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:17823518/67‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:33334088/67‑1 (MQ=255) 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gAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCt < 1:11049094/68‑1 (MQ=255) | TTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTG > CP009273/4248800‑4248935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |