| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4248867 | 291 (0.610) | 13 (0.030) | 3/98 | NT | 5.3% | coding (1198/1380 nt) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| ? | CP009273 | = 4248885 | 207 (0.500) | coding (1216/1380 nt) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTG > CP009273/4248819‑4248952 | tGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGc > 1:24418958‑M2/1‑67 (MQ=255)tGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGc > 1:8377475‑M2/1‑67 (MQ=255)tGGGGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGc > 1:3964966‑M2/1‑67 (MQ=255) ggTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcg < 1:22692755‑M2/68‑3 (MQ=255) gtgtTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcgg < 1:22106948‑M2/68‑4 (MQ=255) tgtTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcgg > 1:18493952‑M2/1‑64 (MQ=255) tATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcggtgg > 1:1923520‑M2/1‑61 (MQ=255) tCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccg < 1:7951286/68‑1 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccgc < 1:3732678/68‑1 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccgc < 1:36517547/68‑1 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccgc < 1:34611919/68‑1 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccgc < 1:11062975/68‑1 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccg > 1:38778823/1‑67 (MQ=255) ctgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccg > 1:16765087/1‑67 (MQ=255) tgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccgcc < 1:18124791/68‑1 (MQ=255) tgctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccgcc < 1:17482323/68‑1 (MQ=255) gctgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGgccgcc > 1:9646907/1‑67 (MQ=255) aCGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGt > 1:37452639/1‑68 (MQ=255) aCGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGt > 1:22001798/1‑68 (MQ=255) aCGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGt > 1:20352241/1‑68 (MQ=255) aCGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCAACCGAAATGAGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGAAggg > 1:15350668/1‑67 (MQ=255) cGGCATGTTTATATGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGt < 1:5454736/67‑1 (MQ=255) cGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGt < 1:2709852/67‑1 (MQ=255) cGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGt < 1:10822333/67‑1 (MQ=255) cGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGt < 1:11400804/67‑1 (MQ=255) ggCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcggtggcacgcgttgcgcc > 1:31006825‑M2/1‑49 (MQ=255) ggCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcggtggcacgcgttgcgcc > 1:35998220‑M2/1‑49 (MQ=255) aTGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTgc < 1:32414878/68‑1 (MQ=255) aTGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTgc < 1:33610314/68‑1 (MQ=255) aTGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTgc < 1:29294815/68‑1 (MQ=255) ttATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCt < 1:22379561/67‑1 (MQ=255) tataGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGa < 1:18644360/68‑1 (MQ=255) tataGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGa < 1:23822169/68‑1 (MQ=255) taGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGAc > 1:13804293/1‑67 (MQ=255) taGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACg < 1:19730270/68‑1 (MQ=255) taGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACg < 1:554456/68‑1 (MQ=255) aGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc < 1:37692800/68‑1 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTATCAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGCCGc > 1:11617246/1‑67 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGcg < 1:29638207‑M2/39‑3 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc > 1:13023914/1‑67 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc > 1:29823131/1‑67 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc > 1:26564588/1‑67 (MQ=255) ggCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGc > 1:2186127/1‑67 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:35496475/67‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:20965638/67‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:23133084/67‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:2876283/67‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:18946091/67‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:14436759/67‑1 (MQ=255) cgcAACGCGGGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:3434537/67‑1 (MQ=255) gcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTcc < 1:24905572/67‑1 (MQ=255) gcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTcc < 1:13233391/67‑1 (MQ=255) aaCGCGTGCCACCGAAATCCCTAACAGTAGGGcggtggcacgcgttgcgcctataaacatgccgtcca > 1:3399898‑M2/1‑32 (MQ=255) aCGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTAc < 1:31534807/68‑1 (MQ=255) cgcgTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTAc > 1:25999927/1‑67 (MQ=255) ggcccaccGAAATGCGTAACAGCCTGGcgggggcacgcgtagcgcctataaacatgccgtccagcag > 1:15897387‑M2/4‑27 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTg < 1:36393492/68‑1 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTg < 1:33441597/68‑1 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTg < 1:19905456/68‑1 (MQ=255) gTGCCACCGAAATGCGAAACAGAATGGcggtggcacgcgttgcgcctataaacatgccggccagcag > 1:3203110‑M2/1‑27 (MQ=255) gCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGc < 1:8979904/67‑1 (MQ=255) gCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGc < 1:16227271/67‑1 (MQ=255) gCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGc < 1:27888109/67‑1 (MQ=255) gCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGc < 1:5265705/67‑1 (MQ=255) gCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGc < 1:37880294/67‑1 (MQ=255) gCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGc < 1:38360781/67‑1 (MQ=255) aCCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTg < 1:25737056/68‑1 (MQ=255) aCCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTg < 1:36096919/68‑1 (MQ=255) aCCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTg < 1:28172656/68‑1 (MQ=255) aCCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTg < 1:34146182/68‑1 (MQ=255) ccGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTgg < 1:6945062/68‑1 (MQ=255) cGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGc < 1:35839376/68‑1 (MQ=255) cGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGc < 1:39370880/68‑1 (MQ=255) cGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGc < 1:21362639/68‑1 (MQ=255) aaTGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTgg < 1:38539046/68‑1 (MQ=255) aaTGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTgg < 1:10003749/68‑1 (MQ=255) aaTGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTgg < 1:31414857/68‑1 (MQ=255) aaTGCGTAACAGTATCGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTgg < 1:6190677/68‑1 (MQ=255) tGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGt > 1:31585984/1‑68 (MQ=255) tGCGTAACAGAATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGt < 1:31839858/68‑1 (MQ=255) gCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTa < 1:29973173/68‑1 (MQ=255) gCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTa < 1:12420358/68‑1 (MQ=255) gCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTa < 1:4503001/68‑1 (MQ=255) gCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTa < 1:30648217/68‑1 (MQ=255) cGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:8544700/45‑1 (MQ=255) cGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTgg < 1:28980368/64‑1 (MQ=255) gTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTaa < 1:3900832/67‑1 (MQ=255) gTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAAt < 1:9516820/68‑1 (MQ=255) gTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAAt < 1:32907300/68‑1 (MQ=255) gTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAAt < 1:30309753/68‑1 (MQ=255) gTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAAt < 1:5673925/68‑1 (MQ=255) aaCAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCa < 1:17038848/68‑1 (MQ=255) aCAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCAt > 1:24651973/1‑68 (MQ=255) cAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:17803125/40‑1 (MQ=255) tATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTc < 1:1941108/37‑1 (MQ=255) aTGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGc < 1:12024259/65‑1 (MQ=255) aTGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGc < 1:4997774/65‑1 (MQ=255) aTGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCtt < 1:24221261/67‑1 (MQ=255) aTGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCt < 1:35141449/66‑1 (MQ=255) gCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTtgtg > 1:9298838/1‑68 (MQ=255) | TGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTG > CP009273/4248819‑4248952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |