| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 282361 | 259 (0.550) | 18 (0.050) | 9/92 | NT | 6.6% | coding (1256/1383 nt) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| ? | CP009273 | = 282393 | 298 (0.760) | coding (1288/1383 nt) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter | |||||
Only 100 of 579 total aligned reads displayed.
GTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTC > CP009273/282326‑282459 | tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:10642398‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:10934407‑M2/68‑3 (MQ=255) tCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGat < 1:39558403‑M2/68‑3 (MQ=255) gtggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccg > 1:28431407‑M2/1‑61 (MQ=255) gtggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgccc < 1:3892278‑M2/67‑7 (MQ=255) gtggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgccc < 1:24691672‑M2/67‑7 (MQ=255) gtggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGATATACATGCTCCCAGatgcac < 1:10005269‑M2/67‑7 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgc > 1:12431761‑M2/1‑59 (MQ=255) ggtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgc > 1:29549896‑M2/1‑59 (MQ=255) ggtgCCGGTGGAGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgc > 1:637251‑M2/1‑59 (MQ=255) tgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGatgcccgcgt > 1:35393442‑M2/1‑57 (MQ=255) gCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTgg > 1:10247562/1‑68 (MQ=255) cGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGa < 1:19959927/67‑1 (MQ=255) ggtggtGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAgg < 1:15717967/68‑1 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:2119209/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:22580528/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:3281117/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:4163686/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:29191594/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:5356202/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAACCTCACCGAAGCCCGCGTGGAGGc < 1:9098964/67‑1 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGATCTACAAGCTCAACGATGCCCGCGTGTAGGcc > 1:38293530/1‑68 (MQ=255) tggtgCTCTACGCGGACATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 1:15898934/1‑68 (MQ=255) ggtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCa > 1:17580365/1‑68 (MQ=255) gtgCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCa > 1:21004023/1‑67 (MQ=255) cctccACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCGTCAAGCGCACCGAGGCCCGCGTGGAGGCCGTCa < 1:36921365‑M1/63‑1 (MQ=255) ctctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCa > 1:34378958/1‑67 (MQ=255) tctACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCCCCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGc < 1:26712616/68‑1 (MQ=255) ACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGTGGCCATCAGCCg < 1:4618061‑M1/67‑1 (MQ=255) ACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCg < 1:14875672‑M1/67‑1 (MQ=255) CGCGGGCAGGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGc > 1:30013912‑M1/1‑68 (MQ=255) CGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:29348959‑M1/67‑1 (MQ=255) CGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:22213333‑M1/67‑1 (MQ=255) GGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:33774683‑M1/65‑1 (MQ=255) GGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:23104625‑M1/65‑1 (MQ=255) GGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:2425834‑M1/65‑1 (MQ=255) GGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:31994291‑M1/65‑1 (MQ=255) GGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCa < 1:25564958‑M1/65‑1 (MQ=255) CATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTg > 1:18024019‑M1/1‑67 (MQ=255) CATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa < 1:11902261‑M1/68‑1 (MQ=255) CATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa < 1:4437043‑M1/68‑1 (MQ=255) CATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa < 1:19264067‑M1/68‑1 (MQ=255) CATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa < 1:25221885‑M1/68‑1 (MQ=255) CATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa < 1:31247929‑M1/68‑1 (MQ=255) aTGATCATCATGCTGTATCTCTACAAGCTCCCCCATGCACGCGTGGTGGCCATCAGCGGGCAGGTGAt < 1:880002/68‑1 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:31025410‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:7380272‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:5638558‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:13559305‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:35603220‑M1/1‑68 (MQ=255) ATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt > 1:1899671‑M1/1‑68 (MQ=255) tcatcaTGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTaa > 1:21639507/1‑67 (MQ=255) tcatcaTGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTaa > 1:28068515/1‑67 (MQ=255) tcatcaTGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTaa > 1:27955589/1‑67 (MQ=255) tcatcaTGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTaa > 1:25986551/1‑67 (MQ=255) tcatcaTGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTaa > 1:5165615/1‑67 (MQ=255) catcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGc < 1:26427809/68‑1 (MQ=255) catcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGc > 1:21804690/1‑68 (MQ=255) catcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGc < 1:17008636/68‑1 (MQ=255) atcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGc > 1:37474985/1‑67 (MQ=255) atGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAg > 1:16418471/1‑54 (MQ=255) atGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCAcc > 1:30297306/1‑67 (MQ=255) atGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCAcc > 1:27401354/1‑67 (MQ=255) tGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgc < 1:13811266/68‑1 (MQ=255) tGCTGGCGCTCTCCAAGCTCACCGAAGCCCGCGGGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgc < 1:37992744/68‑1 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCTATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgc > 1:6118781/1‑67 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgc > 1:20290397/1‑67 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgc > 1:17892032/1‑67 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgc > 1:6731744/1‑67 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgc > 1:24871175/1‑67 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAGTAAGCACcgc > 1:34709825/1‑67 (MQ=255) gTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACcgcgcg > 1:28617294/1‑67 (MQ=255) cGCTCTACAAGCTCACCGATGCTCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCgcggcg < 1:9581701/68‑1 (MQ=255) cGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCgcggc < 1:18684180/67‑1 (MQ=255) cGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCgcggc < 1:6898534/67‑1 (MQ=255) tctACAAGCTCACCGatgcccgcgtagagcaccaccggcaccacgcagaacagaattttgatggtgg > 1:14619979‑M2/1‑15 (MQ=255) tctACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCgcggc < 1:35978002/64‑1 (MQ=255) tctACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAg > 1:7792725/1‑68 (MQ=255) ctACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGTGCAgg < 1:31483385/68‑1 (MQ=255) ctACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAgg < 1:15479367/68‑1 (MQ=255) ctACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAgg < 1:8160122/68‑1 (MQ=255) tACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAgg > 1:39234393/1‑67 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCTCAGGGCGAg > 1:12858933/1‑68 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAg > 1:32465998/1‑68 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAg > 1:17378414/1‑68 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAg > 1:36482095/1‑68 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAg > 1:37130739/1‑68 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAg > 1:20607933/1‑68 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAg > 1:11402201/1‑68 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAg > 1:32208192/1‑68 (MQ=255) aGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGACAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAg > 1:38581165/1‑68 (MQ=255) gCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCATCTGATTACGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAgg < 1:35163489/68‑1 (MQ=255) cTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAggg > 1:1435879/1‑62 (MQ=255) cTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAgg > 1:23490678/1‑67 (MQ=255) cTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAgg > 1:23690269/1‑67 (MQ=255) cTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAgg > 1:8599518/1‑67 (MQ=255) cACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCg > 1:22013514/1‑68 (MQ=255) cACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCg > 1:30826218/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGt < 1:34126765/68‑1 (MQ=255) gATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTc > 1:19484841/1‑67 (MQ=255) | GTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTC > CP009273/282326‑282459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |