| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 282361 | 259 (0.550) | 18 (0.050) | 9/92 | NT | 6.6% | coding (1256/1383 nt) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| ? | CP009273 | = 282393 | 298 (0.760) | coding (1288/1383 nt) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter | |||||
Only 100 of 643 total aligned reads displayed.
CCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATT > CP009273/282294‑282428 | gggaacggcctcgccctgcgccgcgcggtgcttaatcagctgccggctgatggcctccACGCGGGCAt > 1:20649913‑M1/59‑68 (MQ=255)ccGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCAT > 1:5486918‑M1/1‑68 (MQ=255) ggTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGt < 1:2325271/68‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGt < 1:38952610/68‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGt < 1:4987714/68‑1 (MQ=255) ttGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGtt < 1:26172728/67‑1 (MQ=255) ttGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGtt < 1:3603253/67‑1 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtc < 1:25138923/67‑1 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtc < 1:2272984/67‑1 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtc < 1:21875889/67‑1 (MQ=255) gAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtcat < 1:9340448/68‑1 (MQ=255) gAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtca > 1:29243194/1‑67 (MQ=255) ggTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATcggtgag < 1:1357470‑M1/67‑8 (MQ=255) ggTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtcatca > 1:30813186/1‑68 (MQ=255) ggTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTtcatca > 1:33315202/1‑68 (MQ=255) gTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTcatcat > 1:21514027/1‑68 (MQ=255) tGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTcatcat > 1:34220487/1‑67 (MQ=255) tGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTcatcat > 1:13888116/1‑67 (MQ=255) tCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTcatcat > 1:352250/1‑64 (MQ=255) accaccATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTc < 1:16668629/68‑1 (MQ=255) ccaccaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTc > 1:22251468/1‑67 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGct < 1:11518609/68‑1 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGct < 1:25555510/68‑1 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGct < 1:15475881/68‑1 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGct < 1:36562887/68‑1 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGc > 1:16426813/1‑67 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGc > 1:27390197/1‑67 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGc > 1:25795807/1‑67 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGc > 1:38176108/1‑67 (MQ=255) accaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGGGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGct < 1:30633902/68‑1 (MQ=255) ccaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctc < 1:618285/68‑1 (MQ=255) ccaTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctc < 1:7031389/68‑1 (MQ=255) caTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctct < 1:1882567/68‑1 (MQ=255) caTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctct < 1:15921668/68‑1 (MQ=255) caTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctct < 1:33793733/68‑1 (MQ=255) caTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctct < 1:11747038/68‑1 (MQ=255) caTCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGctct < 1:35425639/68‑1 (MQ=255) cAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACa > 1:22104807/1‑68 (MQ=255) cAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACa > 1:12070820/1‑68 (MQ=255) aaTTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGc < 1:8440918/68‑1 (MQ=255) tctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTc > 1:26682711/1‑67 (MQ=255) tctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTc > 1:5684897/1‑67 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatga < 1:31151927‑M1/68‑31 (MQ=255) ctgttctgCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCAc < 1:8732464/68‑1 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTTTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:26519301‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:19622549‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:10654253‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:31299092‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:28499143‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:20242698‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:5308697‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:15788380‑M2/68‑3 (MQ=255) cagctgccggctgatggcctccACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATg < 1:37767287‑M1/45‑1 (MQ=255) gCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcc > 1:17055272‑M2/1‑63 (MQ=255) gtggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgccc < 1:29544663‑M2/67‑7 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgcg > 1:24474808‑M2/1‑59 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgc > 1:34894483‑M2/1‑59 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTGCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgc > 1:35587945‑M2/1‑59 (MQ=255) gCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTgg > 1:10247562/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTgg > 1:4483878/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTgg > 1:27996724/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTg > 1:37175980/1‑67 (MQ=255) cGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGa < 1:34112873/67‑1 (MQ=255) cGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGa < 1:24896379/67‑1 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:761463/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:39452779/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCCACGCGGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagca > 1:6627580‑M1/1‑19 (MQ=255) gCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCa > 1:23868102/1‑68 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 1:13115656/1‑67 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 1:14597635/1‑67 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 1:7197244/1‑67 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg > 1:38730190/1‑67 (MQ=255) tctACGCGGGCATGATCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGc < 1:32629398/68‑1 (MQ=255) aCGCGGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggca > 1:4171262‑M1/1‑10 (MQ=255) ACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCg < 1:14875672‑M1/67‑1 (MQ=255) gcgGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcacc > 1:29733833‑M1/1‑8 (MQ=255) gcgGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcacc > 1:12431761‑M1/1‑8 (MQ=255) gcgGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcacc > 1:23061444‑M1/1‑8 (MQ=255) GCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:22531986‑M1/68‑1 (MQ=255) GCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:32247046‑M1/68‑1 (MQ=255) cgGGCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccac > 1:24765123‑M1/1‑7 (MQ=255) CGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:8899471‑M1/67‑1 (MQ=255) gtgcaTctgggagcatgtatatcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccac < 1:10005269‑M1/65‑62 (MQ=255) gggCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccac < 1:20008676‑M1/67‑62 (MQ=255) gggCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccac < 1:21794816‑M1/67‑62 (MQ=255) ggCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgc > 1:18509500‑M1/1‑5 (MQ=255) GGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:21069862‑M1/65‑1 (MQ=255) GGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:31994291‑M1/65‑1 (MQ=255) GGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATCCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:10944968‑M1/65‑1 (MQ=255) gCATcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgc < 1:30080669‑M1/67‑64 (MQ=255) CATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTg > 1:19378442‑M1/1‑67 (MQ=255) CATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa < 1:19264067‑M1/68‑1 (MQ=255) aTcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcaga < 1:14728802‑M1/68‑67 (MQ=255) aTcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcaga < 1:7872154‑M1/68‑67 (MQ=255) aTcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcaga < 1:29502892‑M1/68‑67 (MQ=255) aTcggtgagcttgtagagcgacagcatgatgaacatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcaga < 1:17692770‑M1/68‑67 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:28739174‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:28234787‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:34506899‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:9767032‑M1/1‑68 (MQ=255) | CCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATT > CP009273/282294‑282428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |